More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0801 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0801  23S rRNA methyluridine methyltransferase  100 
 
 
379 aa  780    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0817  23S rRNA methyluridine methyltransferase  77.19 
 
 
384 aa  607  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000520531 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3206  23S rRNA methyluridine methyltransferase  77.19 
 
 
384 aa  609  1e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.520782 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  76.92 
 
 
384 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3619  23S rRNA methyluridine methyltransferase  75.07 
 
 
390 aa  597  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.934094 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3424  23S rRNA methyluridine methyltransferase  75.07 
 
 
390 aa  597  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3496  23S rRNA methyluridine methyltransferase  74.54 
 
 
390 aa  594  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0868  23S rRNA methyluridine methyltransferase  74.01 
 
 
390 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0980  23S rRNA methyluridine methyltransferase  74.54 
 
 
382 aa  591  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3054  23S rRNA methyluridine methyltransferase  73.14 
 
 
389 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3635  23S rRNA methyluridine methyltransferase  76.55 
 
 
358 aa  580  1e-164  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0579  23S rRNA methyluridine methyltransferase  70.29 
 
 
377 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0630  23S rRNA methyluridine methyltransferase  69.52 
 
 
384 aa  545  1e-154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0309  23S rRNA methyluridine methyltransferase  57.98 
 
 
375 aa  453  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1015  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.23 
 
 
375 aa  449  1e-125  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.502416 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0931  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.42 
 
 
375 aa  449  1e-125  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00864  23S rRNA m(5)U747-methyltransferase  56.15 
 
 
375 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0962  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.15 
 
 
375 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0887  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.15 
 
 
375 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.848351  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00870  hypothetical protein  56.15 
 
 
375 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2737  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.15 
 
 
375 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.438081  normal  0.757831 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2783  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  55.61 
 
 
375 aa  444  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.720743  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2472  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.35 
 
 
375 aa  436  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.112425  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1568  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.68 
 
 
376 aa  432  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0919  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.58 
 
 
375 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.983812  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1697  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.79 
 
 
376 aa  429  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.723414  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1650  23S rRNA methyluridine methyltransferase  55.32 
 
 
375 aa  429  1e-119  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.401467 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0955  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.46 
 
 
376 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0987  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.32 
 
 
375 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197479  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1963  23S rRNA methyluridine methyltransferase  54.79 
 
 
375 aa  428  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.333439  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1035  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.05 
 
 
375 aa  426  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2640  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.42 
 
 
376 aa  427  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000831969  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1373  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.87 
 
 
375 aa  426  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2725  23S rRNA methyluridine methyltransferase  56.42 
 
 
376 aa  427  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.27424  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1016  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.05 
 
 
375 aa  425  1e-118  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2381  23S rRNA methyluridine methyltransferase  53.85 
 
 
376 aa  416  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.624238  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2390  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.77 
 
 
382 aa  371  1e-102  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.437044 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1713  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  47.76 
 
 
379 aa  359  6e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1142  23S rRNA methyluridine methyltransferase  45.77 
 
 
375 aa  358  9e-98  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000767516 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3753  23S rRNA methyluridine methyltransferase  47.38 
 
 
379 aa  349  4e-95  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1285  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  46.81 
 
 
374 aa  338  8e-92  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00745486  normal  0.0225207 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4319  23S rRNA methyluridine methyltransferase  46.54 
 
 
372 aa  320  3e-86  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.255085 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3299  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumB  43.55 
 
 
411 aa  317  2e-85  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1448  23S rRNA methyluridine methyltransferase  45.5 
 
 
376 aa  310  2e-83  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.305727  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03620  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.28 
 
 
388 aa  291  1e-77  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14750  23S rRNA methyluridine methyltransferase  41.03 
 
 
413 aa  276  5e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.247567 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21720  23S rRNA methyluridine methyltransferase  42.18 
 
 
403 aa  247  2e-64  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2801  RNA methyltransferase  31.19 
 
 
470 aa  184  3e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1868  RNA methyltransferase, TrmA family  30.21 
 
 
485 aa  171  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0363  RNA methyltransferase  26.98 
 
 
460 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0318  RNA methyltransferase  27.25 
 
 
458 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.875741  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0333  RNA methyltransferase  27.25 
 
