272 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0643 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0643  type II secretion system protein  100 
 
 		 283 aa  570  1.0000000000000001e-162  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0747  type II secretion system protein  82.69 
 
 		 283 aa  498  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.725692  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0709  putative type II secretion system protein F  75.62 
 
 		 283 aa  426  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2115  type II secretion system protein  49.6 
 
 		 279 aa  241  7e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0248  type II secretion system protein  41.9 
 
 		 290 aa  215  5e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.90531 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6877  type II secretion system protein  41.55 
 
 		 282 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.44202  normal  0.236488 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2922  putative type II secretion system protein F  41.2 
 
 		 282 aa  205  7e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.840651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4347  type II secretion system protein  41.67 
 
 		 275 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.277812  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2695  type II secretion system protein  41.55 
 
 		 289 aa  192  6e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0973564  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2308  Type II secretion system F domain protein  40.36 
 
 		 284 aa  188  7e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2934  type II secretion system protein  33.78 
 
 		 310 aa  140  3e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.898697  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4445  type II secretion system protein  33.68 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00467148 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2926  type II secretion system protein  31.25 
 
 		 316 aa  135  7.000000000000001e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.194464  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0651  putative tight adherence TadB-related transmembrane protein  30.04 
 
 		 325 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.280791 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2649  type II secretion system protein  34.25 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1917  type II secretion system protein  30.05 
 
 		 321 aa  127  2.0000000000000002e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.258716  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1275  type II secretion system protein  31.96 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4614  type II secretion system protein  29.95 
 
 		 329 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0800  type II secretion system protein  30.84 
 
 		 322 aa  125  5e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1681  type II secretion system protein  31.51 
 
 		 327 aa  125  6e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000554602 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4480  type II secretion system protein  29.55 
 
 		 335 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4192  type II secretion system protein  29.06 
 
 		 335 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1018  type II secretion system protein  29.96 
 
 		 336 aa  123  3e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1832  type II secretion system protein  32.63 
 
 		 316 aa  122  7e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2364  hypothetical protein  28.84 
 
 		 321 aa  122  8e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.288668  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1753  Flp pilus assembly protein TadB  31.68 
 
 		 325 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2556  type II secretion system protein  32.24 
 
 		 325 aa  119  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.460971  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2117  type II secretion system protein  34.24 
 
 		 323 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.215511  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0587  type II secretion system protein  30.4 
 
 		 325 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.292089  normal  0.415996 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0544  type II secretion system protein  32.16 
 
 		 325 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.106661  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1851  type II secretion system protein  34.62 
 
 		 660 aa  118  9.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00122698  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2648  type II secretion system protein  31.96 
 
 		 325 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.846327  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3421  Type II secretion system F domain protein  34.64 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.735611  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1529  type II secretion system protein  29.67 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0881  type II secretion system protein  34.1 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1780  type II secretion system protein  27.34 
 
 		 324 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.131583 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0213  component of type IV pilus  28.24 
 
 		 334 aa  115  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3211  type II secretion system protein  29.85 
 
 		 332 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.515921 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1499  type II secretion system protein  28.71 
 
 		 321 aa  114  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.698875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3010  type II secretion system protein  34.81 
 
 		 321 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3965  type II secretion system protein  30.69 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.264844 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1042  Type II secretion system F domain protein  35.33 
 
 		 313 aa  113  3e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.205171  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2275  Flp pilus assembly protein TadB  32.74 
 
 		 325 aa  113  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2699  type II secretion system protein  31.9 
 
 		 321 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1317  Flp pilus assembly protein TadB  32.64 
 
 		 325 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2967  type II secretion system protein  32.64 
 
 		 325 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.350744  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3092  type II secretion system protein  32.64 
 
 		 325 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1108  type II secretion system protein  29.72 
 
 		 321 aa  112  9e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143075  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4618  type II secretion system protein  31.37 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.347884 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0603  type II secretion system protein  29.79 
 
