173 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0038 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0038  excinuclease ABC subunit C  100 
 
 		 97 aa  206  8e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0137  excinuclease ABC subunit C  75.31 
 
 		 139 aa  140  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0489368 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0136  excinuclease ABC subunit C  68.18 
 
 		 147 aa  137  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4217  excinuclease ABC subunit C  71.08 
 
 		 163 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0131  excinuclease ABC subunit C  71.6 
 
 		 141 aa  134  5e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0145  hypothetical protein  69.41 
 
 		 122 aa  134  6.0000000000000005e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0136  excinuclease ABC subunit C  71.6 
 
 		 140 aa  133  7.000000000000001e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.228252 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0140  Excinuclease ABC C subunit domain protein  67.07 
 
 		 166 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0141  excinuclease ABC subunit C  69.14 
 
 		 92 aa  127  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0136  excinuclease ABC subunit C  65.06 
 
 		 167 aa  126  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4370  excinuclease ABC subunit C  65.06 
 
 		 84 aa  124  5e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0133  excinuclease ABC subunit C  63.95 
 
 		 119 aa  122  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0098  excinuclease ABC subunit C  68.29 
 
 		 107 aa  119  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.807182  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4762  excinuclease ABC subunit C  63.86 
 
 		 95 aa  118  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000128421 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0145  endonuclease  62.07 
 
 		 106 aa  115  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0115  excinuclease ABC subunit C  58.43 
 
 		 90 aa  114  6e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1452  excinuclease ABC subunit C  58.97 
 
 		 112 aa  100  9e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00178124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2824  excinuclease ABC subunit C  54.32 
 
 		 92 aa  91.7  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0550  Excinuclease ABC C subunit domain protein  56.25 
 
 		 100 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0821  GIY-YIG nuclease superfamily protein  56.96 
 
 		 103 aa  85.5  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.594813  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3712  GIY-YIG nuclease superfamily protein  53.01 
 
 		 95 aa  85.5  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4013  GIY-YIG nuclease superfamily protein  53.01 
 
 		 95 aa  85.1  3e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3578  GIY-YIG nuclease superfamily protein  53.01 
 
 		 95 aa  85.1  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03022  hypothetical protein  55 
 
 		 100 aa  84  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02973  hypothetical protein  55 
 
 		 100 aa  84  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3616  GIY-YIG nuclease superfamily protein  55 
 
 		 100 aa  84  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3451  GIY-YIG nuclease superfamily protein  55 
 
 		 100 aa  84  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4475  GIY-YIG nuclease superfamily protein  55 
 
 		 100 aa  84  6e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0543  GIY-YIG nuclease superfamily protein  55 
 
 		 100 aa  84  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.792444 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3347  GIY-YIG nuclease superfamily protein  55 
 
 		 100 aa  84  6e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3638  GIY-YIG nuclease superfamily protein  55 
 
 		 100 aa  84  6e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3453  Excinuclease ABC C subunit domain protein  55.7 
 
 		 100 aa  83.6  8e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.472079  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3625  GIY-YIG nuclease superfamily protein  55 
 
 		 120 aa  83.6  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.791399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2327  excinuclease ABC subunit C  51.28 
 
 		 99 aa  83.6  9e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.418538  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3528  GIY-YIG nuclease superfamily protein  55 
 
 		 120 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3459  GIY-YIG nuclease superfamily protein  55 
 
 		 120 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3457  GIY-YIG nuclease superfamily protein  55 
 
 		 120 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2891  excinuclease ABC subunit C  47.5 
 
 		 94 aa  83.2  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.625064  normal  0.178968 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3565  GIY-YIG nuclease superfamily protein  55 
 
 		 120 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0507  excinuclease ABC subunit C  55.7 
 
 		 117 aa  83.2  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3592  GIY-YIG nuclease superfamily protein  49.45 
 
 		 113 aa  82  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.394656  normal  0.0895016 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1952  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.33 
 
 		 130 aa  81.6  0.000000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1731  Excinuclease ABC C subunit domain protein  46.25 
 
 		 91 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.26715  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3334  Excinuclease ABC C subunit domain protein  53.01 
 
 		 100 aa  80.9  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692644  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1438  excinuclease ABC subunit C  48.1 
 
 		 86 aa  80.5  0.000000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0597  GIY-YIG nuclease superfamily protein  47.31 
 
 		 99 aa  80.5  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0675  hypothetical protein  50.62 
 
 		 101 aa  79.3  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3600  excinuclease ABC subunit C  48.72 
 
 		 159 aa  78.2  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2919  endonuclease  44.94 
 
 		 106 aa  78.2  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0606  hypothetical protein  50 
 
