More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0051 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_003141  Signal transduction protein  79.81 
 
 		 629 aa  1071    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02457  hypothetical protein  68.2 
 
 		 626 aa  924    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0910  hypothetical protein  71.54 
 
 		 637 aa  966    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.529281  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2321  nucleotidyltransferase  70.33 
 
 		 627 aa  948    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.477711  hitchhiker  0.00895935 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0978  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  53.94 
 
 		 635 aa  693    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.082367  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003608  Signal transduction protein  69.11 
 
 		 626 aa  932    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2504  cyclic nucleotide-binding protein  57.88 
 
 		 628 aa  761    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01888  hypothetical protein  81.4 
 
 		 629 aa  1093    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0837  cyclic nucleotide-binding protein  53.18 
 
 		 629 aa  677    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1811  cyclic nucleotide-binding protein  68.21 
 
 		 625 aa  922    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0100  putative cyclic nucleotide binding protein  73.32 
 
 		 626 aa  963    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0051  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 629 aa  1304    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3131  cyclic nucleotide-binding domain (cNMP-BD) protein  52.62 
 
 		 633 aa  693    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4543  CBS domain-containing protein  52.76 
 
 		 639 aa  696    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.661781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0967  nucleotidyltransferase  70.11 
 
 		 641 aa  937    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.151654 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0267  cyclic nucleotide-binding protein  57.12 
 
 		 625 aa  749    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4338  CBS domain-containing protein  44.62 
 
 		 618 aa  567  1e-160  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1548  cyclic nucleotide-binding protein  36.45 
 
 		 615 aa  451  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1043  cyclic nucleotide-binding protein  37.26 
 
 		 624 aa  450  1e-125  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.597575 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2751  CBS domain-containing protein  37.06 
 
 		 615 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0342062 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2672  signal-transduction protein  37.06 
 
 		 615 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1712  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  36.9 
 
 		 615 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.76121  hitchhiker  0.00000133647 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2637  signal-transduction protein  36.9 
 
 		 615 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2357  cyclic nucleotide-binding protein  37.08 
 
 		 615 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4954  CBS domain-containing protein  35.43 
 
 		 624 aa  437  1e-121  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0264  signal protein  35.97 
 
 		 614 aa  436  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1576  cyclic nucleotide-binding protein  35.84 
 
 		 620 aa  434  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00132625 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1515  cyclic nucleotide-binding protein  36 
 
 		 620 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0149843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1582  cyclic nucleotide-binding protein  36 
 
 		 620 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0380043 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2856  CBS domain-containing protein  35.97 
 
 		 620 aa  428  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2369  cyclic nucleotide-binding protein  36.6 
 
 		 615 aa  427  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00413273 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1524  CBS domain-containing protein  35.47 
 
 		 618 aa  422  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1697  CBS domain-containing protein  36.19 
 
 		 615 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2835  CBS domain-containing protein  35.15 
 
 		 615 aa  413  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00609535 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1751  cyclic nucleotide-binding protein  36.01 
 
 		 615 aa  415  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0246988 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3932  CBS domain-containing protein  36.72 
 
 		 623 aa  378  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.177243  normal  0.11098 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0302  signal-transduction protein  33.6 
 
 		 648 aa  372  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3713  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  35.31 
 
 		 613 aa  365  1e-99  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000235103  unclonable  0.0000000288509 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3557  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  34.58 
 
 		 605 aa  364  3e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2007  CBS domain-containing protein  36.23 
 
 		 623 aa  364  3e-99  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.232416  decreased coverage  0.00139706 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0575  signal transduction protein  34.15 
 
 		 606 aa  362  1e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.513215  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2228  cyclic nucleotide-binding protein  34.15 
 
 		 606 aa  362  1e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.480608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3667  cyclic nucleotide-binding protein  34.1 
 
 		 606 aa  360  6e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.773951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0506  CBS domain-containing protein  34.31 
 
 		 606 aa  357  3.9999999999999996e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.413474  normal  0.25412 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1296  hypothetical protein  34.63 
 
 		 601 aa  352  1e-95  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.922257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000925  Signal transduction protein  32.69 
 
 		 622 aa  351  3e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.334534  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4553  cyclic nucleotide-binding protein  32.57 
 
 		 603 aa  350  3e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.984926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0699  CBS domain-containing protein  31.9 
 
 		 625 aa  346  8e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0116377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1866  cyclic nucleotide-binding protein  32.47 
 
 		 615 aa  336  7e-91  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.450839  normal  0.446941 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1584  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  34.04 
 
 		 606 aa  331  3e-89  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0450512 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0554  putative CBS domain and cyclic nucleotide- regulated nucleotidyltransferase  30.31 
 
 		 637 aa  318  2e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2113  putative CBS domain and cyclic nucleotide- regulated nucleotidyltransferase  31.64 
 
