38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0675 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0810  hypothetical protein  69.85 
 
 		 467 aa  699    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.682214  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0670  hypothetical protein  72.38 
 
 		 469 aa  701    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3793  hypothetical protein  74.69 
 
 		 465 aa  710    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000178587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0936  hypothetical protein  70.98 
 
 		 468 aa  707    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000104038  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0675  hypothetical protein  100 
 
 		 481 aa  989    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0234348 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0970  hypothetical protein  70.77 
 
 		 468 aa  706    Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000021772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0790  hypothetical protein  74.64 
 
 		 461 aa  728    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0721  hypothetical protein  65.34 
 
 		 491 aa  683    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000460382  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0693  hypothetical protein  48.34 
 
 		 454 aa  407  1.0000000000000001e-112  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1184  hypothetical protein  25.17 
 
 		 410 aa  119  9.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2973  hypothetical protein  28.88 
 
 		 490 aa  108  2e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000455039  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0930  hypothetical protein  24.53 
 
 		 419 aa  108  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000108303  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0589  phosphate-selective porin O and P  26.78 
 
 		 391 aa  106  8e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000499281  unclonable  0.0000111386 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0905  hypothetical protein  25.16 
 
 		 451 aa  105  2e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1315  putative signal peptide protein  26.4 
 
 		 372 aa  100  7e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000348515  n/a   
 
 
 
NC_009675  Anae109_2247  hypothetical protein  26.07 
 
 		 431 aa  99  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.310158 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1905  hypothetical protein  24.5 
 
 		 505 aa  97.8  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0425  hypothetical protein  24.81 
 
 		 413 aa  97.4  5e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000166547  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0706  putative signal peptide protein  27.95 
 
 		 407 aa  94.7  3e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.278446  normal  0.126589 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0447  hypothetical protein  23.64 
 
 		 413 aa  94.7  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2944  hypothetical protein  24.34 
 
 		 420 aa  93.6  6e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000140156  hitchhiker  0.0032138 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3120  phosphate-selective porin O and P  26.81 
 
 		 390 aa  91.7  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000046634  unclonable  0.00000572585 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0712  phosphate-selective porin O and P  24.84 
 
 		 392 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000988796  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3889  phosphate-selective porin O and P  26.34 
 
 		 395 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000019269  decreased coverage  0.000370882 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3788  phosphate-selective porin O and P  26.24 
 
 		 395 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000264942  decreased coverage  0.00000068158 
 
 
-
 
NC_003296  RS01730  putative signal peptide protein  23.4 
 
 		 457 aa  83.6  0.000000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2014  phosphate-selective porin O and P  25.27 
 
 		 393 aa  82  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.637056  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1567  hypothetical protein  24.92 
 
 		 447 aa  82.4  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0638  phosphate-selective porin O and P  24.43 
 
 		 393 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000222961  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4035  phosphate-selective porin O and P  25.88 
 
 		 391 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4602  hypothetical protein  23.7 
 
 		 392 aa  78.2  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2296  hypothetical protein  24.63 
 
 		 448 aa  77.4  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.744575  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2384  hypothetical protein  24.63 
 
 		 450 aa  77.4  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.537039  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1888  phosphate-selective porin O and P  24.32 
 
 		 458 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00748844  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1559  phosphate-selective porin O and P  24.32 
 
 		 458 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.186929 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2437  hypothetical protein  26.04 
 
 		 398 aa  74.3  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000306411  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2608  hypothetical protein  26.51 
 
 		 567 aa  62.4  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1834  hypothetical protein  24.06 
 
 		 471 aa  50.8  0.00005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.563481  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>