 
458 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0311  RNA methyltransferase  27.78 
 
 
458 aa  163  5.0000000000000005e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0365  RNA methyltransferase, TrmA family  26.98 
 
 
458 aa  160  3e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0301  RNA methyltransferase  26.98 
 
 
458 aa  160  3e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0305  RNA methyltransferase  26.98 
 
 
458 aa  160  4e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0517475  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2309  RNA methyltransferase  27.39 
 
 
493 aa  159  6e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.12141  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0407  RNA methyltransferase, TrmA family  26.72 
 
 
458 aa  157  2e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2868  RNA methyltransferase, TrmA family  27.01 
 
 
460 aa  158  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00253017  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0313  RNA methyltransferase  26.46 
 
 
458 aa  156  6e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0381  RNA methyltransferase, TrmA family  26.19 
 
 
454 aa  154  2e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.432112  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1216  RNA methyltransferase  28.72 
 
 
452 aa  154  2e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4938  RNA methyltransferase, TrmA family  26.19 
 
 
454 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0464028  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1585  RNA methyltransferase  28.03 
 
 
471 aa  153  5e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.953972  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1654  RNA methyltransferase  27.51 
 
 
554 aa  152  7e-36  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000278759  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2893  RNA methyltransferase, TrmA family  27.13 
 
 
572 aa  152  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1332  RNA methyltransferase, TrmA family  27.52 
 
 
447 aa  151  2e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000710273 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0289  RNA methyltransferase  28.24 
 
 
488 aa  150  3e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.198099  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1971  23S rRNA methyltransferase/RumA  29.36 
 
 
493 aa  149  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.209828  normal  0.0836094 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0337  RNA methyltransferase, TrmA family  26.54 
 
 
459 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.95395  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1225  RNA methyltransferase, TrmA family  27.47 
 
 
457 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2695  RNA methyltransferase  29.33 
 
 
457 aa  147  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0412  RNA methyltransferase  25.39 
 
 
458 aa  144  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2369  RNA methyltransferase  26.98 
 
 
489 aa  144  3e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.1321200000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1452  RNA methyltransferase  29.01 
 
 
495 aa  143  5e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05160  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  26.08 
 
 
401 aa  143  5e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.368035  normal  0.582976 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0542  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.41 
 
 
459 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000351254  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0404  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase  27.41 
 
 
459 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.039244  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0400  RNA methyltransferase  27.41 
 
 
459 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.955809  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1438  RNA methyltransferase  28.49 
 
 
459 aa  142  9.999999999999999e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0491  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.41 
 
 
459 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.116806  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0472  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.41 
 
 
459 aa  142  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0414  RNA methyltransferase  27.27 
 
 
459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.340399  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0426  RNA methyltransferase  27.27 
 
 
459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0542  RNA methyltransferase  25.8 
 
 
459 aa  140  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.016081  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1383  RNA methyltransferase, TrmA family  28.99 
 
 
479 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4832  RNA methyltransferase, TrmA family  27.19 
 
 
459 aa  140  3e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000374128  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0406  RNA methyltransferase  25.59 
 
 
459 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0159  RNA methyltransferase  27.62 
 
 
468 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2258  RNA methyltransferase, TrmA family  27.06 
 
 
456 aa  140  4.999999999999999e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0702589  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0535  RNA methyltransferase  30.51 
 
 
465 aa  139  1e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0862  RNA methyltransferase, TrmA family  27.75 
 
 
472 aa  138  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1197  RNA methyltransferase  25.79 
 
 
454 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000142692  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1295  RNA methyltransferase, TrmA family  28.5 
 
 
436 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0241  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  27.13 
 
 
455 aa  136  7.000000000000001e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.468571  normal  0.547918 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0702  tRNA methyltransferase, TrmA family  25.96 
 
 
453 aa  136  7.000000000000001e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.307327  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2903  RNA methyltransferase, TrmA family  24.26 
 
 
438 aa  136  8e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2082  23S rRNA (uracil-5-)-methyltransferase RumA  28.68 
 
 
452 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2487  tRNA (uracil-5-)-methyltransferase related enzyme  26.29 
 
 
513 aa  135  9.999999999999999e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0134453  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1751  RNA methyltransferase  25.99 
 
 
453 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00216476  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>