More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0982 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0982  hypothetical protein  100 
 
 		 508 aa  1048    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0416  hypothetical protein  37.55 
 
 		 493 aa  347  3e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4262  hypothetical protein  40.09 
 
 		 487 aa  332  1e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0695  hypothetical protein  38.61 
 
 		 493 aa  330  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2924  hypothetical protein  36.65 
 
 		 491 aa  329  7e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0107  hypothetical protein  38.77 
 
 		 493 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1037  peptidase M20  38.56 
 
 		 497 aa  325  1e-87  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0110  hypothetical protein  35.67 
 
 		 549 aa  310  2.9999999999999997e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12324  normal  0.549417 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0041  hypothetical protein  38.14 
 
 		 493 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00365  hypothetical protein  38.06 
 
 		 510 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.174414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4704  hypothetical protein  38.22 
 
 		 507 aa  302  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0146867 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3627  hypothetical protein  38.22 
 
 		 507 aa  302  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.401936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6284  peptidase M20  34.23 
 
 		 489 aa  266  8e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0450  hypothetical protein  33.62 
 
 		 477 aa  257  4e-67  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000307009  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1065  hypothetical protein  32.52 
 
 		 490 aa  239  8e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.961267 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4389  hypothetical protein  31.52 
 
 		 440 aa  226  7e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI02790  vacuole protein, putative  32.56 
 
 		 591 aa  219  6e-56  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02910  Gly-X carboxypeptidase, putative  30.65 
 
 		 573 aa  209  1e-52  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0748  hypothetical protein  31.14 
 
 		 465 aa  198  2.0000000000000003e-49  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000168707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10500  hypothetical protein  29.5 
 
 		 483 aa  184  4.0000000000000006e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3615  hypothetical protein  29.72 
 
 		 494 aa  181  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006692  CNG01640  conserved hypothetical protein  27.98 
 
 		 660 aa  171  2e-41  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_10986  conserved hypothetical protein  35.78 
 
 		 564 aa  170  7e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34371  Gly-X carboxypeptidase  26.52 
 
 		 582 aa  161  2e-38  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.531597  normal  1 
 
 
-
 
NC_006684  CNB04480  carboxypeptidase s precursor, putative  33.04 
 
 		 587 aa  159  8e-38  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0506615  n/a   
 
 
-
 
NC_006681  CNL06270  carboxypeptidase s precursor, putative  26.95 
 
 		 602 aa  159  1e-37  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04810  vacuolar carboxypeptidase Cps1, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G07040)  33.08 
 
 		 581 aa  155  2e-36  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0953418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3665  hypothetical protein  29.61 
 
 		 478 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3604  peptidase M20  30.62 
 
 		 434 aa  143  8e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.682601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2162  hypothetical protein  30.58 
 
 		 434 aa  140  4.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.335606  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2619  hypothetical protein  29 
 
 		 444 aa  139  1e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.913218  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2253  hypothetical protein  28.06 
 
 		 441 aa  138  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.630202  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4882  hypothetical protein  30.65 
 
 		 443 aa  137  7.000000000000001e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.76417  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_28659  predicted protein  28.18 
 
 		 600 aa  135  9.999999999999999e-31  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.262753 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2313  hypothetical protein  27.51 
 
 		 442 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00701703 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2787  hypothetical protein  27.92 
 
 		 433 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3226  hypothetical protein  28.73 
 
 		 444 aa  134  3e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.236057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3176  hypothetical protein  28.73 
 
 		 444 aa  134  3e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.168778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3164  hypothetical protein  28.73 
 
 		 444 aa  134  3e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.258961  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4949  peptidase M20  28.68 
 
 		 440 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1820  hypothetical protein  28.05 
 
 		 494 aa  134  5e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1781  hypothetical protein  27.27 
 
 		 485 aa  133  9e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0248  hypothetical protein  27.43 
 
 		 469 aa  132  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13850  hypothetical protein  28.12 
 
 		 437 aa  132  1.0000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000318209  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3473  peptidase M20  27.4 
 
 		 432 aa  130  6e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1905  hypothetical protein  28.8 
 
 		 434 aa  128  2.0000000000000002e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000097088 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2159  hypothetical protein  26.62 
 
 		 442 aa  127  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17060  hypothetical protein  29.11 
 