 		 338 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.512211  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0805  type II secretion system protein  27.86 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0640  type II secretion system protein  29.02 
 
 		 325 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.295246 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2640  type II secretion system protein  31.76 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3356  type II secretion system protein  28.57 
 
 		 336 aa  108  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1054  type II secretion system protein  31.32 
 
 		 320 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1160  Type II secretion system F domain protein  33.18 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3524  type II secretion system protein  28.42 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0387  type II secretion system protein  27.47 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.88705  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2737  type II secretion system protein  27.41 
 
 		 321 aa  107  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3207  type II secretion system protein  30.22 
 
 		 320 aa  106  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.19811 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0727  type II secretion system protein  28.84 
 
 		 337 aa  106  4e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.352668  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2824  type II secretion system protein  34.81 
 
 		 320 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2412  type II secretion system protein  29.9 
 
 		 323 aa  105  8e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3794  type II secretion system protein  29.07 
 
 		 327 aa  105  9e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.927579  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0237  type II secretion system protein  28.38 
 
 		 328 aa  104  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.383042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2353  type II secretion system protein  26.94 
 
 		 323 aa  104  1e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.173092  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4865  type II secretion system protein  32.07 
 
 		 324 aa  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4204  type II secretion system protein  26.84 
 
 		 324 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0804917  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4156  type II secretion system protein  28.72 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  0.530435 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1205  type II secretion system protein  26.64 
 
 		 535 aa  103  2e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.499257  hitchhiker  0.000000000038758 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0794  TadB protein  30.11 
 
 		 322 aa  103  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6777  type II secretion system protein  28.18 
 
 		 325 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.270969  normal  0.612228 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6365  type II secretion system protein  28.18 
 
 		 325 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4001  type II secretion system protein  26.21 
 
 		 337 aa  103  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5325  type II secretion system protein  28.99 
 
 		 326 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.61312  hitchhiker  0.00813406 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2707  type II secretion system protein  28.64 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.608864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2484  type II secretion system protein  28.64 
 
 		 323 aa  102  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3717  type II secretion system protein  27.89 
 
 		 324 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.20351  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5491  type II secretion system protein  28.18 
 
 		 325 aa  102  8e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0297  type II secretion system protein  28.27 
 
 		 324 aa  102  9e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7035  putative pilus assembly protein  27.75 
 
 		 324 aa  102  9e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.611985 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7194  Flp pilus assembly protein TadB  28.73 
 
 		 325 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0666217  normal  0.429019 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0654  TadB protein  27.94 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.179736 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4395  type II secretion system protein  34.22 
 
 		 317 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.925008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2380  type II secretion system protein  28.37 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.316858  normal  0.875213 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3491  type II secretion system protein  30.1 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0435404 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3351  type II secretion system protein  29.51 
 
 		 335 aa  100  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0423  type II secretion system protein  29.17 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2912  type II secretion system protein  35.42 
 
 		 320 aa  99.8  5e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4189  type II secretion system protein  27.66 
 
 		 325 aa  99.4  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.54214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6299  type II secretion system protein  32.11 
 
 		 325 aa  99.8  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1126  type II secretion system protein  30.86 
 
 		 310 aa  98.2  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0371029  normal  0.497639 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2762  type II secretion system protein  30.88 
 
 		 333 aa  98.2  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.58237 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6003  type II secretion system protein  31.41 
 
 		 325 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3795  type II secretion system protein  26.46 
 
 		 325 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.187172  normal  0.96616 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1076  type II secretion system protein  32.03 
 
 		 324 aa  97.1  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195162  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5620  type II secretion system protein  24.46 
 
 		 287 aa  96.3  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2365  Flp pilus assembly protein TadB  29.82 
 
 		 325 aa  95.9  6e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0315564  normal  0.0552567 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7219  type II secretion system protein  24.03 
 
 		 287 aa  95.5  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.981655  normal  0.304711 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1724  type II secretion system protein  29.19 
 
 		 315 aa  95.1  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>