 		 644 aa  307  4.0000000000000004e-82  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0818  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  32.69 
 
 		 603 aa  296  5e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.410169  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0822  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  32.69 
 
 		 603 aa  296  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0770  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  32.52 
 
 		 603 aa  294  3e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.461269  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2478  putative CBS domain and cyclic nucleotide- regulated nucleotidyltransferase  30.48 
 
 		 642 aa  289  1e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00776763 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0629  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.68 
 
 		 667 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3753  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  31.66 
 
 		 601 aa  275  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.53341  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1025  cyclic nucleotide-binding protein  28.28 
 
 		 645 aa  275  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3836  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  31.34 
 
 		 601 aa  272  1e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3695  cyclic nucleotide-binding protein  30.89 
 
 		 603 aa  270  5.9999999999999995e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0769  hypothetical protein  32.58 
 
 		 574 aa  267  5.999999999999999e-70  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.463827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0528  signal-transduction protein  27.75 
 
 		 611 aa  263  8.999999999999999e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.766846  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0817  CBS domain-containing protein  30.91 
 
 		 603 aa  262  1e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.175091 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2480  CBS domain-containing protein  26.99 
 
 		 639 aa  262  2e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.218166  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3158  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  30.52 
 
 		 596 aa  260  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.664732  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1034  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  28.81 
 
 		 660 aa  255  2.0000000000000002e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0124015 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3274  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  30.68 
 
 		 596 aa  254  4.0000000000000004e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.877425  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4030  CBS domain-containing protein  28.57 
 
 		 641 aa  253  6e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.210383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00722  Signaling protein with a cAMP-binding, CBS domains and predicted nucleotidyltransferase domain  28.21 
 
 		 613 aa  253  8.000000000000001e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1635  cyclic nucleotide-binding/CBS/putative nucleotidyltransferase  29.09 
 
 		 646 aa  252  2e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.5663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4097  CBS domain-containing protein  27.46 
 
 		 643 aa  251  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5185  cyclic nucleotide-binding (cNMP-bd) protein  27.68 
 
 		 646 aa  249  9e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.255954  normal  0.285696 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1304  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  28.53 
 
 		 650 aa  248  2e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.333083  normal  0.600467 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1009  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  28.42 
 
 		 649 aa  246  8e-64  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.959275  normal  0.0476299 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1568  cyclic nucleotide-binding protein  29.54 
 
 		 634 aa  245  1.9999999999999999e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0471  nucleotidyltransferase, putative  26.87 
 
 		 622 aa  242  2e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3143  CBS domain-containing protein  28.23 
 
 		 601 aa  240  5e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2052  cyclic nucleotide-binding protein  28.26 
 
 		 663 aa  239  9e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.19282 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4702  cyclic nucleotide-binding/CBS:putative nucleotidyltransferase  27.62 
 
 		 644 aa  239  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0090  CBS signal-transduction protein  27.23 
 
 		 629 aa  239  1e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.382061 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1266  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  28.26 
 
 		 649 aa  239  1e-61  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0382  CBS domain-containing protein  26.44 
 
 		 645 aa  237  4e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.263171 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0380  CBS domain-containing protein  26.28 
 
 		 645 aa  236  9e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.488205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4848  CBS domain-containing protein  26.48 
 
 		 645 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.602391  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0354  CBS domain-containing protein  26.28 
 
 		 645 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.466174 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2583  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  28.46 
 
 		 648 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2002  cyclic nucleotide-binding protein  25.43 
 
 		 641 aa  234  3e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0903  cyclic nucleotide-binding protein  27.65 
 
 		 638 aa  233  7.000000000000001e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05910  cyclic nucleotide-binding protein  26.7 
 
 		 645 aa  227  6e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0914238  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3142  CBS domain-containing protein  28.66 
 
 		 608 aa  226  7e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4152  signal-transduction protein  31.7 
 
 		 486 aa  224  3e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.729428 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2622  putative CBS domain and cyclic nucleotide-regulated nucleotidyltransferase  27.41 
 
 		 603 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2028  signal-transduction protein  30.9 
 
 		 481 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.240016 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2831  putative nucleotidyltransferases  26.31 
 
 		 610 aa  220  7e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1615  putative CBS domain and cyclic nucleotide- regulated nucleotidyltransferase  26.23 
 
 		 636 aa  220  7e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3824  CBS domain-containing protein  28.18 
 
 		 605 aa  218  2e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664828 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00167  cyclic nucleotide binding protein  26.05 
 
 		 608 aa  218  2.9999999999999998e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1543  putative signal-transduction protein with CBS domains  25.76 
 
 		 600 aa  217  5e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00292919  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3348  putative nucleotidyltransferase  27.74 
 
 		 646 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.351645  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>