More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1054 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1054  ribonuclease III  100 
 
 		 225 aa  461  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0953416  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1037  ribonuclease III  81.78 
 
 		 225 aa  385  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00165891  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1148  ribonuclease III  79.11 
 
 		 225 aa  380  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00543431  normal  0.710949 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1245  ribonuclease III  78.76 
 
 		 226 aa  367  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000188917  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3112  ribonuclease III  78.32 
 
 		 226 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000174676  hitchhiker  0.00647326 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1159  ribonuclease III  79.2 
 
 		 226 aa  365  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0446334  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1201  ribonuclease III  78.32 
 
 		 226 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00370758  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1278  ribonuclease III  78.32 
 
 		 226 aa  365  1e-100  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.251882  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2848  ribonuclease III  79.2 
 
 		 226 aa  364  1e-100  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0494386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3026  ribonuclease III  79.2 
 
 		 226 aa  364  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00287209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1243  ribonuclease III  79.56 
 
 		 225 aa  364  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000271922  unclonable  0.0000000131093 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2930  ribonuclease III  78.76 
 
 		 226 aa  363  1e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0449056  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1348  ribonuclease III  77.88 
 
 		 226 aa  362  2e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2929  ribonuclease III  78.32 
 
 		 226 aa  362  3e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0880  ribonuclease III  76.99 
 
 		 226 aa  359  2e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.199986 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2766  ribonuclease III  75.22 
 
 		 226 aa  352  2.9999999999999997e-96  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000758412  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002497  ribonuclease III  69.72 
 
 		 225 aa  310  1e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.186598  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03536  ribonuclease III  69.72 
 
 		 225 aa  310  2e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2039  ribonuclease III  66.52 
 
 		 225 aa  296  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.875758  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0640  ribonuclease III  65.6 
 
 		 228 aa  290  8e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.394276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2525  ribonuclease III  66.82 
 
 		 223 aa  289  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0485221  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3071  ribonuclease III  65.78 
 
 		 226 aa  286  1e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0430535  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3054  ribonuclease III  65.88 
 
 		 226 aa  284  9e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.255199  hitchhiker  0.00979275 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1204  ribonuclease III  65.33 
 
 		 226 aa  282  2.0000000000000002e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.401784  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02461  ribonuclease III  63.56 
 
 		 226 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1101  Ribonuclease III  63.56 
 
 		 226 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0115033  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2932  ribonuclease III  63.56 
 
 		 226 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.223981  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2722  ribonuclease III  63.56 
 
 		 226 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.444526  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2720  ribonuclease III  63.56 
 
 		 226 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0115218  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02425  hypothetical protein  63.56 
 
 		 226 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2853  ribonuclease III  63.56 
 
 		 226 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0190873  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1110  ribonuclease III  63.56 
 
 		 226 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.506107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3803  ribonuclease III  63.56 
 
 		 226 aa  282  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.430453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2847  ribonuclease III  63.56 
 
 		 245 aa  280  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0152776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2959  ribonuclease III  63.56 
 
 		 245 aa  280  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2784  ribonuclease III  63.56 
 
 		 245 aa  280  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2743  ribonuclease III  63.56 
 
 		 245 aa  280  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00278248  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2824  ribonuclease III  63.56 
 
 		 245 aa  280  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2785  ribonuclease III  63.56 
 
 		 226 aa  279  3e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.40342  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1068  ribonuclease III  63.11 
 
 		 226 aa  278  6e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4122  ribonuclease III  61.09 
 
 		 266 aa  273  2.0000000000000002e-72  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3611  ribonuclease III  65.4 
 
 		 226 aa  262  3e-69  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.228874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1189  ribonuclease III  65.4 
 
 		 226 aa  262  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.17286  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3669  ribonuclease III  64.45 
 
 		 226 aa  262  3e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1136  ribonuclease III  65.4 
 
 		 226 aa  262  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0329439  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1631  ribonuclease III  58.33 
 
 		 226 aa  256  2e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00732498  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1240  ribonuclease III  58.22 
 
 		 227 aa  256  2e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0734  ribonuclease III  54.95 
 
 		 233 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0114504  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  57.59 
 
 		 228 aa  251  5.000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1246  ribonuclease III  61.65 
 
