90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0057 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0057  cytoplasmic chaperone TorD family protein  100 
 
 
221 aa  449  1e-125  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4139  cytoplasmic chaperone TorD family protein  87.5 
 
 
224 aa  400  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4423  cytoplasmic chaperone TorD family protein  83.98 
 
 
231 aa  391  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4815  cytoplasmic chaperone TorD family protein  83.91 
 
 
230 aa  392  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.712251 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4507  TorA specific chaperone, putative  81.28 
 
 
225 aa  372  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3914  cytoplasmic chaperone TorD family protein  80.82 
 
 
225 aa  368  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4222  cytoplasmic chaperone TorD family protein  81.36 
 
 
225 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0028504 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4104  cytoplasmic chaperone TorD family protein  81.36 
 
 
225 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0339  cytoplasmic chaperone TorD family protein  84.54 
 
 
225 aa  367  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.537347  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4134  cytoplasmic chaperone TorD family protein  80.91 
 
 
225 aa  368  1e-101  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3789  cytoplasmic chaperone TorD family protein  80.82 
 
 
225 aa  368  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0235  cytoplasmic chaperone TorD family protein  81.36 
 
 
225 aa  370  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00487402 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3718  cytoplasmic chaperone TorD family protein  80.82 
 
 
225 aa  369  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3615  TorA specific chaperone, putative  78.44 
 
 
221 aa  358  3e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0055  cytoplasmic chaperone TorD family protein  78.26 
 
 
221 aa  337  8e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02275  hypothetical protein  48.21 
 
 
210 aa  187  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1451  putative cytoplasmic chaperone TorD  48.76 
 
 
203 aa  186  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003496  putative formate dehydrogenase-specific chaperone  48.21 
 
 
208 aa  179  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1913  cytoplasmic chaperone TorD  47.57 
 
 
235 aa  170  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1122  putative chaperone, formate dehydrogenase-specific  45.92 
 
 
223 aa  169  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0419  cytoplasmic chaperone TorD family protein  43.85 
 
 
211 aa  143  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.701349  normal  0.879826 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0387  cytoplasmic chaperone TorD family protein  43.85 
 
 
211 aa  143  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.199289  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2375  hypothetical protein  43.72 
 
 
223 aa  142  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00953085 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2588  cytoplasmic chaperone TorD family protein  42.71 
 
 
223 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.138506 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2184  cytoplasmic chaperone TorD family protein  42.71 
 
 
223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.451099  normal  0.0871667 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2763  cytoplasmic chaperone TorD  42.33 
 
 
217 aa  137  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3124  cytoplasmic chaperone TorD  43.41 
 
 
260 aa  134  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.315344  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1284  cytoplasmic chaperone TorD family protein  37.81 
 
 
207 aa  133  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0680  cytoplasmic chaperone TorD  40.74 
 
 
210 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0399  cytoplasmic chaperone TorD  38.22 
 
 
208 aa  132  6e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.372302  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3201  cytoplasmic chaperone TorD family protein  41.8 
 
 
200 aa  131  6.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.634799  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0502  cytoplasmic chaperone TorD family protein  39.38 
 
 
220 aa  131  6.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0455  cytoplasmic chaperone TorD family protein  44.16 
 
 
211 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5493  cytoplasmic chaperone TorD family protein  40 
 
 
235 aa  125  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506454  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3085  cytoplasmic chaperone TorD family protein  40.84 
 
 
201 aa  122  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3466  cytoplasmic chaperone TorD family protein  37.57 
 
 
212 aa  118  7e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.74555  normal  0.35285 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2793  cytoplasmic chaperone TorD family protein  37.57 
 
 
212 aa  118  7e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.588272  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0935  cytoplasmic chaperone TorD  36.82 
 
 
205 aa  117  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5276  cytoplasmic chaperone TorD family protein  39.29 
 
 
219 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0205291  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4064  cytoplasmic chaperone TorD family protein  38.83 
 
 
205 aa  115  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.625607  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1167  hypothetical protein  38.17 
 
 
208 aa  114  8.999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2447  cytoplasmic chaperone TorD  37.84 
 
 
222 aa  113  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.206479  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3263  cytoplasmic chaperone TorD  36.7 
 
 
207 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.852314  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3733  cytoplasmic chaperone TorD family protein  35.38 
 
 
214 aa  101  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1399  cytoplasmic chaperone TorD family protein  31.77 
 
