128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0411 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4090  outer membrane efflux protein  73.22 
 
 
473 aa  691    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0530  outer membrane efflux protein  73.26 
 
 
473 aa  684    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.40399  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3464  outer membrane efflux protein  73.59 
 
 
489 aa  689    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0487  outer membrane efflux protein  73.59 
 
 
489 aa  689    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3730  outer membrane efflux protein  71.69 
 
 
477 aa  655    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3640  outer membrane efflux protein  73.16 
 
 
489 aa  687    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0477  outer membrane efflux protein  69.47 
 
 
517 aa  637    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3814  outer membrane efflux protein  73.26 
 
 
493 aa  684    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000440013  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0411  outer membrane efflux protein  100 
 
 
467 aa  938    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0338477  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0505  outer membrane efflux protein  73.26 
 
 
489 aa  684    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0566  outer membrane efflux protein  77.24 
 
 
473 aa  724    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.151183 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3746  outer membrane efflux protein  79.27 
 
 
463 aa  713    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.622366  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0526  outer membrane efflux protein  73.26 
 
 
489 aa  684    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00662182  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4394  outer membrane efflux protein  75.49 
 
 
465 aa  702    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000587559  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0582  outer membrane efflux protein  67.17 
 
 
464 aa  623  1e-177  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0397  outer membrane efflux protein  44.94 
 
 
473 aa  380  1e-104  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0478  outer membrane efflux protein  44.49 
 
 
471 aa  375  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1839  outer membrane efflux protein  43.93 
 
 
466 aa  355  1e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.594597  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1211  hypothetical protein  43.37 
 
 
476 aa  352  8e-96  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000512131  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02434  hypothetical protein  42.19 
 
 
463 aa  350  2e-95  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003318  outer membrane protein  42.19 
 
 
471 aa  346  5e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1027  outer membrane efflux protein  25.95 
 
 
452 aa  173  5e-42  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1174  outer membrane efflux protein  31.86 
 
 
457 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.89041 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0605  outer membrane efflux protein  26.98 
 
 
470 aa  163  6e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0654  outer membrane efflux protein  26.35 
 
 
587 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1040  outer membrane efflux protein  29.85 
 
 
583 aa  141  3e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4572  outer membrane efflux protein  28.51 
 
 
483 aa  140  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345417  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0961  Outer membrane protein-like  23.58 
 
 
491 aa  105  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0234127  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4182  outer membrane efflux protein  26.56 
 
 
431 aa  90.5  5e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.256436  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05030  outer membrane efflux protein  23 
 
 
471 aa  82.8  0.00000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.691581  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1440  outer membrane efflux protein  25.26 
 
 
503 aa  82.4  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1162  outer membrane efflux protein  23.51 
 
 
515 aa  78.2  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.0000199135  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1015  outer membrane protein  20.43 
 
 
488 aa  76.3  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.22355e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5561  outer membrane efflux protein  26.27 
 
 
431 aa  74.7  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1217  outer membrane efflux protein  24.62 
 
 
438 aa  75.1  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.87899  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4142  outer membrane efflux protein  25.63 
 
 
497 aa  73.9  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.958426  hitchhiker  0.00365026 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1779  outer membrane efflux protein  27.24 
 
 
444 aa  72  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0223897  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0837  outer membrane efflux protein  27.51 
 
 
462 aa  72.4  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1390  outer membrane efflux protein  22.09 
 
 
463 aa  68.9  0.0000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0182398  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0456  outer membrane efflux protein  24.21 
 
 
456 aa  68.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0455  outer membrane efflux protein  24.21 
 
 
463 aa  68.2  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.236814  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3801  outer membrane efflux protein  24.75 
 
 
449 aa  67.8  0.0000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.233057 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0427  outer membrane efflux protein  23.02 
 
 
455 aa  66.6  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.410338  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3465  Outer membrane efflux protein  23.54 
 
 
441 aa  66.2  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1353  outer membrane efflux protein  20.68 
 
 
451 aa  66.2  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.678572  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1376  Outer membrane efflux protein  22.79 
 
 
435 aa  65.1  0.000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.109779  hitchhiker  0.00244241 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1749  outer membrane efflux protein  18.79 
 
 
458 aa  65.1  0.000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4902  outer membrane efflux protein  21.43 
 
 
439 aa  63.9  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3409  outer membrane efflux protein  23.94 
 
 
419 aa  63.2  0.000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000155286  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1482  outer membrane efflux protein  22.6 
 
 
426 aa  62.8  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.979092  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1617  outer membrane efflux protein  21.88 
 
