More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1033 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_1033  putative radical SAM protein  100 
 
 		 330 aa  684    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.247016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1222  putative radical SAM protein  75.42 
 
 		 312 aa  488  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.101192  normal  0.0468931 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1014  putative radical SAM protein  76.41 
 
 		 309 aa  482  1e-135  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.531424  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1127  putative radical SAM protein  74.42 
 
 		 308 aa  474  1e-132  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0121319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1179  putative radical SAM protein  71.24 
 
 		 309 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1256  putative radical SAM protein  71.24 
 
 		 309 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0785555  normal  0.353815 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1137  putative radical SAM protein  71.9 
 
 		 309 aa  457  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00496914  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3134  hypothetical protein  70.92 
 
 		 309 aa  457  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000932261  normal  0.614838 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1223  putative radical SAM protein  70.92 
 
 		 309 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.784754  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1326  hypothetical protein  70.59 
 
 		 309 aa  448  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3048  putative radical SAM protein  70.59 
 
 		 309 aa  451  1e-125  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0315161  normal  0.32107 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2870  putative radical SAM protein  69.93 
 
 		 309 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00453128  normal  0.0632795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2952  putative radical SAM protein  69.93 
 
 		 309 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.432245  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2950  putative radical SAM protein  66.25 
 
 		 322 aa  434  1e-121  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.474173  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0858  hypothetical protein  59.46 
 
 		 317 aa  370  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104064  normal  0.132523 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4343  putative radical SAM protein  57.81 
 
 		 312 aa  357  1.9999999999999998e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.122173 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1950  hypothetical protein  55.63 
 
 		 316 aa  353  2.9999999999999997e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3790  hypothetical protein  57.53 
 
 		 314 aa  351  8e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0994894  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00929  Fe-S oxidoreductase  56.38 
 
 		 314 aa  350  1e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0300  hypothetical protein  56.19 
 
 		 309 aa  347  2e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.558235  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0306  hypothetical protein  56.19 
 
 		 309 aa  345  4e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.216797  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004465  hypothetical protein  56.85 
 
 		 319 aa  344  1e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3559  radical SAM protein, TIGR01212 family  55.52 
 
 		 309 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0531  putative radical SAM protein  55.96 
 
 		 329 aa  339  2.9999999999999998e-92  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.233315  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0468  radical SAM family protein  55.96 
 
 		 307 aa  339  4e-92  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3632  hypothetical protein  55.52 
 
 		 317 aa  338  7e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.197622  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03076  predicted Fe-S oxidoreductase  55.18 
 
 		 309 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.709944  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0496  conserved hypothetical protein  55.18 
 
 		 309 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3404  radical SAM family protein  55.18 
 
 		 309 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4534  radical SAM protein, TIGR01212 family  55.18 
 
 		 309 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3699  radical SAM family protein  55.18 
 
 		 309 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0489  putative radical SAM protein  55.18 
 
 		 320 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.577174 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03027  hypothetical protein  55.18 
 
 		 309 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.828625  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3507  radical SAM family protein  55.18 
 
 		 309 aa  336  2.9999999999999997e-91  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3627  hypothetical protein  55.18 
 
 		 309 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.672413 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3520  radical SAM protein, TIGR01212 family  55.18 
 
 		 309 aa  335  5e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1127  radical SAM family protein  55.96 
 
 		 327 aa  335  5e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3522  radical SAM protein, TIGR01212 family  55.18 
 
 		 309 aa  335  5.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.998452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3591  hypothetical protein  55.18 
 
 		 309 aa  334  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3689  hypothetical protein  55.18 
 
 		 309 aa  334  1e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3655  putative radical SAM protein  52.44 
 
 		 328 aa  333  3e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0760029 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2187  hypothetical protein  50.17 
 
 		 316 aa  284  2.0000000000000002e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000345504 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0260  conserved hypothetical radical SAM protein  42.07 
 
 		 307 aa  259  3e-68  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2603  radical SAM superfamily protein  38.23 
 
 		 313 aa  238  9e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1850  hypothetical protein  39.79 
 
 		 317 aa  236  3e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.013981  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1815  hypothetical protein  39.79 
 
 		 317 aa  236  3e-61  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.501711  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1320  hypothetical protein  37.88 
 
 		 317 aa  230  2e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3163  hypothetical protein  42.52 
 
 		 310 aa  231  2e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.096251  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4646  hypothetical protein  38.05 
 