 
216 aa  100  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0833  cytoplasmic chaperone TorD family protein  37 
 
 
204 aa  96.3  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3711  cytoplasmic chaperone TorD family protein  44.6 
 
 
215 aa  93.6  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.680187  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003940  chaperone protein TorD  25.49 
 
 
215 aa  64.7  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.282339  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01582  chaperone protein TorD  25 
 
 
215 aa  63.9  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3353  chaperone protein TorD  26.46 
 
 
209 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3214  chaperone protein TorD  26.46 
 
 
209 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1153  chaperone protein TorD  25.93 
 
 
204 aa  60.1  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3214  chaperone protein TorD  25.93 
 
 
209 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1984  chaperone protein TorD  24.51 
 
 
215 aa  54.3  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.240109  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3344  chaperone protein TorD  27.23 
 
 
221 aa  53.5  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1323  chaperone protein TorD  24.88 
 
 
220 aa  53.5  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0204846  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1993  chaperone protein TorD  23.59 
 
 
218 aa  52  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3527  chaperone protein TorD  22.05 
 
 
223 aa  51.2  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00640401  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0645  cytoplasmic chaperone TorD family protein  26.49 
 
 
214 aa  50.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1834  chaperone protein TorD  22.32 
 
 
236 aa  50.4  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3361  chaperone protein TorD  23.98 
 
 
215 aa  49.3  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2436  molybdopterin oxidoreductase  24.37 
 
 
936 aa  47.4  0.0002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.982452  normal  0.336779 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1231  chaperone protein TorD  25.82 
 
 
217 aa  46.6  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0425  cytoplasmic chaperone TorD family protein  28.89 
 
 
217 aa  46.6  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000134042 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4362  hypothetical protein  25.2 
 
 
209 aa  46.2  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0115  cytoplasmic chaperone TorD family protein  27.7 
 
 
225 aa  45.8  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.95797  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2226  cytoplasmic chaperone TorD family protein  27.66 
 
 
221 aa  45.4  0.0007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.176608  normal  0.083238 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1226  cytoplasmic chaperone TorD family protein  26.09 
 
 
195 aa  45.4  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1054  chaperone protein TorD  24.39 
 
 
209 aa  45.4  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1674  chaperone protein TorD  21.05 
 
 
193 aa  45.4  0.0008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00649542  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0231  cytoplasmic chaperone TorD family protein  25.12 
 
 
219 aa  44.3  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1050  chaperone protein TorD  26.51 
 
 
209 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1635  cytoplasmic chaperone TorD family protein  21.62 
 
 
231 aa  45.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0235  cytoplasmic chaperone TorD family protein  26.13 
 
 
219 aa  44.7  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2765  cytoplasmic chaperone TorD family protein  23.94 
 
 
222 aa  44.7  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.751178 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2799  chaperone protein TorD  23.74 
 
 
211 aa  44.7  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.011442 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1115  chaperone protein TorD  23.94 
 
 
209 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0465  cytoplasmic chaperone TorD family protein  28.08 
 
 
219 aa  43.9  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.860853  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2252  cytoplasmic chaperone TorD family protein  30.25 
 
 
204 aa  44.3  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.720627  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20880  uncharacterized component of anaerobic dehydrogenase  26.52 
 
 
231 aa  43.9  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0291  cytoplasmic chaperone TorD family protein  28.17 
 
 
211 aa  43.5  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000755078  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22800  uncharacterized component of anaerobic dehydrogenase  27.14 
 
 
239 aa  43.1  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2340  cytoplasmic chaperone TorD family protein  25.96 
 
 
229 aa  43.1  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.79743  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1192  cytoplasmic chaperone TorD family protein  22.86 
 
 
285 aa  42.7  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.563307  normal  0.32454 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4691  cytoplasmic chaperone TorD family protein  23.7 
 
 
228 aa  42.7  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000065315  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1379  cytoplasmic chaperone TorD  21.7 
 
 
226 aa  42.4  0.006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000378753  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0126  cytoplasmic chaperone TorD family protein  23.61 
 
 
225 aa  42.4  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02504  hypothetical protein  23.26 
 
 
203 aa  42  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0657  DMSO-membrane protein  26.28 
 
 
211 aa  42  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.527505 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06160  uncharacterized component of anaerobic dehydrogenase  22.12 
 
 
250 aa  41.6  0.01  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>