141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0443 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0560  formate--tetrahydrofolate ligase  68.07 
 
 		 570 aa  773    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0561  formate--tetrahydrofolate ligase  67.72 
 
 		 570 aa  765    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3469  formate--tetrahydrofolate ligase  67.54 
 
 		 569 aa  760    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0560  formate--tetrahydrofolate ligase  67.72 
 
 		 570 aa  768    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3146  formate--tetrahydrofolate ligase  67.5 
 
 		 560 aa  759    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000208  formate--tetrahydrofolate ligase  56.58 
 
 		 582 aa  639    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0520  formate--tetrahydrofolate ligase  65.81 
 
 		 585 aa  758    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0238501  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0443  formate--tetrahydrofolate ligase  100 
 
 		 564 aa  1152    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.507159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3314  formate--tetrahydrofolate ligase  68.01 
 
 		 570 aa  767    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000257814  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3804  formate--tetrahydrofolate ligase  65.47 
 
 		 585 aa  755    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.038767  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05943  formate--tetrahydrofolate ligase  57.22 
 
 		 582 aa  647    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0612  formate--tetrahydrofolate ligase  73.16 
 
 		 570 aa  839    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0010106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3720  formate--tetrahydrofolate ligase  68.24 
 
 		 570 aa  786    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000981333  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3930  formate--tetrahydrofolate ligase  65.64 
 
 		 585 aa  754    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4339  formate--tetrahydrofolate ligase  73.03 
 
 		 570 aa  839    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3748  formate--tetrahydrofolate ligase  66.21 
 
 		 580 aa  758    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0556  formate--tetrahydrofolate ligase  56.26 
 
 		 582 aa  610  1e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.124626  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2184  formate--tetrahydrofolate ligase  52.96 
 
 		 554 aa  565  1e-160  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.702373  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0219  formate--tetrahydrofolate ligase  50.86 
 
 		 564 aa  548  1e-154  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0522  formate--tetrahydrofolate ligase  49.31 
 
 		 564 aa  534  1e-150  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.897337  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG00590  folic acid and derivative metabolism-related protein, putative  47.54 
 
 		 1021 aa  527  1e-148  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.352533  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1409  formate--tetrahydrofolate ligase  50.62 
 
 		 555 aa  524  1e-147  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000797787  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0129  formate--tetrahydrofolate ligase  48.17 
 
 		 567 aa  519  1e-146  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000126752  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0089  formate--tetrahydrofolate ligase  46.99 
 
 		 566 aa  513  1e-144  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.985231  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2057  Formate--tetrahydrofolate ligase  48.26 
 
 		 567 aa  511  1e-143  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0231  Formate--tetrahydrofolate ligase  47.57 
 
 		 567 aa  511  1e-143  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0795  formate--tetrahydrofolate ligase  48.33 
 
 		 555 aa  511  1e-143  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00613459  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0118  formate--tetrahydrofolate ligase  47.99 
 
 		 557 aa  510  1e-143  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0769  formate-tetrahydrofolate ligase  48.25 
 
 		 553 aa  508  9.999999999999999e-143  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.115435  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0149  formate--tetrahydrofolate ligase  47.81 
 
 		 556 aa  505  9.999999999999999e-143  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1079  formate--tetrahydrofolate ligase  47.89 
 
 		 552 aa  504  1e-141  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000612809  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1499  formate--tetrahydrofolate ligase  48.03 
 
 		 570 aa  502  1e-141  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.441254  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0269  Formate--tetrahydrofolate ligase  46.42 
 
 		 551 aa  499  1e-140  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24910  Formate-tetrahydrofolate ligase  49.38 
 
 		 557 aa  499  1e-140  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0109  formate--tetrahydrofolate ligase  48.42 
 
 		 559 aa  500  1e-140  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3236  formate--tetrahydrofolate ligase  47.99 
 
 		 558 aa  501  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.932652  normal  0.61785 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02998  C1 tetrahydrofolate synthase C1-THFS Fragment [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q96UN8]  45.05 
 
 		 1031 aa  496  1e-139  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2471  formate--tetrahydrofolate ligase  45.61 
 
 		 556 aa  498  1e-139  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2399  formate-tetrahydrofolate ligase  47.19 
 
 		 556 aa  496  1e-139  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_88119  tetrahydrofolate synthase  44.99 
 
 		 946 aa  495  1e-139  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.226712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2785  formate--tetrahydrofolate ligase  45.44 
 
 		 556 aa  493  9.999999999999999e-139  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1007  formate--tetrahydrofolate ligase  45.52 
 
 		 555 aa  493  9.999999999999999e-139  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0866489  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20990  Formate-tetrahydrofolate ligase  48.33 
 
 		 556 aa  493  9.999999999999999e-139  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0816  Formate--tetrahydrofolate ligase  47.01 
 
 		 554 aa  494  9.999999999999999e-139  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0136585  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2519  formate--tetrahydrofolate ligase  48.21 
 
 		 573 aa  491  1e-137  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009048  PICST_80013  mitochondrial C1- tetrahydrofolate synthase precursor  44.36 
 
 		 995 aa  491  1e-137  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.959666  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2125  Formate--tetrahydrofolate ligase  46.38 
 
 		 553 aa  489  1e-137  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2105  Formate--tetrahydrofolate ligase  46.4 
 
 		 553 aa  490  1e-137  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00600  Formate--tetrahydrofolate ligase  49.12 
 
 		 554 aa  490  1e-137  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00136025  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1820  Formate--tetrahydrofolate ligase  49.31 
 
 		 565 aa  491  1e-137  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.538152 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0766  formate--tetrahydrofolate ligase  47.95 
 
