More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0071 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0071  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  592  1e-168  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0074  transcriptional regulator, AraC family protein  70.49 
 
 		 289 aa  421  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1714  AraC-type transcriptional regulator-like protein  69.1 
 
 		 289 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00197834  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0530  transcriptional regulator, AraC family  49.12 
 
 		 292 aa  275  4e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.285537 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1095  transcriptional regulator, AraC-family  42.91 
 
 		 294 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.960707  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3137  AraC family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 294 aa  230  3e-59  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3601  transcriptional regulator, AraC family  42.91 
 
 		 304 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.565461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3764  transcriptional regulator, AraC family  44.24 
 
 		 304 aa  222  6e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3673  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 296 aa  222  6e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0178  transcriptional regulator, AraC family  41.75 
 
 		 311 aa  220  3e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0434617  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0669  AraC family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 297 aa  219  5e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0588  AraC family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 297 aa  219  5e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3420  AraC family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0382  transcriptional regulator, AraC family  43.17 
 
 		 346 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.723161  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0587  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 346 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0551242  normal  0.259692 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4214  AraC family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.340551  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3294  AraC family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.693263 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02883  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.35 
 
 		 318 aa  209  6e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0689  transcriptional regulator, AraC family  40.35 
 
 		 318 aa  209  6e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0339  transcriptional regulator, AraC family  43.23 
 
 		 329 aa  209  6e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3437  transcriptional regulator, AraC family  40.35 
 
 		 318 aa  209  6e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.833762  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0686  AraC family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 318 aa  209  6e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3189  AraC family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 318 aa  209  6e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02833  hypothetical protein  40.35 
 
 		 318 aa  209  6e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4320  transcriptional regulator, AraC family  40.35 
 
 		 299 aa  208  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000211  transcriptional regulator AraC family  38.06 
 
 		 293 aa  206  3e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35140  AraC family transcriptional regulator  39.65 
 
 		 296 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.939049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3478  AraC family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 375 aa  206  4e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4929  transcriptional regulator, AraC family  40.78 
 
 		 322 aa  206  5e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.202383  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2964  putative transcriptional regulator  39.3 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.751522  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3908  AraC family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.761684  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05946  hypothetical protein  38.75 
 
 		 293 aa  203  3e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0835  AraC family transcriptional regulator  40.99 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.283236  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4475  AraC-like transcriptional regulator  39.36 
 
 		 297 aa  199  6e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000020415 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0188  AraC family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 314 aa  198  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1753  AraC family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 322 aa  198  7e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143469  normal  0.226934 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0373  AraC family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 321 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3324  AraC family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 328 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3242  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3445  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0178  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.309128  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2186  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703125  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2903  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0153  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 314 aa  196  3e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2183  transcriptional regulator, AraC family  37.46 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1993  helix-turn-helix, AraC type:AraC-type transcriptional regulator, N-terminal  37.37 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.613868  normal  0.0985954 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4119  AraC family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 296 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320929  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2425  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.989434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2070  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 301 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6454  AraC family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 318 aa  188  8e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3119  AraC family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3103  AraC family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2008  transcriptional regulator, AraC family  38.11 
 
 		 315 aa  186  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.232037  normal  0.400947 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2489  AraC family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 314 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3041  AraC family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.992467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3158  AraC family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4538  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.302174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3072  AraC family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 301 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.675846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7040  AraC family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 323 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.165812  normal  0.300758 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2201  AraC family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 315 aa  182  6e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.608113  decreased coverage  0.002281 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3270  AraC-like transcriptional regulator  38.6 
 
 		 301 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6479  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2895  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.130917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5726  AraC family transcriptional regulator  35.13 
 
 		 323 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435974  normal  0.869518 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1452  AraC family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 323 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6376  AraC family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 323 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6918  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46400  putative transcriptional regulator  36.46 
 
 		 321 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000127078  hitchhiker  0.000980752 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1688  transcriptional regulator, AraC family  37.81 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2360  AraC-like transcriptional regulator  35.21 
 
 		 310 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0844  transcriptional regulator, AraC family  33.22 
 
 		 312 aa  159  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2256  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2638  AraC family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1745  AraC family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 331 aa  156  4e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334108  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1549  AraC family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 318 aa  155  7e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.54804 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3015  AraC-like transcriptional regulator  33.1 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1890  AraC family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2738  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0912908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3240  putative transcriptional regulator  32.41 
 
 		 310 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.246308  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0923  AraC family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 327 aa  151  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.139126  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2556  AraC-like transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.496188  normal  0.238367 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1153  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 325 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4483  AraC-like transcriptional regulator  33.33 
 
 		 336 aa  151  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000135378 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2251  AraC family transcription regulator  33.22 
 
 		 390 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0864  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 320 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.13712 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1528  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 325 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.836546  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1008  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 325 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.351707  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 312 aa  150  2e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0088  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 327 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.90451  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7040  transcriptional regulator AraC family  34.81 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4465  AraC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 309 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.320825  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0111  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 320 aa  150  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00655283  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0968  transcriptional regulator, AraC family  33.82 
 
 		 302 aa  148  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38040  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 329 aa  148  9e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.110886  hitchhiker  0.0035496 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3735  AraC-like transcriptional regulator  32.06 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00901057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3538  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 303 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  33.47 
 
 		 303 aa  146  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4209  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.378308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3135  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>