More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0050 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_0050  DNA polymerase III subunit epsilon  100 
 
 
239 aa  489  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003140  DNA polymerase III epsilon subunit  59.66 
 
 
239 aa  301  8.000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01887  DNA polymerase III subunit epsilon  59.41 
 
 
239 aa  299  2e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02456  DNA polymerase III subunit epsilon  51.54 
 
 
249 aa  253  2.0000000000000002e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0099  DNA polymerase III subunit epsilon  50.88 
 
 
238 aa  252  3e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0968  DNA polymerase III subunit epsilon  48.68 
 
 
238 aa  244  6.999999999999999e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.109117 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2322  DNA polymerase III subunit epsilon  50.22 
 
 
238 aa  241  6e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0721155  normal  0.012289 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003607  DNA polymerase III epsilon subunit  48.02 
 
 
248 aa  241  7.999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1810  DNA polymerase III subunit epsilon  50.44 
 
 
238 aa  237  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0979  DNA polymerase III subunit epsilon  50.88 
 
 
241 aa  233  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.102826  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0266  DNA polymerase III subunit epsilon  50.44 
 
 
240 aa  232  4.0000000000000004e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  48.7 
 
 
251 aa  230  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3130  DNA polymerase III subunit epsilon  47.16 
 
 
240 aa  223  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.411931  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4544  DNA polymerase III subunit epsilon  48.02 
 
 
235 aa  223  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.804755  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0909  DNA polymerase III subunit epsilon  45.85 
 
 
236 aa  211  9e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0718919  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0836  DNA polymerase III subunit epsilon  44.59 
 
 
240 aa  210  1e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4339  DNA polymerase III subunit epsilon  40.53 
 
 
236 aa  172  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4955  exonuclase  39.07 
 
 
228 aa  142  6e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2750  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.52 
 
 
228 aa  137  1e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.336588  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2636  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.52 
 
 
228 aa  137  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.815418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1713  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  37.95 
 
 
228 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.180108  hitchhiker  0.000000667119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2671  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  39.52 
 
 
228 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1516  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.91 
 
 
228 aa  129  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.845972  normal  0.0175555 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1044  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.07 
 
 
230 aa  129  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.69033  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1583  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.44 
 
 
228 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0697497 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2834  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  36.44 
 
 
226 aa  126  3e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00375381 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1577  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  37.14 
 
 
228 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160507 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2368  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  39.71 
 
 
226 aa  123  3e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0245873 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1752  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.22 
 
 
228 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.974863  normal  0.0312157 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0265  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  34.52 
 
 
228 aa  115  3.9999999999999997e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2356  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  36.36 
 
 
223 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1698  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  38.8 
 
 
228 aa  113  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1549  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  35.41 
 
 
229 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.418832  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2855  exonuclease  41.38 
 
 
181 aa  105  5e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3933  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.74 
 
 
232 aa  104  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.165609  normal  0.0812308 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0301  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.84 
 
 
236 aa  102  6e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1525  DNA polymerase III epsilon subunit-related 3'-5' exonuclease-like protein  37.06 
 
 
228 aa  101  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1867  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.18 
 
 
246 aa  99.4  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.304981  normal  0.675746 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2006  DNA polymerase III, epsilon subunit  33 
 
 
233 aa  98.2  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.473172  decreased coverage  0.00101697 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000926  DNA polymerase III epsilon subunit  31.98 
 
 
236 aa  95.9  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3714  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.29 
 
 
233 aa  89.7  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.349648  hitchhiker  0.000000325889 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3835  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.56 
 
 
200 aa  86.7  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.999673  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3694  exonuclease  32.56 
 
 
200 aa  86.3  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.558751  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0628  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.44 
 
 
239 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0816  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  33.14 
 
 
206 aa  84.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3752  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.98 
 
 
200 aa  82.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.211189  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0820  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.61 
 
 
207 aa  82.4  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0768  exonuclease  32.61 
 
 
207 aa  80.5  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.898331  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0529  exonuclease, RNase T and DNA polymerase III  28.71 
 
 
224 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.56514  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3137  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.18 
 
 
213 aa  79  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0814  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.8 
 
 
200 aa  78.6  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0852065 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1010  DNA polymerase III, epsilon subunit  29.57 
 
 
236 aa  78.6  0.00000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0343997 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2477  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  25.85 
 
 
233 aa  77.4  0.0000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00576193 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1583  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.89 
 