 		 439 aa  128  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.760831 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12171  hypothetical protein  27.95 
 
 		 450 aa  127  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.744068 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2654  peptidase M20  27.53 
 
 		 443 aa  127  5e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3489  hypothetical protein  28.57 
 
 		 430 aa  127  5e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2768  hypothetical protein  26.48 
 
 		 449 aa  127  5e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000530587  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19930  hypothetical protein  28.13 
 
 		 434 aa  126  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.000000770232  decreased coverage  0.0000700572 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9227  peptidase M20  28.37 
 
 		 435 aa  126  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3037  hypothetical protein  28.68 
 
 		 451 aa  125  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2015  peptidase M20  28.26 
 
 		 442 aa  125  2e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.251609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2654  hypothetical protein  26.45 
 
 		 452 aa  125  3e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal  0.0556402 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1165  hypothetical protein  26.01 
 
 		 429 aa  124  3e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0235842  normal  0.624672 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4903  hypothetical protein  27.68 
 
 		 462 aa  124  4e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0308008  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2128  peptidase M20  27.43 
 
 		 446 aa  124  5e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.797778  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3211  peptidase M20  28.46 
 
 		 468 aa  123  8e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11770  hypothetical protein  27.54 
 
 		 441 aa  121  3e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.235527  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2433  peptidase M20  27.05 
 
 		 448 aa  119  9e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00897679  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1670  hypothetical protein  27.61 
 
 		 467 aa  119  9e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0904676  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3468  hypothetical protein  28.86 
 
 		 428 aa  119  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4547  peptidase M20  26.73 
 
 		 440 aa  116  7.999999999999999e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6756  hypothetical protein  28.78 
 
 		 468 aa  116  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.557555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2647  peptidase M20  26.21 
 
 		 442 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.490872  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1922  hypothetical protein  27.34 
 
 		 446 aa  114  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21030  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  27.43 
 
 		 445 aa  114  6e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.575645 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0989  hypothetical protein  26.93 
 
 		 476 aa  113  8.000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.306467 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03550  hypothetical protein  27.85 
 
 		 451 aa  112  2.0000000000000002e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1474  peptidase M20  26 
 
 		 438 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.739931  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1192  hypothetical protein  26.72 
 
 		 439 aa  112  2.0000000000000002e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0330579  normal  0.0773998 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7887  hypothetical protein  28.64 
 
 		 444 aa  110  8.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0760347  normal  0.0510662 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3160  peptidase M20  26.26 
 
 		 421 aa  107  6e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0141  hypothetical protein  26.67 
 
 		 468 aa  105  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0813471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4600  peptidase M20  24.78 
 
 		 473 aa  100  8e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3309  hypothetical protein  26.26 
 
 		 472 aa  98.6  2e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0974288  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0216  hypothetical protein  25.84 
 
 		 457 aa  98.6  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.675958  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  25.59 
 
 		 434 aa  95.9  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1467  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.35 
 
 		 388 aa  85.5  0.000000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3448  peptidase M20  24.29 
 
 		 419 aa  81.6  0.00000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1231  peptidase M20  24.41 
 
 		 485 aa  80.9  0.00000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.29 
 
 		 393 aa  80.1  0.00000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1265  hypothetical protein  24 
 
 		 395 aa  76.3  0.000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.729138 
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_15083  predicted protein  37.93 
 
 		 374 aa  75.1  0.000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34350  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  27.27 
 
 		 477 aa  75.1  0.000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.174691  normal  0.112018 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  23.63 
 
 		 390 aa  72.8  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0993  peptidase M20  20.83 
 
 		 452 aa  72.4  0.00000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0767471  normal  0.440211 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.02 
 
 		 442 aa  71.6  0.00000000003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.87 
 
 		 375 aa  71.2  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01145  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.42 
 
 		 376 aa  69.3  0.0000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0346694  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.06 
 
 		 374 aa  68.9  0.0000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.06 
 
 		 374 aa  68.9  0.0000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3295  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.85 
 
 		 409 aa  68.6  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.15 
 
 		 386 aa  68.2  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0256  acetylornithine deacetylase  22.86 
 
 		 385 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1547  peptidase M20  24.38 
 
 		 455 aa  68.2  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.955389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.54 
 
 		 395 aa  67.4  0.0000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>