More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0250 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0250  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 
392 aa  810    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.757542 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0966  putative transcriptional regulator  77.95 
 
 
392 aa  587  1e-166  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0767  MerR family transcriptional regulator  58.1 
 
 
390 aa  464  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1437  MerR family transcriptional regulator  55.78 
 
 
390 aa  449  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0077  MerR family transcriptional regulator  53.11 
 
 
391 aa  428  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04067  SAM-dependent methyltransferase  53.98 
 
 
390 aa  420  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.882987  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0938  MerR family transcriptional regulator  49.37 
 
 
398 aa  383  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7265  MerR family transcriptional regulator  49.36 
 
 
391 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2976  hypothetical protein  38.24 
 
 
250 aa  169  1e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.3977  normal  0.29484 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0585  methyltransferase type 11  36.44 
 
 
253 aa  159  6e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0889  methyltransferase type 11  36.93 
 
 
249 aa  155  1e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0190942  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0350  Methyltransferase type 11  35.47 
 
 
253 aa  152  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0064  Methyltransferase type 11  33.76 
 
 
249 aa  152  1e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.262124  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1685  hypothetical protein  36.25 
 
 
264 aa  149  8e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1825  methyltransferase type 11  33.6 
 
 
254 aa  149  8e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.627869  normal  0.366066 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4877  methyltransferase type 11  33.07 
 
 
327 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.362422 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1075  hypothetical protein  33.75 
 
 
250 aa  137  4e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.238827  normal  0.291334 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1584  methyltransferase type 11  31.28 
 
 
250 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1585  hypothetical protein  30.83 
 
 
256 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3419  methyltransferase type 11  29.88 
 
 
261 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00381882 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0552  Methyltransferase type 11  30.45 
 
 
247 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.286054  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8125  acetyltransferase-like protein  32.03 
 
 
464 aa  115  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.467171 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2073  methyltransferase type 12  30.21 
 
 
239 aa  98.6  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.131474  normal  0.216691 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1961  methyltransferase type 12  27.72 
 
 
241 aa  89.4  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00015321  normal  0.48171 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1382  methyltransferase type 12  28.94 
 
 
239 aa  87  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00680014  normal  0.829686 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2724  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase  29.21 
 
 
239 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1394  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
188 aa  75.1  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2152  putative transcriptional regulator, MerR family  44.44 
 
 
121 aa  72.4  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2008  transcriptional regulator, MerR family  30 
 
 
191 aa  66.2  0.0000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2779  MerR family transcriptional regulator  28.98 
 
 
185 aa  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0575166  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0264  MerR family transcriptional regulator  37.14 
 
 
173 aa  65.1  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829201  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4039  MerR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
130 aa  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.576602  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04686  methyltransferase protein  32.76 
 
 
274 aa  63.2  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2214  transcriptional regulator, MerR family  28.82 
 
 
177 aa  63.2  0.000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000011193 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0139  transcriptional regulator, MerR family  31.36 
 
 
183 aa  63.2  0.000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2422  Methyltransferase type 11  31 
 
 
232 aa  63.2  0.000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3033  MerR family transcriptional regulator  47.76 
 
 
133 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0661406  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2298  MerR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
343 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14720  predicted transcriptional regulator  39 
 
 
148 aa  62.4  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.590627  normal  0.772199 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2176  transcriptional regulator, MerR family  41.86 
 
 
125 aa  62.4  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0135147  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2165  MerR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
343 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.123028  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  47.14 
 
 
135 aa  61.2  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4498  MerR family transcriptional regulator  45.83 
 
 
129 aa  60.8  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119505  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0303  transcriptional regulator, MerR family  38.71 
 
 
154 aa  60.1  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00540997  normal  0.988288 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0767  hypothetical protein  35.65 
 
 
128 aa  60.1  0.00000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0255585  normal  0.0371895 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3884  methyltransferase type 11  26.8 
 
