More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1202 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011353  ECH74115_4044  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.49 
 
 
744 aa  896  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  4.09177e-07  normal  0.332873 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3089  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.49 
 
 
744 aa  896  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.4869e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1111  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  83.81 
 
 
735 aa  1294  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.70035e-06  normal  0.84646 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1177  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  83.81 
 
 
735 aa  1294  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000122235  normal  0.0382614 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1049  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  80.82 
 
 
756 aa  1248  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  1.45818e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52180  GTP pyrophosphokinase  51.47 
 
 
747 aa  717  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00224344  normal  0.0200902 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3353  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  83.13 
 
 
735 aa  1288  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000634706  hitchhiker  0.000162185 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1217  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.8 
 
 
746 aa  720  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.212214  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2922  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.52 
 
 
744 aa  896  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  1.6084e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0928  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.49 
 
 
744 aa  896  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  3.82583e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0095  GTP diphosphokinase (GTP pyrophosphokinase)  54.19 
 
 
745 aa  841  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000291848  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3707  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  57.41 
 
 
720 aa  870  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  6.87808e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4576  GTP pyrophosphokinase  51.47 
 
 
747 aa  718  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2518  GTP pyrophosphokinase  55.57 
 
 
745 aa  854  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.326663  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3276  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.76 
 
 
744 aa  895  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00140611  normal  0.0304818 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3097  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.89 
 
 
744 aa  897  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  4.0075e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03401  GTP pyrophosphokinase  56.43 
 
 
727 aa  855  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00113456  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1193  RelA/SpoT family protein  79.32 
 
 
735 aa  1238  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  3.49735e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1638  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  49.78 
 
 
750 aa  690  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3115  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.89 
 
 
744 aa  897  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0106723  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3162  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.76 
 
 
744 aa  896  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.00447218  normal  0.0412564 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3178  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.89 
 
 
744 aa  896  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00141228  normal  0.185279 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3449  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.3 
 
 
744 aa  891  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  3.78764e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1111  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  83.81 
 
 
735 aa  1293  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  5.24023e-06  normal  0.850048 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3144  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  83.54 
 
 
735 aa  1288  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.86215e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3146  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  83.29 
 
 
736 aa  1286  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.3894e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1253  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.54 
 
 
749 aa  654  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  6.16192e-06  normal  0.537629 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1287  GTP diphosphokinase  84.49 
 
 
735 aa  1316  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.26799e-05  unclonable  1.90177e-10 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1202  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  100 
 
 
734 aa  1509  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.41345e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4062  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  49 
 
 
746 aa  724  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733474  normal  0.507158 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2029  GTP pyrophosphokinase  55.69 
 
 
738 aa  864  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.78935e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3236  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.46 
 
 
743 aa  900  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  4.65507e-06  normal  0.0411901 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2765  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  83.81 
 
 
735 aa  1291  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  5.17482e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3319  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.3 
 
 
744 aa  891  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  2.6158e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03528  GTP pyrophosphokinase  55.68 
 
 
739 aa  849  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2928  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.49 
 
 
744 aa  897  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.88713e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1257  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.93 
 
 
746 aa  722  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648227  normal  0.0100627 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0983  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.3 
 
 
744 aa  891  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  4.24886e-08  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1033  GTP diphosphokinase  83.11 
 
 
734 aa  1283  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0165822  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0530  (p)ppGpp synthetase I and guanosine-3',5'-bis pyrophosphate 3'-pyrophosphohydrolase  56.16 
 
 
737 aa  867  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  5.5023e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3289  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  83.29 
 
 
736 aa  1287  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.82723e-05  hitchhiker  0.000963897 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2238  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  48.75 
 
 
745 aa  690  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1182  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  83.02 
 
 
735 aa  1238  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.5957e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0792  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.92 
 
 
743 aa  903  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  2.58134e-08  normal  0.259843 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3088  GDP/GTP pyrophosphokinase  59.49 
 
 
744 aa  896  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.21392e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1735  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  50.96 
 
 
747 aa  713  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3389  GDP/GTP pyrophosphokinase  60.73 
 
 
744 aa  920  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000633248  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1694  GTP pyrophosphokinase  50.59 
 
 
744 aa  711  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4217  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  50.29 
 
 
747 aa  708  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.630753  normal  0.166967 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1413  GTP pyrophosphokinase  46.83 
 
 
734 aa  649  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1571  GTP pyrophosphokinase  46.83 
 
 
734 aa  649  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3695  RelA/SpoT protein  51.18 
 
