More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0107 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0107  MATE efflux family protein  100 
 
 
448 aa  884    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0160  MATE efflux family protein  71.85 
 
 
444 aa  599  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4009  MATE efflux family protein  72.41 
 
 
443 aa  590  1e-167  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0180  MATE efflux family protein  70.81 
 
 
445 aa  578  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3792  MATE efflux family protein  67.34 
 
 
456 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0247  MATE efflux family protein  64.64 
 
 
447 aa  565  1e-160  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4191  MATE efflux family protein  67.48 
 
 
456 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4123  MATE efflux family protein  67.72 
 
 
455 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4322  MATE efflux family protein  67.95 
 
 
455 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0144  MATE efflux family protein  67.73 
 
 
455 aa  559  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4617  DNA-damage-inducible protein F  65.85 
 
 
455 aa  552  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3802  MATE efflux family protein  66.52 
 
 
455 aa  523  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3875  MATE efflux family protein  66.29 
 
 
456 aa  522  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4001  MATE efflux family protein  66.29 
 
 
455 aa  523  1e-147  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3527  MATE efflux family protein  60.88 
 
 
436 aa  501  1e-140  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3501  DNA-damage-inducible protein F  61.89 
 
 
437 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002151  DNA-damage-inducible protein F  49.55 
 
 
449 aa  425  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.539092  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0110  MATE efflux family protein  51.25 
 
 
469 aa  412  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.372068  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00266  multidrug efflux pump  50.59 
 
 
423 aa  409  1e-113  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2891  multidrug efflux pump  47.49 
 
 
443 aa  401  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.466203  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2425  DNA-damage-inducible protein F  50.23 
 
 
454 aa  377  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0069  MATE efflux family protein  40.33 
 
 
429 aa  316  5e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.380329  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0061  MATE efflux family protein  42.69 
 
 
448 aa  311  2e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.871817  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4459  DNA-damage-inducible SOS response protein  43.87 
 
 
454 aa  299  8e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04000  Na(+) driven multidrug efflux pump  43.66 
 
 
424 aa  295  1e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0035  DNA-damage-inducible protein F  39.22 
 
 
516 aa  295  2e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0896  MATE efflux family protein  41.41 
 
 
460 aa  294  2e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0613531 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4234  MATE efflux family protein  40.68 
 
 
447 aa  293  3e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4595  MATE efflux family protein  41.27 
 
 
445 aa  292  7e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.122276 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4384  multi anti extrusion protein MatE  42.63 
 
 
446 aa  291  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2937  MATE efflux family protein  41.61 
 
 
451 aa  291  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0845  MATE efflux family protein  40.89 
 
 
439 aa  291  2e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.457545  normal  0.657757 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0729  MATE efflux family protein  45.16 
 
 
449 aa  288  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.671906  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0248  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.21 
 
 
439 aa  288  1e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.314498  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0630  multi anti extrusion protein MatE  43.63 
 
 
449 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4844  DNA-damage-inducible protein F  42.76 
 
 
446 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.8205  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4580  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.03 
 
 
441 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4581  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.03 
 
 
441 aa  284  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.941537 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4553  DNA-damage-inducible SOS response protein  45.67 
 
 
459 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4632  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.03 
 
 
441 aa  284  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.251658 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4495  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.03 
 
 
441 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4430  DNA-damage-inducible SOS response protein  44.03 
 
 
441 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000533043 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3949  MATE efflux family protein  45.43 
 
 
441 aa  283  5.000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4284  DNA-damage-inducible SOS response protein  45.67 
 
 
459 aa  282  7.000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03916  DNA-damage-inducible SOS response protein  45.43 
 
 
459 aa  282  8.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03876  hypothetical protein  45.43 
 
 
459 aa  282  8.000000000000001e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3984  DNA-damage-inducible SOS response protein  45.43 
 
 
459 aa  282  8.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4597  DNA-damage-inducible SOS response protein  45.2 
 
 
459 aa  281  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4506  DNA-damage-inducible SOS response protein  45.2 
 
 
441 aa  280  4e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5525  DNA-damage-inducible SOS response protein  45.2 
 
 
441 aa  279  7e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.580203  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1551  MATE efflux family protein  37.93 
 
 
440 aa  277  2e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.959023  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2863  MATE efflux family protein  39.44 
 