 
293 aa  60.1  0.00000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.658922  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3841  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
123 aa  59.7  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  36.73 
 
 
129 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0677  MerR family transcriptional regulator  38.26 
 
 
116 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00486381  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2107  regulatory protein, MerR:Albicidin resistance  30.82 
 
 
342 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.814054  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0913  transcriptional regulator, MerR family  39.05 
 
 
260 aa  58.5  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.251711  normal  0.260144 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1808  Methyltransferase type 11  26.14 
 
 
286 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0445  zinc-responsive transcriptional regulator  36.27 
 
 
159 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.261357 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1517  MerR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
342 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2773  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
132 aa  58.2  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2453  transcriptional regulator, MerR family  47.06 
 
 
155 aa  58.5  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000100878  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2794  MerR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
181 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  35.05 
 
 
129 aa  58.9  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00890  predicted transcriptional regulator  32.71 
 
 
129 aa  58.2  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4624  transcriptional regulator, MerR family  37.11 
 
 
333 aa  57.8  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0203  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  31.3 
 
 
135 aa  57.8  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  35.79 
 
 
148 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1773  transcriptional regulator, MerR family  35.79 
 
 
142 aa  57.8  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2202  MerR family transcriptional regulator  45.76 
 
 
158 aa  57.8  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
136 aa  57.8  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0140  putative transcriptional regulator, MerR family  33.08 
 
 
126 aa  58.2  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0752186 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  35.79 
 
 
148 aa  57.8  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1930  MerR family transcriptional regulator  43.06 
 
 
123 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127523  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1663  MerR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
343 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350781  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0419  MerR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
146 aa  57.4  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000107138  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  33.03 
 
 
145 aa  57.8  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3844  transcriptional regulator, MerR family  38.18 
 
 
139 aa  57.4  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.603426 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4910  putative transcriptional regulator, MerR family  41.79 
 
 
334 aa  57.8  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.48977  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3793  transcriptional regulator, MerR family  34.78 
 
 
139 aa  57.4  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
141 aa  57  0.0000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1663  MerR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
343 aa  57  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1304  zinc-responsive transcriptional regulator  31.73 
 
 
140 aa  57  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0667  transcriptional regulator, MerR family  34.29 
 
 
249 aa  57  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.201436  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1032  transcriptional regulator, MerR family  31.53 
 
 
144 aa  57.4  0.0000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.920994  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0335  Methyltransferase type 11  24.21 
 
 
283 aa  57.4  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2470  MerR family transcriptional regulator  43.06 
 
 
138 aa  57  0.0000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2655  MerR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
129 aa  57  0.0000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2762  MerR family transcriptional regulator  28.8 
 
 
129 aa  57  0.0000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  46.27 
 
 
122 aa  57  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0010  hypothetical protein  34.07 
 
 
270 aa  57  0.0000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05520  predicted transcriptional regulator  35.56 
 
 
144 aa  56.6  0.0000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5038  MerR family transcriptional regulator  30.26 
 
 
342 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4848  Methyltransferase type 11  29.03 
 
 
241 aa  56.6  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2307  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  40.62 
 
 
132 aa  56.6  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4360  regulatory protein, MerR  33.96 
 
 
144 aa  56.6  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0721888  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  30.16 
 
 
129 aa  56.6  0.0000007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4806  cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase  29.91 
 
 
280 aa  56.6  0.0000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2331  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
153 aa  56.6  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.324696 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0537  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 
133 aa  56.6  0.0000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.705155  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3207  Methyltransferase type 11  30.39 
 
 
284 aa  56.6  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.52078 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2665  MerR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
639 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2451  transcriptional regulator, MerR family  40.91 
 
 
339 aa  56.2  0.0000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  36.79 
 
 
129 aa  56.2  0.0000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1755  MerR family transcriptional regulator  29.14 
 
 
342 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.581641  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6337  MerR family transcriptional regulator  29.14 
 
 
342 aa  56.2  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>