 		 319 aa  229  4e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4481  Fe-S oxidoreductase  38.38 
 
 		 319 aa  229  4e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5001  hypothetical protein  38.05 
 
 		 319 aa  229  4e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4871  conserved hypothetical protein TIGR01212  38.05 
 
 		 319 aa  229  5e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1156  putative radical SAM protein  42.61 
 
 		 307 aa  229  5e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0308267  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4499  Fe-S oxidoreductase  38.05 
 
 		 319 aa  228  9e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4885  conserved hypothetical protein TIGR01212  38.05 
 
 		 319 aa  228  9e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4861  conserved hypothetical protein TIGR01212  38.05 
 
 		 319 aa  228  1e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4579  putative radical SAM protein  38.05 
 
 		 319 aa  228  1e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0376  hypothetical protein TIGR01212  38.05 
 
 		 319 aa  228  1e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3661  putative radical SAM protein  40.88 
 
 		 319 aa  226  3e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1418  conserved hypothetical radical SAM protein  37.5 
 
 		 312 aa  224  1e-57  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2882  radical SAM family protein  38.36 
 
 		 311 aa  224  2e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2563  radical SAM family protein  38.36 
 
 		 311 aa  224  2e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4892  hypothetical protein  37.04 
 
 		 319 aa  221  9e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3422  putative radical SAM protein  36.7 
 
 		 319 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1401  hypothetical protein  39.1 
 
 		 311 aa  220  3e-56  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0103  putative radical SAM protein  38.68 
 
 		 304 aa  219  3.9999999999999997e-56  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0139654 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1335  hypothetical protein  37.63 
 
 		 328 aa  219  7e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0087579  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0964  putative radical SAM protein  44.44 
 
 		 311 aa  219  7e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1611  radical SAM superfamily protein  39.45 
 
 		 314 aa  219  7e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.586759  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3477  putative radical SAM protein  39.74 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.143192  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3769  conserved hypothetical radical SAM protein  39.87 
 
 		 321 aa  215  8e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3168  conserved hypothetical radical SAM protein  38.76 
 
 		 311 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000379648  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2769  hypothetical protein  36.36 
 
 		 320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0254774  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2936  hypothetical protein  38.19 
 
 		 319 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.971153  hitchhiker  0.00000000000000717489 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3853  hypothetical protein  40.54 
 
 		 311 aa  213  1.9999999999999998e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000731814 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2960  Fe-S oxidoreductase  39.04 
 
 		 306 aa  212  5.999999999999999e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.392137  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4119  putative radical SAM protein  42.81 
 
 		 305 aa  212  7e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000155927  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0664  hypothetical protein  37.79 
 
 		 318 aa  206  3e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.08613e-26 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0367  radical SAM family protein  39.31 
 
 		 305 aa  206  6e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0395363  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0038  conserved hypothetical radical SAM protein  37.79 
 
 		 318 aa  205  7e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0651  conserved hypothetical radical SAM protein  37.12 
 
 		 318 aa  203  4e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2022  hypothetical protein  38.51 
 
 		 338 aa  202  5e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1005  hypothetical protein  38.98 
 
 		 325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1872  hypothetical protein  34.34 
 
 		 319 aa  200  1.9999999999999998e-50  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.22126  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0586  radical SAM family protein  38.83 
 
 		 319 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0760  putative radical SAM protein  36.91 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.992819  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0609  putative radical SAM protein  37.67 
 
 		 331 aa  199  7e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.165086  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1736  hypothetical protein  37.68 
 
 		 317 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2819  conserved hypothetical radical SAM protein  41.73 
 
 		 372 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2080  hypothetical protein  34.36 
 
 		 316 aa  196  5.000000000000001e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0408  putative radical SAM protein  36.86 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0175  hypothetical protein  34.52 
 
 		 317 aa  193  3e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.46847  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4117  hypothetical protein  40.07 
 
 		 334 aa  192  5e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0997  hypothetical protein  37.42 
 
 		 368 aa  192  8e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.961706  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0407  putative radical SAM protein  33.96 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.145155  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0422  putative radical SAM protein  33.96 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3355  hypothetical protein  37.98 
 
 		 317 aa  189  7e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.378299  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0347  putative radical SAM protein  36.62 
 
 		 293 aa  185  1.0000000000000001e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0739  radical SAM family protein  33.11 
 
 		 332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.974352  normal  0.805342 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2183  putative radical SAM protein  39.49 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>