44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0837 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0915  TPR repeat-containing protein  71.49 
 
 		 455 aa  668    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0669152  normal  0.0164618 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1061  TPR domain-containing protein  69.63 
 
 		 466 aa  671    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3477  TPR repeat-containing protein  69.7 
 
 		 467 aa  664    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0100527  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3402  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  69.48 
 
 		 467 aa  664    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0332171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3014  TPR repeat-containing protein  70.63 
 
 		 467 aa  667    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00235052  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0825  TPR repeat-containing protein  73.35 
 
 		 455 aa  698    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.692927  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0837  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 469 aa  958    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.150077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0885  TPR repeat-containing protein  69.91 
 
 		 467 aa  666    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000189506  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3038  TPR repeat-containing protein  70.75 
 
 		 466 aa  663    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000055247  normal  0.645895 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0936  TPR repeat-containing protein  70.52 
 
 		 466 aa  660    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000092283  normal  0.106042 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3242  TPR repeat-containing protein  68.72 
 
 		 456 aa  641    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0125577  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0899  TPR repeat-containing protein  71.2 
 
 		 466 aa  664    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000307995  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3600  TPR repeat-containing protein  69.91 
 
 		 467 aa  665    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000996774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0965  TPR repeat-containing protein  72.11 
 
 		 455 aa  666    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00115055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2913  tetratricopeptide TPR_2  66.89 
 
 		 453 aa  614  1e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000006025  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0638  TPR domain-containing protein  63.76 
 
 		 459 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.044891  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3949  TPR repeat-containing protein  35.22 
 
 		 487 aa  276  8e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000698733  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0598  putative lipoprotein  30.23 
 
 		 483 aa  190  5e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004002  putative lipoprotein  30.84 
 
 		 465 aa  187  4e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01520  hypothetical protein  30.55 
 
 		 468 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1296  putative lipoprotein  30.17 
 
 		 465 aa  174  3.9999999999999995e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1486  hypothetical protein  29.58 
 
 		 472 aa  168  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00338852  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5472  hypothetical protein  27.25 
 
 		 464 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2516  hypothetical protein  24.04 
 
 		 509 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.219773 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0064  hypothetical protein  25.25 
 
 		 477 aa  105  3e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0604  hypothetical protein  25.33 
 
 		 559 aa  100  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.243924  normal  0.856917 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5471  hypothetical protein  25.98 
 
 		 457 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0735646 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2334  hypothetical protein  23.15 
 
 		 461 aa  95.9  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.000000614425  normal  0.684774 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1831  tetratricopeptide TPR_4  26.62 
 
 		 441 aa  94.4  4e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1905  hypothetical protein  24.94 
 
 		 452 aa  90.1  8e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2263  hypothetical protein  24.58 
 
 		 435 aa  87.8  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.156064  normal  0.937024 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1890  hypothetical protein  26.82 
 
 		 407 aa  85.9  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2066  hypothetical protein  25.82 
 
 		 407 aa  86.3  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1811  hypothetical protein  27.11 
 
 		 407 aa  85.1  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0190  hypothetical protein  25.45 
 
 		 434 aa  80.5  0.00000000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1193  hypothetical protein  22.01 
 
 		 457 aa  77  0.0000000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.01113  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0179  conserved hypothetical lipoprotein  24.66 
 
 		 448 aa  73.9  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0124  putative lipoprotein  22.88 
 
 		 453 aa  74.3  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0084  putative lipoprotein  22.62 
 
 		 453 aa  73.6  0.000000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0714  hypothetical protein  27.91 
 
 		 554 aa  68.6  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1315  hypothetical protein  23.23 
 
 		 568 aa  64.7  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.297813  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0631  hypothetical protein  24.51 
 
 		 534 aa  60.1  0.00000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.831891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3852  hypothetical protein  21.82 
 
 		 457 aa  58.2  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.506454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0082  hypothetical protein  24.31 
 
 		 504 aa  51.6  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>