 
445 aa  273  5.000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.277434  normal  0.247685 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0614  MATE efflux family protein  40.94 
 
 
445 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0166177 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2844  MATE efflux family protein  41.78 
 
 
455 aa  271  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.94035  normal  0.605375 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63730  putative transporter  45.39 
 
 
453 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0352676  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5540  putative transporter  45.85 
 
 
453 aa  269  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.360996  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0439  MATE efflux family protein  38.04 
 
 
438 aa  266  4e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07070  Multidrug efflux protein, MatE family  44.24 
 
 
453 aa  266  5e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.12454  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1292  multi anti extrusion protein MatE  41.27 
 
 
455 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.110492 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0283  DNA-damage-inducible F transmembrane protein  40.61 
 
 
457 aa  261  2e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00354836  normal  0.290631 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2965  MATE efflux family protein  36.32 
 
 
446 aa  258  1e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0142288 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3772  MATE efflux family protein  39.86 
 
 
450 aa  257  3e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4849  MATE efflux family protein  39.86 
 
 
450 aa  257  3e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0753  MATE efflux family protein  36.47 
 
 
441 aa  256  6e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.10371 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0608  MATE efflux family protein  41.27 
 
 
445 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0569  MATE efflux family protein  41.04 
 
 
445 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.163672  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0879  MATE efflux family protein  38.25 
 
 
444 aa  253  7e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.696604 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2204  multidrug efflux pump, MATE family  38.25 
 
 
444 aa  250  3e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.023203  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1199  MATE efflux family protein  41.61 
 
 
456 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.281549  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4457  multi anti extrusion protein MatE  42.22 
 
 
454 aa  247  4e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.13482  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1224  MATE efflux family protein  41.37 
 
 
456 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1296  MATE efflux family protein  41.61 
 
 
459 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1314  MATE efflux family protein  41.1 
 
 
459 aa  240  5e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1994  MATE efflux family protein  41 
 
 
453 aa  238  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0025  MATE efflux family protein  31.41 
 
 
433 aa  236  6e-61  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00700816  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0833  MATE efflux family protein  40.87 
 
 
459 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1467  MATE efflux family protein  38.44 
 
 
441 aa  234  3e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.375826  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1507  DNA-damage-inducible protein F  40.28 
 
 
463 aa  233  5e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.208132  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1536  DNA-damage-inducible protein  40.28 
 
 
463 aa  233  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.65109  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0324  putative DNA-damage-inducible protein F  36.3 
 
 
455 aa  233  6e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.315939  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4619  MATE efflux family protein  36.14 
 
 
452 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0310  DNA-damage-inducible protein F, putative  36.07 
 
 
455 aa  229  8e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0596  DNA-damage-inducible protein  40.05 
 
 
463 aa  228  2e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0179694  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2755  DNA-damage-inducible protein F  40.33 
 
 
463 aa  227  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789961  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0587  DNA-damage-inducible protein F  38.22 
 
 
447 aa  225  1e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1707  putative membrane protein (DNA-damage-inducible protein)  40.05 
 
 
463 aa  225  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0403  MATE efflux family protein  35.38 
 
 
451 aa  223  4.9999999999999996e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360287  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0160  MATE efflux family protein  36.18 
 
 
456 aa  223  4.9999999999999996e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.538946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0794  cation efflux pump, DNA-damage-inducible protein  36.66 
 
 
434 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00344653 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1069  MATE efflux family protein  36.13 
 
 
461 aa  219  7.999999999999999e-56  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.279345 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0868  MATE efflux family protein  36.47 
 
 
440 aa  216  8e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0983692  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1640  DNA-damage-inducible protein F  33.41 
 
 
436 aa  212  1e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1840  MATE efflux family protein  33.49 
 
 
458 aa  210  3e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.308247  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0223  MATE efflux family protein  36.3 
 
 
448 aa  209  6e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2494  MATE efflux family protein  35.19 
 
 
477 aa  207  3e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3613  MATE efflux family protein  34.95 
 
 
477 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.214192  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0791  MATE efflux family protein  35.84 
 
 
451 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.412838 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0194  MATE efflux family protein  37.67 
 
 
446 aa  204  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0886  MATE efflux family protein  31.87 
 
 
455 aa  190  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0912  MATE efflux family protein  31.87 
 
 
455 aa  190  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>