More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1095 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1095  ArsR family transcriptional regulator  100 
 
 
98 aa  199  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000620503  normal  0.070685 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1190  ArsR family transcriptional regulator  96.94 
 
 
98 aa  194  4.0000000000000005e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00010661  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1287  ArsR family transcriptional regulator  94.9 
 
 
98 aa  191  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000165957  normal  0.329148 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1079  ArsR family transcriptional regulator  93.81 
 
 
104 aa  186  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000795282  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3538  transcriptional regulator HlyU  90.82 
 
 
98 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1117  regulatory protein ArsR  90.82 
 
 
98 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000362609  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1151  ArsR family transcriptional regulator  90.82 
 
 
98 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000355977  normal  0.185077 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1050  regulatory protein, ArsR  90.82 
 
 
98 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000242354  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3239  transcriptional regulator, ArsR family  90.82 
 
 
98 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00078895  normal  0.52452 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2961  ArsR family transcriptional regulator  90.82 
 
 
98 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000318119  normal  0.703465 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3043  ArsR family transcriptional regulator  90.82 
 
 
98 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000176438  normal  0.676383 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1055  regulatory protein, ArsR  90.82 
 
 
98 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584265  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3141  ArsR family transcriptional regulator  90.82 
 
 
98 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000177762  normal  0.988511 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0920  transcriptional regulator HlyU  90.82 
 
 
98 aa  181  3e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000331953  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2894  transcriptional regulator, ArsR family protein  85.71 
 
 
98 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0578791  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2727  regulatory protein, ArsR  81.63 
 
 
98 aa  168  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000369896  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0576  transcriptional activator HlyU  64.95 
 
 
103 aa  129  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000103894  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004423  transcriptional activator HlyU  64.95 
 
 
100 aa  122  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000188739  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00976  hypothetical protein  62.89 
 
 
101 aa  119  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0210  transcriptional activator HlyU  66.27 
 
 
85 aa  110  9e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000976206  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2367  regulatory protein ArsR  54.74 
 
 
97 aa  103  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.74667  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2615  ArsR family transcriptional regulator  49.49 
 
 
119 aa  103  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.237547  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3223  ArsR family transcriptional regulator  50.52 
 
 
123 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.675106  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0026  ArsR family transcriptional regulator  52.58 
 
 
101 aa  97.8  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.849172  normal  0.018094 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0020  regulatory protein, ArsR  51.55 
 
 
101 aa  95.9  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1619  regulatory protein ArsR  47.92 
 
 
103 aa  95.1  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000554955  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1937  ArsR family transcriptional regulator  55.17 
 
 
107 aa  95.1  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0026  ArsR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
102 aa  94.4  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0025  ArsR family transcriptional regulator  53.26 
 
 
101 aa  94.4  4e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4201  regulatory protein, ArsR  51.09 
 
 
106 aa  94.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.541615  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0023  ArsR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
102 aa  94.7  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000124872  hitchhiker  0.000733869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0021  ArsR family transcriptional regulator  49.48 
 
 
102 aa  94.7  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000364753  normal  0.0654899 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0037  ArsR family transcriptional regulator  51.55 
 
 
102 aa  94.4  4e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.139091 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0028  regulatory protein, ArsR  50.52 
 
 
102 aa  94.4  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000136281  normal  0.0492639 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0018  transcriptional regulator, ArsR family protein  50.52 
 
 
101 aa  94  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.591177  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0025  ArsR family transcriptional regulator  48.45 
 
 
102 aa  93.2  9e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00398711  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0029  ArsR family transcriptional regulator  48.45 
 
 
102 aa  93.2  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000481298  hitchhiker  0.000000745632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0018  regulatory protein, ArsR  48.45 
 
 
102 aa  93.2  9e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.413678  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0021  regulatory protein ArsR  48.45 
 
 
102 aa  93.2  9e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00282375  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0025  transcriptional regulator, ArsR family  48.45 
 
 
102 aa  93.2  9e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.111257  hitchhiker  0.00000153005 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0026  regulatory protein, ArsR  48.45 
 
 
102 aa  93.2  9e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000871967  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0132  transcriptional regulator, TrmB  48.91 
 
 
107 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.500146  normal  0.0196192 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0024  ArsR family transcriptional regulator  48.45 
 
 
101 aa  92  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000555304  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3721  ArsR family transcriptional regulator  48.91 
 
 
104 aa  90.9  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0645821  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3285  transcriptional regulator ArsR family  45.92 
 
 
105 aa  90.9  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4139  transcriptional regulator, ArsR family  47.83 
 
 
107 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.908803  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2370  ArsR family transcriptional regulator  43.01 
 
 
103 aa  90.1  9e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000192814  hitchhiker  0.0000168087 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000101  transcriptional regulator ArsR family  46.39 
 