 		 576 aa  488  1e-136  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1568  formate--tetrahydrofolate ligase  47.78 
 
 		 576 aa  486  1e-136  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.110911  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1412  formate-tetrahydrofolate ligase  47.75 
 
 		 556 aa  486  1e-136  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.749382  hitchhiker  0.00000422387 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4459  formate-tetrahydrofolate ligase FTHFS  47.81 
 
 		 558 aa  488  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0477556  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0304  formate--tetrahydrofolate ligase  46.41 
 
 		 551 aa  486  1e-136  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0083  Formate-tetrahydrofolate ligase  45.38 
 
 		 556 aa  487  1e-136  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.784091  normal  0.246286 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0018  formate-tetrahydrofolate ligase FTHFS  45.44 
 
 		 556 aa  482  1e-135  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1275  formate--tetrahydrofolate ligase  46.92 
 
 		 560 aa  482  1e-135  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0701  formate-tetrahydrofolate ligase  46.75 
 
 		 554 aa  481  1e-134  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.287998  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1054  formate--tetrahydrofolate ligase  45.28 
 
 		 542 aa  480  1e-134  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1283  formate--tetrahydrofolate ligase  46.92 
 
 		 555 aa  481  1e-134  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0499733  normal  0.578688 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4072  formate--tetrahydrofolate ligase  46.67 
 
 		 557 aa  481  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.330783  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1055  formate--tetrahydrofolate ligase  45.61 
 
 		 556 aa  477  1e-133  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1009  formate-tetrahydrofolate ligase  45.71 
 
 		 560 aa  477  1e-133  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.749229 
 
 
-
 
NC_009371  OSTLU_28303  predicted protein  43.24 
 
 		 662 aa  477  1e-133  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00317513  decreased coverage  0.000285759 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12980  formate--tetrahydrofolate ligase  47.83 
 
 		 564 aa  478  1e-133  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.700503 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0358  formate--tetrahydrofolate ligase  46.42 
 
 		 550 aa  476  1e-133  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0792424  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49229  fomate-tetrahydrofolate ligase  44.21 
 
 		 666 aa  476  1e-133  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.167975  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1756  formate--tetrahydrofolate ligase  44.39 
 
 		 554 aa  475  1e-133  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1058  formate--tetrahydrofolate ligase  45.1 
 
 		 542 aa  476  1e-133  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1712  formate--tetrahydrofolate ligase  46.5 
 
 		 558 aa  477  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.311565 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0451  Formate--tetrahydrofolate ligase  45.79 
 
 		 555 aa  474  1e-132  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3197  formate--tetrahydrofolate ligase  44.89 
 
 		 562 aa  472  1e-132  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.780376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0447  Formate--tetrahydrofolate ligase  46.14 
 
 		 557 aa  472  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.391987 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0837  formate--tetrahydrofolate ligase  45.44 
 
 		 556 aa  473  1e-132  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.21789  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2117  formate--tetrahydrofolate ligase  44.89 
 
 		 583 aa  472  1e-132  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.546563  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1317  formate--tetrahydrofolate ligase  46.92 
 
 		 555 aa  472  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1580  formate--tetrahydrofolate ligase  46.92 
 
 		 555 aa  472  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0203021 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2752  formate--tetrahydrofolate ligase  45.45 
 
 		 556 aa  473  1e-132  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00362383  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0414  formate--tetrahydrofolate ligase  46.32 
 
 		 557 aa  473  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119816  normal  0.285646 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0484  Formate--tetrahydrofolate ligase  46.14 
 
 		 557 aa  473  1e-132  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0024  Formate--tetrahydrofolate ligase  47.35 
 
 		 572 aa  472  1e-132  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1295  formate--tetrahydrofolate ligase  44.46 
 
 		 555 aa  470  1.0000000000000001e-131  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.973248  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2219  formate--tetrahydrofolate ligase  47.03 
 
 		 557 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.83616  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2187  formate--tetrahydrofolate ligase  44.72 
 
 		 562 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0200027  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1959  formate--tetrahydrofolate ligase  44.54 
 
 		 562 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1938  formate--tetrahydrofolate ligase  44.72 
 
 		 562 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1914  formate--tetrahydrofolate ligase  44.72 
 
 		 562 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.251904  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2107  formate--tetrahydrofolate ligase  44.54 
 
 		 562 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3272  formate--tetrahydrofolate ligase  46.06 
 
 		 555 aa  469  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2767  formate--tetrahydrofolate ligase  47.54 
 
 		 557 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0163716  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2141  formate--tetrahydrofolate ligase  44.54 
 
 		 562 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1952  formate--tetrahydrofolate ligase  44.72 
 
 		 583 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0316175  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1654  formate--tetrahydrofolate ligase  48.16 
 
 		 555 aa  469  1.0000000000000001e-131  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0498666 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1052  formate--tetrahydrofolate ligase  44.66 
 
 		 556 aa  469  1.0000000000000001e-131  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2201  formate--tetrahydrofolate ligase  44.54 
 
 		 562 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0045703  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2254  formate-tetrahydrofolate ligase  45.01 
 
 		 557 aa  468  9.999999999999999e-131  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000171666  unclonable  0.000000224598 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2204  formate--tetrahydrofolate ligase  46.65 
 
 		 559 aa  468  9.999999999999999e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.160817  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2298  formate--tetrahydrofolate ligase  46.65 
 
 		 559 aa  466  9.999999999999999e-131  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.150343  normal  0.307392 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1787  formate--tetrahydrofolate ligase  44.21 
 
 		 555 aa  462  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>