 
467 aa  62.8  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2629  outer membrane efflux protein  21.62 
 
 
421 aa  63.2  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.111539  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1884  outer membrane efflux protein  22.06 
 
 
483 aa  62.4  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4765  outer membrane efflux protein  26.77 
 
 
485 aa  61.6  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.55701 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1990  outer membrane efflux protein  23.76 
 
 
471 aa  60.8  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.154832  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0094  outer membrane efflux protein, putative  22.67 
 
 
501 aa  60.8  0.00000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0379352 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0309  outer membrane efflux protein  26.05 
 
 
458 aa  60.5  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.729969 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2517  Outer membrane efflux protein  22.65 
 
 
455 aa  59.3  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0940003  normal  0.677218 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2704  outer membrane efflux protein  23.49 
 
 
423 aa  58.9  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0833  outer membrane efflux protein  22.03 
 
 
496 aa  58.2  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1606  outer membrane efflux protein  21.63 
 
 
421 aa  57  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0453  Outer membrane efflux protein  23.28 
 
 
470 aa  56.6  0.0000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0207  outer membrane efflux protein  23.12 
 
 
523 aa  56.6  0.0000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1420  Outer membrane efflux protein  24.47 
 
 
472 aa  56.2  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0733  outer membrane efflux protein, putative  22.68 
 
 
463 aa  55.8  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2298  outer membrane efflux protein  24.32 
 
 
525 aa  55.5  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1384  outer membrane efflux protein  24.19 
 
 
435 aa  55.5  0.000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.642492  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0831  outer membrane efflux protein  23.69 
 
 
419 aa  55.5  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2154  outer membrane protein CyaE, putative  22.16 
 
 
453 aa  55.1  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1633  outer membrane efflux protein  24.83 
 
 
420 aa  55.1  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.159543  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4447  outer membrane efflux protein  23.1 
 
 
459 aa  54.3  0.000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1924  Outer membrane protein  22.96 
 
 
494 aa  53.9  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0996265 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1380  outer membrane efflux protein  20.35 
 
 
425 aa  53.9  0.000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3129  Outer membrane efflux protein  21.45 
 
 
446 aa  53.5  0.000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000215977  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2664  outer membrane efflux protein  22.99 
 
 
1496 aa  52.4  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0627  outer membrane efflux protein, putative  24.73 
 
 
470 aa  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.173588  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31970  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  24.43 
 
 
428 aa  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0954  outer membrane efflux protein  21.47 
 
 
463 aa  52.4  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0559  outer membrane efflux protein  20.41 
 
 
455 aa  52.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0224  outer membrane efflux protein  23.58 
 
 
419 aa  52.4  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000720591  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00407  putative outer membrane cation efflux system protein  27.09 
 
 
451 aa  51.2  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00236087  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3853  outer membrane efflux protein  26.2 
 
 
447 aa  51.6  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0242  outer membrane efflux protein  23.57 
 
 
444 aa  51.6  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.231209  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0066  outer membrane efflux protein  22.71 
 
 
443 aa  51.6  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3937  outer membrane efflux protein  24.92 
 
 
447 aa  51.2  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00157367 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1477  outer membrane efflux protein  24.23 
 
 
454 aa  51.2  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.107599  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0294  Outer membrane efflux protein  29.53 
 
 
420 aa  50.4  0.00006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.757224 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4162  outer membrane efflux protein  22.96 
 
 
443 aa  50.4  0.00006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000533026  normal  0.288124 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3710  outer membrane efflux protein  22.38 
 
 
419 aa  50.1  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1177  outer membrane efflux protein  23.65 
 
 
427 aa  50.1  0.00009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2479  outer membrane efflux protein  23.79 
 
 
454 aa  49.7  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0849  outer membrane efflux protein  21.84 
 
 
417 aa  49.7  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000450472  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4230  outer membrane efflux protein  23.34 
 
 
458 aa  49.3  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0431504  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6170  outer membrane efflux protein  24.26 
 
 
435 aa  48.9  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.446847 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3845  outer membrane efflux protein  23.76 
 
 
437 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2021  outer membrane efflux protein  21.11 
 
 
437 aa  48.5  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3623  Outer membrane efflux protein  25 
 
 
415 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2692  outer membrane efflux protein  23.53 
 
 
469 aa  48.5  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0762  outer membrane efflux protein  21.25 
 
 
446 aa  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0063  outer membrane efflux protein  21.76 
 
 
408 aa  48.5  0.0003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0180654  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>