More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1245 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 313 aa  644    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2047  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  63.55 
 
 		 314 aa  440  9.999999999999999e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.595043  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  42.57 
 
 		 316 aa  278  1e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 309 aa  265  5.999999999999999e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 309 aa  265  5.999999999999999e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 316 aa  263  3e-69  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  41.16 
 
 		 323 aa  263  3e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 309 aa  261  1e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 293 aa  255  6e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 317 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  43.89 
 
 		 325 aa  251  1e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  43.39 
 
 		 316 aa  247  2e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  42.29 
 
 		 301 aa  247  2e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 299 aa  246  4e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1620  transcriptional regulator, LysR family  43.79 
 
 		 299 aa  246  4.9999999999999997e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 314 aa  244  9.999999999999999e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 300 aa  241  2e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 297 aa  238  8e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 308 aa  236  4e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 311 aa  236  4e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  39 
 
 		 332 aa  236  6e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  40.92 
 
 		 302 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  38.36 
 
 		 313 aa  231  1e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 310 aa  228  9e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 314 aa  226  3e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  38.38 
 
 		 315 aa  226  5.0000000000000005e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 320 aa  223  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0693  RuBisCo operon transcriptional regulator  42.03 
 
 		 325 aa  223  3e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 		 311 aa  222  7e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 311 aa  219  7e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.34 
 
 		 316 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 303 aa  218  1e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3757  rubisco operon transcriptional regulator  41.28 
 
 		 330 aa  217  2e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 320 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 320 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3442  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 332 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  39.4 
 
 		 318 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0930  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 332 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.424192 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 316 aa  213  3.9999999999999995e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0920  transcriptional regulator, LysR family  39.81 
 
 		 332 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0896  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 332 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0866  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 325 aa  212  5.999999999999999e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0835  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 327 aa  212  7e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  38 
 
 		 316 aa  212  7e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3106  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 325 aa  212  7e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3083  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 356 aa  212  7.999999999999999e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  40.49 
 
 		 326 aa  211  1e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 320 aa  211  1e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 320 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  38.31 
 
 		 318 aa  211  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  40.99 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 320 aa  209  4e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 309 aa  209  7e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 310 aa  206  3e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 326 aa  205  7e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  38.38 
 
 		 319 aa  205  9e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 315 aa  204  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 309 aa  205  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0138  ndhF3 operon transcriptional regulator  39.66 
 
 		 326 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.184087  normal  0.45783 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 315 aa  199  3.9999999999999996e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  37.81 
 
 		 305 aa  198  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 325 aa  198  7.999999999999999e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 329 aa  196  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 312 aa  195  8.000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 315 aa  191  1e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 327 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 316 aa  190  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 316 aa  189  4e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 322 aa  188  9e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3927  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  186  6e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0151665  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 300 aa  185  8e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  34.21 
 
 		 322 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 328 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 317 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  34.46 
 
 		 315 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 317 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 317 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 326 aa  180  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 317 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1554  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 324 aa  180  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 317 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 316 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 322 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 322 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 342 aa  176  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>