 
203 aa  76.6  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.132729 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1265  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.57 
 
 
205 aa  75.5  0.0000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0451  DNA polymerase III subunit epsilon  28.24 
 
 
216 aa  75.5  0.0000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0363772  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00723  putative DNA polymerase, exonuclease activity  29.59 
 
 
226 aa  74.7  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0700  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  35.52 
 
 
220 aa  75.1  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.277225  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1295  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  30.34 
 
 
200 aa  73.6  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.961159  normal  0.477064 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0553  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
244 aa  72.4  0.000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3823  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.43 
 
 
200 aa  72.4  0.000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00858387 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0467  DNA polymerase III subunit epsilon  27.81 
 
 
216 aa  72.4  0.000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.268552  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0424  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 
186 aa  72  0.000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1378  hypothetical protein  28.49 
 
 
578 aa  71.2  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0439  DNA polymerase III, epsilon subunit  30.06 
 
 
186 aa  71.6  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0045  DNA polymerase III subunit epsilon  26.13 
 
 
223 aa  70.5  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.193012  normal  0.0131844 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4029  exonuclease RNase T and DNA polymerase III  26.14 
 
 
238 aa  70.1  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0866563  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1721  DNA polymerase III PolC  32.37 
 
 
1390 aa  69.3  0.00000000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.670328  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0536  DNA polymerase III subunit epsilon  28.24 
 
 
218 aa  68.9  0.00000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0149  DNA polymerase III, epsilon subunit  31.07 
 
 
187 aa  67.4  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07800  DNA polymerase III, alpha subunit  28.18 
 
 
1397 aa  67.8  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0481  DNA polymerase III subunit epsilon  26.8 
 
 
220 aa  65.5  0.0000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0902  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
235 aa  64.7  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1900  hypothetical protein  28.72 
 
 
590 aa  65.1  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.207393  hitchhiker  0.00000867939 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0828  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.24 
 
 
203 aa  64.7  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0208649  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5959  DNA polymerase III subunit epsilon  29.41 
 
 
212 aa  63.5  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1035  DNA polymerase III, epsilon subunit  23.37 
 
 
232 aa  63.2  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0079955 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4390  DNA polymerase III subunit epsilon  28.36 
 
 
578 aa  62.8  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.794868  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2958  hypothetical protein  28.42 
 
 
617 aa  62.4  0.000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.154785  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3243  hypothetical protein  29.51 
 
 
613 aa  62  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0119574  hitchhiker  0.000150553 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1039  DNA polymerase III PolC  26.67 
 
 
1362 aa  62  0.000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.195059  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10720  hypothetical protein  29.89 
 
 
570 aa  61.6  0.00000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.921764 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3104  hypothetical protein  28.34 
 
 
584 aa  61.2  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.197929  normal  0.651768 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2648  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.96 
 
 
769 aa  61.2  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1965  DNA polymerase III, alpha subunit  28.11 
 
 
1426 aa  60.5  0.00000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3068  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.6 
 
 
605 aa  60.8  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0177257  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1305  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.23 
 
 
232 aa  60.8  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.770765 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0503  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
695 aa  60.5  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0629426  normal  0.16655 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3777  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.26 
 
 
722 aa  60.1  0.00000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2503  DNA polymerase III subunit epsilon  25.93 
 
 
218 aa  59.7  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000240357 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2621  DNA polymerase III subunit epsilon  25.29 
 
 
222 aa  59.7  0.00000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1525  DNA polymerase III, epsilon subunit  27.42 
 
 
328 aa  59.3  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0323544  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1505  putative sensor with HAMP domain  29.57 
 
 
616 aa  58.9  0.00000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0996  DNA polymerase III PolC  30.64 
 
 
1442 aa  59.3  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2053  putative PAS/PAC sensor protein  28.06 
 
 
714 aa  58.9  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.115114 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2832  DNA polymerase III subunit epsilon  26.74 
 
 
210 aa  58.5  0.00000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2256  DNA polymerase III, epsilon subunit  33 
 
 
234 aa  58.5  0.00000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.313606 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1633  DNA polymerase III, epsilon subunit  26.49 
 
 
721 aa  58.2  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3051  DNA polymerase III, epsilon subunit  28.57 
 
 
595 aa  58.2  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3141  DNA polymerase III, epsilon subunit  24.62 
 
 
595 aa  57.8  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>