 
747 aa  718  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.120676  hitchhiker  0.00160014 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37060  RelA/SpoT protein  46.74 
 
 
749 aa  683  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00582579  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0815  GDP/GTP pyrophosphokinase  60.4 
 
 
745 aa  915  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000200525  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02591  hypothetical protein  59.49 
 
 
744 aa  896  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  1.04096e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0849  GDP/GTP pyrophosphokinase  60.89 
 
 
746 aa  899  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  2.21192e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3455  GTP pyrophosphokinase  83.67 
 
 
735 aa  1293  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3548  GDP/GTP pyrophosphokinase  60.19 
 
 
745 aa  917  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  4.88354e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002504  GTP pyrophosphokinase (p)ppGpp synthetase I  55.06 
 
 
739 aa  848  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  5.45051e-06  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0904  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  59.49 
 
 
744 aa  896  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  6.60798e-12  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02629  (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase  59.49 
 
 
744 aa  896  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  8.29976e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1656  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  49 
 
 
746 aa  725  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.764333  normal  0.672411 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4115  GTP pyrophosphokinase  54.73 
 
 
737 aa  826  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1225  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  83.42 
 
 
736 aa  1289  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  3.85822e-06  hitchhiker  4.64674e-08 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2238  GTP diphosphokinase  46.39 
 
 
746 aa  626  1e-178  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.338893  hitchhiker  0.000119577 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1097  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  45.45 
 
 
735 aa  618  1e-175  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00537939  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2113  GTP diphosphokinase  45.08 
 
 
770 aa  613  1e-174  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.978919  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1740  metal dependent phosphohydrolase  47.31 
 
 
736 aa  607  1e-172  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1533  RelA/SpoT family protein  42.46 
 
 
714 aa  603  1e-171  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  5.77209e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1462  GTP pyrophosphokinase  42.46 
 
 
714 aa  600  1e-170  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00122903  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3099  RelA/SpoT family protein  44.28 
 
 
718 aa  588  1e-166  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1300  RelA/SpoT protein  41.24 
 
 
714 aa  578  1e-164  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00320424  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1052  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.94 
 
 
733 aa  579  1e-164  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2827  RelA/SpoT protein  42.96 
 
 
740 aa  576  1e-163  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00393712  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1298  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  42.94 
 
 
740 aa  572  1e-162  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000189131  hitchhiker  0.0061753 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01592  GTP pyrophosphokinase (ATP:GTP 3'-pyrophosphotransferase)(ppGpp synthetase I) ((P)ppGpp synthetase)  43.67 
 
 
728 aa  575  1e-162  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1159  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  41.84 
 
 
742 aa  565  1e-160  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.123492  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1920  GTP pyrophosphokinase  42.59 
 
 
718 aa  565  1e-160  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.682982  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2505  (p)ppGpp synthetase I (GTP pyrophosphokinase), SpoT/RelA  43.09 
 
 
729 aa  566  1e-160  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1274  RelA/SpoT protein  40.59 
 
 
741 aa  565  1e-159  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.266642  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1358  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.14 
 
 
739 aa  562  1e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0562025  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0991  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.6 
 
 
745 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  1.21371e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1780  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.57 
 
 
744 aa  561  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0214553  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1288  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.8 
 
 
729 aa  561  1e-158  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0314087  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0998  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.64 
 
 
721 aa  561  1e-158  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1978  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  40.27 
 
 
741 aa  559  1e-158  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.699321  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1559  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.25 
 
 
746 aa  560  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1398  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42 
 
 
739 aa  560  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  8.92312e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2597  GTP pyrophosphokinase  41.57 
 
 
725 aa  559  1e-158  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1473  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.6 
 
 
745 aa  559  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0014242  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12190  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  43.13 
 
 
716 aa  556  1e-157  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.55141e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1451  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.6 
 
 
745 aa  558  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00161513  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2280  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.18 
 
 
734 aa  555  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0122723  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0960  GTP pyrophosphokinase  40.59 
 
 
745 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00215739  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0204  GTP pyrophosphokinase  40.59 
 
 
745 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0162013  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1576  GTP pyrophosphokinase  40.59 
 
 
746 aa  552  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2496  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  42.35 
 
 
747 aa  553  1e-156  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1709  GTP diphosphokinase  40.73 
 
 
745 aa  554  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.547972  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1542  GTP pyrophosphokinase  40.59 
 
 
745 aa  553  1e-156  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4614  (p)ppGpp synthetase I, SpoT/RelA  41.23 
 
 
744 aa  554  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00159088  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>