 		 227 aa  250  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.831456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2245  ribonuclease III  56.25 
 
 		 229 aa  248  6e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  59.05 
 
 		 233 aa  245  3e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0281  ribonuclease III  59.8 
 
 		 225 aa  239  2e-62  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0481  ribonuclease III  54.79 
 
 		 233 aa  236  3e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2243  RNAse III  55.05 
 
 		 226 aa  235  5.0000000000000005e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670311 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  55.19 
 
 		 228 aa  232  3e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1686  ribonuclease III  54.34 
 
 		 233 aa  232  4.0000000000000004e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4374  ribonuclease III  56.94 
 
 		 229 aa  230  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54330  ribonuclease III  56.67 
 
 		 229 aa  230  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1475  ribonuclease III  56.28 
 
 		 229 aa  230  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.723705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4749  ribonuclease III  57.21 
 
 		 229 aa  229  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.190764  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1433  ribonuclease III  56.48 
 
 		 229 aa  228  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00353608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4288  ribonuclease III  56.48 
 
 		 229 aa  228  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0034  ribonuclease III  50.92 
 
 		 234 aa  226  2e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13780  ribonuclease III  57.42 
 
 		 229 aa  226  3e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3951  ribonuclease III  56.67 
 
 		 229 aa  225  4e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1073  ribonuclease III  56.67 
 
 		 229 aa  225  4e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1834  ribonuclease III  54.5 
 
 		 224 aa  225  5.0000000000000005e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4217  ribonuclease III  56.67 
 
 		 229 aa  224  6e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.186649  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1831  ribonuclease III  53.6 
 
 		 224 aa  223  1e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0994  ribonuclease III  57.62 
 
 		 229 aa  224  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.683034  normal  0.0568785 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3149  ribonuclease III  56.6 
 
 		 227 aa  222  4.9999999999999996e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000776488  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1463  ribonuclease III  52.04 
 
 		 230 aa  219  3e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0993  ribonuclease III  55.3 
 
 		 256 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0631846  normal  0.0801733 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1375  ribonuclease III  52.36 
 
 		 227 aa  218  6e-56  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0928  ribonuclease III  54.84 
 
 		 256 aa  218  7.999999999999999e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.571446  normal  0.149917 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  50.67 
 
 		 243 aa  216  2e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2252  ribonuclease III  53.85 
 
 		 256 aa  214  5.9999999999999996e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1444  ribonuclease III  51.89 
 
 		 227 aa  213  9.999999999999999e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0406  ribonuclease III  54.41 
 
 		 263 aa  212  2.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.832098  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1063  ribonuclease III  55.98 
 
 		 256 aa  212  3.9999999999999995e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0362018  normal  0.166075 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2418  ribonuclease III  53.99 
 
 		 256 aa  211  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.277213 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01717  ribonuclease III  51.63 
 
 		 226 aa  209  3e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.622323  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1753  ribonuclease III  51.39 
 
 		 230 aa  207  8e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0413  ribonuclease III  54.31 
 
 		 263 aa  204  9e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2975  ribonuclease III  51.12 
 
 		 226 aa  199  1.9999999999999998e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00170504  hitchhiker  0.00754361 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2312  ribonuclease III  49.08 
 
 		 222 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.842494  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1121  Ribonuclease III  49.12 
 
 		 226 aa  198  6e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1400  ribonuclease III  49.12 
 
 		 226 aa  198  6e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2086  ribonuclease III  54.59 
 
 		 226 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.492575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0841  ribonuclease III  53.4 
 
 		 441 aa  195  5.000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2029  ribonuclease III  48.82 
 
 		 222 aa  194  9e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0184754  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1092  Ribonuclease III  52.82 
 
 		 228 aa  194  9e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0863  ribonuclease III  50.75 
 
 		 248 aa  193  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.016205 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1007  ribonuclease III  50.75 
 
 		 248 aa  193  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0279333 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2815  ribonuclease III  53.03 
 
 		 467 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2895  ribonuclease III  53.93 
 
 		 467 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1085  ribonuclease III  52.88 
 
 		 428 aa  193  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.204259  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2466  ribonuclease III  53.03 
 
 		 467 aa  193  2e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2779  ribonuclease III  53.93 
 
 		 467 aa  193  2e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>