 
102 aa  89.4  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.344497  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4302  ArsR family transcriptional regulator  48.91 
 
 
106 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.372535 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1236  ArsR family transcriptional regulator  45.45 
 
 
101 aa  89  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.118736  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2316  transcriptional regulator, TrmB  46.74 
 
 
107 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.66279  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2292  ArsR family transcriptional regulator  52.63 
 
 
99 aa  88.2  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.863307  hitchhiker  0.000000172581 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3096  transcriptional regulator, ArsR family  52.38 
 
 
105 aa  88.2  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.556468  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2827  transcriptional regulator, ArsR family  52.38 
 
 
105 aa  87.8  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313122  normal  0.191386 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1211  transcriptional regulator, ArsR family  47.73 
 
 
113 aa  87.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0149  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 
108 aa  87  7e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0363  regulatory protein, ArsR  44.32 
 
 
111 aa  87  8e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000621973 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2105  ArsR family transcriptional regulator  52.63 
 
 
100 aa  87  8e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3459  ArsR family transcriptional regulator  51.14 
 
 
112 aa  85.5  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0923  transcriptional regulator, TrmB  46.24 
 
 
105 aa  85.5  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1717  ArsR family transcriptional regulator  45.65 
 
 
122 aa  85.5  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.805435  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2309  regulatory protein ArsR  51.69 
 
 
114 aa  85.9  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.374797 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4153  transcriptional regulator, ArsR family  46.94 
 
 
119 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.161785  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1609  regulatory protein ArsR  45.16 
 
 
110 aa  84.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.020188  normal  0.119159 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0793  regulatory protein, ArsR  44.33 
 
 
105 aa  85.1  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0240  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 
110 aa  84.7  4e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02523  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.3 
 
 
99 aa  84.3  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1016  transcriptional regulator, ArsR family  41.3 
 
 
99 aa  84.3  5e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1543  transcription regulator protein  43.16 
 
 
121 aa  84.3  5e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0436972 
 
 
-
 
NC_004310  BR1589  ArsR family transcriptional regulator  49.44 
 
 
115 aa  84.3  5e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.000194684  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2942  regulatory protein ArsR  41.05 
 
 
99 aa  84.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.130788 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2947  ArsR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
99 aa  84.3  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2802  ArsR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
99 aa  84.3  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1306  ArsR family transcriptional regulator  45.36 
 
 
109 aa  84.3  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.680406  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1532  ArsR family transcriptional regulator  49.44 
 
 
115 aa  84.3  5e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02487  hypothetical protein  41.3 
 
 
99 aa  84.3  5e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1039  ArsR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
99 aa  84.3  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5567  transcriptional regulator, ArsR family  43.3 
 
 
109 aa  84  6e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.119267  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1580  regulatory protein ArsR  48.31 
 
 
115 aa  84  7e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.0014541  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3666  ArsR family transcriptional regulator  45.36 
 
 
116 aa  83.6  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2476  ArsR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
110 aa  83.6  8e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0234  ArsR family transcriptional regulator  44.9 
 
 
112 aa  83.2  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3909  transcriptional regulator, ArsR family  41.3 
 
 
99 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.305368 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2787  ArsR family transcriptional regulator  41.3 
 
 
99 aa  83.2  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.255483 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3556  transcriptional regulator, ArsR family  46.81 
 
 
103 aa  82  0.000000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.859788  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6240  ArsR family transcriptional regulator  43.01 
 
 
94 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.668362  normal  0.873171 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5186  transcriptional regulator, ArsR family  47.67 
 
 
117 aa  82  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251574  normal  0.286102 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3214  transcriptional regulator, ArsR family  40.22 
 
 
99 aa  82.4  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3099  regulatory protein ArsR  40 
 
 
99 aa  82.4  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.22781  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0961  regulatory protein, ArsR  38.14 
 
 
135 aa  82.4  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2994  regulatory protein ArsR  40 
 
 
99 aa  82.4  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.566931  normal  0.0250812 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2896  regulatory protein ArsR  50.52 
 
 
146 aa  82  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.669424 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05708  hypothetical protein  45.65 
 
 
97 aa  82  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6792  ArsR family transcriptional regulator  47.44 
 
 
108 aa  81.3  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.439051  normal  0.0283932 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1050  ArsR family transcriptional regulator  50 
 
 
141 aa  81.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2977  regulatory protein ArsR  38.95 
 
 
99 aa  81.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.623995  normal  0.100497 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2910  regulatory protein, ArsR  38.95 
 
 
99 aa  81.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4701  regulatory protein, ArsR  38.14 
 
 
106 aa  80.9  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.593544  normal  0.304994 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4845  ArsR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
117 aa  80.5  0.000000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.88306 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0333  ArsR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
104 aa  80.1  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>