More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1163 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1163  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 385 aa  773    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0154539 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1356  RND family efflux transporter MFP subunit  76.62 
 
 		 387 aa  619  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00018874 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1255  RND family efflux transporter MFP subunit  80.16 
 
 		 391 aa  614  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.518513 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  75.59 
 
 		 384 aa  590  1e-167  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1536  AcrA/E family efflux transporter MFP subunit  39.78 
 
 		 416 aa  269  8e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  37.36 
 
 		 372 aa  232  1e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  35.95 
 
 		 392 aa  230  3e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  37.16 
 
 		 405 aa  226  8e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  35.26 
 
 		 376 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.77 
 
 		 395 aa  215  8e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  35.14 
 
 		 368 aa  215  9.999999999999999e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  36.57 
 
 		 375 aa  213  3.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.67 
 
 		 422 aa  213  7e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  34.88 
 
 		 400 aa  212  1e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  35.47 
 
 		 398 aa  211  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03218  Membrane-fusion protein  34.32 
 
 		 428 aa  211  3e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  35.66 
 
 		 382 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0402  secretion protein HlyD  36.68 
 
 		 403 aa  207  2e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  33.87 
 
 		 395 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 431 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  33.87 
 
 		 395 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.57 
 
 		 396 aa  207  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1593  secretion protein HlyD  39.6 
 
 		 400 aa  207  3e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000034507  unclonable  0.000000261884 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  33.96 
 
 		 388 aa  207  3e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  34.83 
 
 		 384 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3079  secretion protein HlyD  34.33 
 
 		 418 aa  205  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.787711  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  34.26 
 
 		 384 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.28 
 
 		 398 aa  205  1e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.69 
 
 		 433 aa  204  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  32.8 
 
 		 383 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  32.8 
 
 		 442 aa  203  4e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  32.24 
 
 		 428 aa  203  5e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  34.13 
 
 		 395 aa  202  6e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  35.04 
 
 		 412 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  35.04 
 
 		 412 aa  202  7e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  35.04 
 
 		 412 aa  202  8e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.57 
 
 		 397 aa  202  9e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.29 
 
 		 412 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  33.42 
 
 		 425 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  34.1 
 
 		 386 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  36.29 
 
 		 412 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  35.83 
 
 		 412 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  32.87 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.87 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  32.87 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  33.06 
 
 		 386 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  32.87 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  32.87 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  32.87 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  32.87 
 
 		 385 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.71 
 
 		 384 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  36.02 
 
 		 412 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  34.85 
 
 		 431 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  33.71 
 
 		 384 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  33.78 
 
 		 394 aa  199  6e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  34.05 
 
 		 476 aa  199  7e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  35.75 
 
 		 412 aa  199  7e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0667  RND family efflux transporter MFP subunit  34.22 
 
 		 396 aa  199  7.999999999999999e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  34.45 
 
 		 390 aa  199  9e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  35.4 
 
 		 409 aa  199  9e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.42 
 
 		 399 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.51 
 
 		 386 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1018  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 		 420 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0859  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  34.15 
 
 		 420 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0738  RND family efflux transporter MFP subunit  34.22 
 
 		 430 aa  198  1.0000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2050  secretion protein HlyD  36.8 
 
 		 426 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  32.6 
 
 		 385 aa  198  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  35.14 
 
 		 397 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.14 
 
 		 397 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  35.14 
 
 		 397 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0854  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  33.88 
 
 		 420 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719076  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  35.14 
 
 		 397 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0315  RND family efflux transporter MFP subunit  33.88 
 
 		 420 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0058  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  33.88 
 
 		 420 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0523497  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  35.14 
 
 		 397 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  32.6 
 
 		 385 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2445  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  33.88 
 
 		 420 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0610  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  33.88 
 
 		 420 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.80065  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  35.14 
 
 		 409 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  35.14 
 
 		 397 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.77 
 
 		 379 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  35.14 
 
 		 409 aa  197  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1229  RND efflux system membrane fusion protein  35.06 
 
 		 428 aa  197  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0847833 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0647  RND family efflux transporter MFP subunit  35.51 
 
 		 425 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2659  secretion protein HlyD  35.89 
 
 		 417 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3923  multidrug efflux system protein  33.89 
 
 		 387 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5503  RND family efflux transporter MFP subunit  35.51 
 
 		 445 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00522591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0680  RND family efflux transporter MFP subunit  34.05 
 
 		 420 aa  196  6e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.557778  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0828  RND family efflux transporter MFP subunit  32.28 
 
 		 396 aa  196  7e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0932  precursor of drug resistance protein  33.15 
 
 		 396 aa  196  8.000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  33.42 
 
 		 397 aa  194  1e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  32.18 
 
 		 405 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  32.98 
 
 		 405 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  34.86 
 
 		 385 aa  195  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  32 
 
 		 405 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  33.96 
 
 		 412 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.11 
 
 		 396 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5837  secretion protein HlyD  33.96 
 
 		 412 aa  194  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91911  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  32.18 
 
 		 405 aa  194  3e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2866  secretion protein HlyD  34.66 
 
 		 400 aa  193  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.21396  normal  0.0804187 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>