 		 94 aa  77  0.00000000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.383877  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3752  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.04 
 
 		 84 aa  75.5  0.0000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0544  excinuclease ABC subunit C  42.68 
 
 		 86 aa  74.7  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2278  excinuclease ABC subunit C  43.37 
 
 		 89 aa  74.3  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0732686  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5558  excinuclease ABC subunit C  44.16 
 
 		 90 aa  73.9  0.0000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1073  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.04 
 
 		 90 aa  72.8  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0081744 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2636  Excinuclease ABC C subunit domain protein  47.37 
 
 		 77 aa  73.2  0.000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.303825  normal  0.812434 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1103  excinuclease ABC subunit C  36.78 
 
 		 87 aa  72  0.000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2428  hypothetical protein  43.59 
 
 		 83 aa  71.6  0.000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0018  Excinuclease ABC C subunit domain protein  45.12 
 
 		 93 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3553  GIY-YIG nuclease superfamily protein  45.57 
 
 		 93 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.158193 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1603  Excinuclease ABC C subunit domain protein  45.33 
 
 		 88 aa  71.2  0.000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000181458  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4401  endo/excinuclease amino terminal domain-containing protein  41.98 
 
 		 95 aa  70.9  0.000000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03940  Excinuclease ABC C subunit domain protein  44.16 
 
 		 86 aa  70.1  0.000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05350  hypothetical protein  43.02 
 
 		 104 aa  70.1  0.000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0448  excinuclease ABC subunit C  43.24 
 
 		 79 aa  69.7  0.00000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0879  endo/excinuclease domain-containing protein  44.87 
 
 		 165 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2759  excinuclease ABC subunit C  40.51 
 
 		 103 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00570056  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2851  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.59 
 
 		 103 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2943  Excinuclease ABC C subunit domain protein  36.59 
 
 		 103 aa  68.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1867  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.03 
 
 		 80 aa  68.6  0.00000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000216284  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0019  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.46 
 
 		 93 aa  67.4  0.00000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1431  GIY-YIG domain-containing protein  43.42 
 
 		 96 aa  67  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00206814  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1011  GIY-YIG nuclease superfamily protein  40.86 
 
 		 113 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1697  GIY-YIG domain-containing protein  43.42 
 
 		 97 aa  67  0.00000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00497401  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0737  endo/excinuclease domain-containing protein  42.67 
 
 		 298 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.346537  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1608  Excinuclease ABC C subunit domain protein  38.2 
 
 		 91 aa  66.2  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.143422  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1525  endonuclease  40.79 
 
 		 89 aa  66.6  0.0000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2276  endo/excinuclease domain-containing protein  42.67 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3008  endo/excinuclease domain-containing protein  42.67 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.975273  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1079  excinuclease ABC, C subunit, N-terminal  42.67 
 
 		 264 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1589  endo/excinuclease domain-containing protein  42.67 
 
 		 322 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.942614  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0972  GIY-YIG nuclease superfamily protein  43.02 
 
 		 105 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2257  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.42 
 
 		 91 aa  65.9  0.0000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.879636  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1238  endo/excinuclease domain-containing protein  42.67 
 
 		 284 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5743  excinuclease ABC subunit C  36.63 
 
 		 289 aa  65.5  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.6194  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0080  excinuclease ABC subunit C  37.5 
 
 		 117 aa  65.9  0.0000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.76446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1435  excinuclease ABC subunit C  39.77 
 
 		 88 aa  65.9  0.0000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1139  Excinuclease ABC C subunit domain protein  43.42 
 
 		 80 aa  65.9  0.0000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.138973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02607  hypothetical URI domain endonuclease  40 
 
 		 118 aa  65.1  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0979  GIY-YIG nuclease superfamily protein  40 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.888476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000538  excinuclease ABC C subunit  39.74 
 
 		 106 aa  65.1  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.559483  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3617  putative excinuclease, subunit C  42.67 
 
 		 98 aa  64.7  0.0000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2126  Excinuclease ABC C subunit domain protein  41.67 
 
 		 105 aa  64.7  0.0000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1257  GIY-YIG nuclease superfamily protein  41.77 
 
 		 104 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0126  hypothetical protein  40.26 
 
 		 82 aa  63.5  0.0000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0876  excinuclease ABC subunit C  44 
 
 		 237 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.644539 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11350  GIY-YIG nuclease superfamily protein  40.74 
 
 		 87 aa  63.2  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.651931  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1080  GIY-YIG nuclease superfamily protein  38.1 
 
 		 113 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.984225  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2084  Excinuclease ABC C subunit domain protein  39.24 
 
 		 88 aa  62.8  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000359134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2416  excinuclease ABC subunit C  42.31 
 
 		 299 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>