More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0895 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0895  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
427 aa  873    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000439067  normal  0.678719 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0980  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  68.9 
 
 
430 aa  560  1e-158  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.41247  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1029  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  67.7 
 
 
420 aa  550  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000317238  normal  0.345558 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3007  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  64.2 
 
 
422 aa  503  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000233737  normal  0.0772482 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3185  ATPase domain-containing protein  63.96 
 
 
422 aa  501  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00240847  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1070  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  63.01 
 
 
422 aa  499  1e-140  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000572613  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1009  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  62 
 
 
422 aa  497  1e-139  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000107691  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3595  sensor protein RstB, putative  62.19 
 
 
440 aa  495  1e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0877  histidine kinase  60.6 
 
 
422 aa  497  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000773434  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3288  histidine kinase  63.01 
 
 
422 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000647105  normal  0.19017 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1103  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  63.01 
 
 
422 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000605909  normal  0.0234828 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1001  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  62.77 
 
 
422 aa  490  1e-137  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000619946  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2801  sensor protein RstB, putative  61.45 
 
 
420 aa  484  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.034876  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3088  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  63.96 
 
 
422 aa  472  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000859789  normal  0.518729 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3170  sensor histidine kinase  31.07 
 
 
428 aa  224  3e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0551  sensor protein RstB, putative  33.33 
 
 
429 aa  215  9.999999999999999e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.142543  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3572  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.01 
 
 
417 aa  194  3e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0627622  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3390  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.81 
 
 
428 aa  184  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0198  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.92 
 
 
563 aa  181  2e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0571647  normal  0.0293056 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2021  signal transduction histidine kinase sensor  34.62 
 
 
561 aa  181  2e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.887772 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2324  histidine kinase  34.87 
 
 
561 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00982982  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41270  putative two-component sensor  35.85 
 
 
428 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3499  sensor kinase RpeA  35.29 
 
 
428 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3149  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.56 
 
 
546 aa  177  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.305074  normal  0.0948904 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1840  sensor protein RstB  29.33 
 
 
432 aa  176  7e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0557058 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000580  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  35.17 
 
 
431 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00239122  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4221  two-component sensor  34.45 
 
 
538 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4493  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 
458 aa  173  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.130131  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3205  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 
409 aa  173  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.540816 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49420  two-component sensor  33.78 
 
 
452 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0003153  normal  0.529806 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0870  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 
469 aa  172  9e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4244  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.74 
 
 
536 aa  172  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.484771  normal  0.91746 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1333  histidine kinase  31.26 
 
 
461 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.249082  normal  0.153676 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0818  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.46 
 
 
409 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000601412 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1351  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.26 
 
 
461 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1427  sensor protein RstB  29.66 
 
 
439 aa  170  6e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05292  histidine kinase  33.1 
 
 
428 aa  169  7e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3061  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.47 
 
 
436 aa  169  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4234  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.37 
 
 
535 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.7582  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1194  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.83 
 
 
535 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00846308  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3977  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.54 
 
 
433 aa  168  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0750  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.31 
 
 
430 aa  166  5e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.542154  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3715  sensor histidine kinase  32.54 
 
 
536 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0148032 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3568  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
432 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.283138  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1590  sensor protein RstB  30.61 
 
 
433 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00520331  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3500  histidine kinase  28.74 
 
 
430 aa  166  8e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2034  histidine kinase  30.61 
 
 
433 aa  166  9e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0105815  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1212  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.13 
 
 
535 aa  166  9e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.111449  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2319  sensor protein RstB  30.61 
 
 
433 aa  166  9e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0220654  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3689  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.34 
 
 
430 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.142231  normal  0.016382 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3063  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  35.08 
 
 
433 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.9979  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1817  sensor protein RstB  30.61 
 
 
433 aa  166  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0672231  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1182  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.88 
 
 
535 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.955625  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3678  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.24 
 
 
376 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.227613 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1673  sensor histidine kinase  34.34 
 
 
464 aa  164  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0308  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 
535 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01578  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with RstA  30.47 
 
 
433 aa  163  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0585044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1684  sensor protein RstB  30.47 
 
 
433 aa  163  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.457824  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2021  sensor protein RstB  30.47 
 
 
433 aa  163  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01568  hypothetical protein  30.47 
 
 
433 aa  163  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0704541  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0304  histidine kinase  32.69 
 
 
347 aa  163  7e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0845  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.08 
 
 
431 aa  162  1e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.021022  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1795  sensor protein RstB  30.61 
 
 
433 aa  161  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0023579  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3430  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.01 
 
 
376 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.642947  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.01 
 
 
376 aa  160  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  unclonable  0.0000179203 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0933  sensor histidine kinase  35.99 
 
 
442 aa  160  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.141795  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2258  sensor kinase protein  35.99 
 
 
442 aa  160  5e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1018  sensor histidine kinase  35.99 
 
 
442 aa  160  5e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3308  ATPase domain-containing protein  33.23 
 
 
409 aa  160  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5350  histidine kinase  33.67 
 
 
376 aa  160  6e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.485302  normal  0.0898754 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1145  sensor histidine kinase  36.36 
 
 
442 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1518  sensor histidine kinase  36.36 
 
 
442 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.250734  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0095  sensor histidine kinase  36.36 
 
 
442 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.18865  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0676  histidine kinase  30.24 
 
 
400 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.887775  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0753  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.11 
 
 
376 aa  159  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0120668 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1740  sensor histidine kinase  36.04 
 
 
442 aa  159  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.187783  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0558  ATP-binding region, ATPase-like protein  30.39 
 
 
431 aa  159  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1570  sensor protein RstB  28.89 
 
 
433 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0165885  normal  0.0828626 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1580  sensor protein RstB  28.89 
 
 
433 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.118094  normal  0.442453 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4885  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.2 
 
 
376 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000167988 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1872  sensor protein RstB  29.12 
 
 
433 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00123019  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4368  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.88 
 
 
376 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.04612  normal  0.0125384 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1639  sensor protein RstB  28.89 
 
 
433 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.449501  normal  0.84146 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1703  sensor protein RstB  29.12 
 
 
436 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0181104  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1789  sensor protein RstB  33.33 
 
 
451 aa  157  5.0000000000000005e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3391  histidine kinase  36.52 
 
 
485 aa  156  6e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0812164  normal  0.286483 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0937  sensor histidine kinase  31.71 
 
 
440 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000147175  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3143  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.16 
 
 
429 aa  154  4e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.198477  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1260  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.5 
 
 
456 aa  153  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1235  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.35 
 
 
456 aa  153  5e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.403806  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0816  sensor histidine kinase  32.65 
 
 
401 aa  152  1e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.4835  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1590  sensor histidine kinase  32.66 
 
 
433 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2192  sensor histidine kinase  32.66 
 
 
433 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0033  sensor histidine kinase  32.66 
 
 
433 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.635236  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0845  sensor histidine kinase  32.66 
 
 
472 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0938  sensor histidine kinase  32.66 
 
 
450 aa  152  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2591  sensor protein RstB  31.36 
 
 
434 aa  151  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0680  sensor histidine kinase  28.67 
 
 
433 aa  150  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1782  sensor histidine kinase  32.65 
 
 
371 aa  150  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1753  sensor protein RstB  32.64 
 
 
435 aa  148  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.280951  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>