100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0023 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0023  protoporphyrinogen oxidase  100 
 
 		 175 aa  369  1e-101  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000262535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0022  protoporphyrinogen oxidase  74.86 
 
 		 175 aa  291  3e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0027  protoporphyrinogen oxidase  76 
 
 		 175 aa  290  6e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00412155  normal  0.0535555 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0025  protoporphyrinogen oxidase  75.43 
 
 		 175 aa  290  9e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00857411 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0020  protoporphyrinogen oxidase  69.94 
 
 		 174 aa  264  5e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000993803  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0024  Protoporphyrinogen oxidase  69.94 
 
 		 174 aa  264  5.999999999999999e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.776203  hitchhiker  0.00000179508 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0024  protoporphyrinogen oxidase  69.36 
 
 		 174 aa  261  4e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0780321  normal  0.0115046 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0025  protoporphyrinogen oxidase  69.36 
 
 		 174 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0214113  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0017  protoporphyrinogen oxidase  68.21 
 
 		 174 aa  257  5.0000000000000005e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.324297  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0028  protoporphyrinogen oxidase  68.02 
 
 		 174 aa  256  9e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000780551  hitchhiker  0.000000145429 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0022  protoporphyrinogen oxidase  68.02 
 
 		 174 aa  256  1e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000530188  hitchhiker  0.000763246 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0020  protoporphyrinogen oxidase  68.02 
 
 		 174 aa  256  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00000664462  normal  0.064653 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0036  protoporphyrinogen oxidase  67.43 
 
 		 177 aa  255  2e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.144256 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0017  protoporphyrinogen oxidase  65.14 
 
 		 176 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.229911  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0025  flavodoxin  67.44 
 
 		 174 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0019  protoporphyrinogen oxidase  65.12 
 
 		 175 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4072  protoporphyrinogen oxidase  55.88 
 
 		 176 aa  216  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2953  protoporphyrinogen oxidase  52.87 
 
 		 175 aa  208  3e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.410486 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0813  protoporphyrinogen oxidase  54.02 
 
 		 173 aa  195  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0141  Protoporphyrinogen oxidase  50.3 
 
 		 173 aa  194  6e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0973  protoporphyrinogen oxidase  51.76 
 
 		 173 aa  192  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.705197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0962  Protoporphyrinogen oxidase  51.18 
 
 		 173 aa  190  8e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0939  protoporphyrinogen oxidase  51.18 
 
 		 173 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.031625  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3066  protoporphyrinogen oxidase  49.7 
 
 		 173 aa  187  7e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0377442 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3038  protoporphyrinogen oxidase  48.28 
 
 		 173 aa  187  7e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3400  protoporphyrinogen oxidase  50.59 
 
 		 173 aa  186  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0906  protoporphyrinogen oxidase  49.11 
 
 		 173 aa  186  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0871  protoporphyrinogen oxidase  47.13 
 
 		 173 aa  185  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0793  protoporphyrinogen oxidase  49.42 
 
 		 173 aa  183  8e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09631  putative protoporphyrinogen oxidase  49.71 
 
 		 178 aa  183  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1487  protoporphyrinogen oxidase  48.85 
 
 		 175 aa  182  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.040472  hitchhiker  0.00766519 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3790  protoporphyrinogen oxidase  50 
 
 		 175 aa  182  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0678  protoporphyrinogen oxidase  48.82 
 
 		 173 aa  182  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.103464 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2882  protoporphyrinogen oxidase  48.55 
 
 		 178 aa  179  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0673  protoporphyrinogen oxidase  47.13 
 
 		 177 aa  176  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0266  protoporphyrinogen oxidase  48.26 
 
 		 177 aa  172  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0106275  normal  0.013044 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3945  protoporphyrinogen oxidase  45.93 
 
 		 180 aa  170  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000851494  decreased coverage  0.00158179 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4230  protoporphyrinogen oxidase  45.93 
 
 		 179 aa  168  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0023265  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3897  protoporphyrinogen oxidase  44.77 
 
 		 179 aa  165  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0092686  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3743  protoporphyrinogen oxidase  44.19 
 
 		 179 aa  166  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000514113  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4040  protoporphyrinogen oxidase  45.35 
 
 		 179 aa  164  5e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00450028  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3720  hypothetical protein  56.45 
 
 		 141 aa  163  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0198  protoporphyrinogen oxidase  46.2 
 
 		 173 aa  162  2.0000000000000002e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3929  protoporphyrinogen oxidase  45.88 
 
 		 177 aa  160  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.00000000000339774  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1916  protoporphyrinogen oxidase  45.88 
 
 		 177 aa  160  9e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000017226  normal  0.191063 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0287  protoporphyrinogen oxidase  45.88 
 
 		 177 aa  160  9e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000232863  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2537  protoporphyrinogen oxidase  43.6 
 
 		 174 aa  158  3e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000581009  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4313  protoporphyrinogen oxidase  42.44 
 
 		 181 aa  158  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000309624  normal  0.107941 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4320  protoporphyrinogen oxidase  43.43 
 
 		 181 aa  158  4e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000364139  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4266  protoporphyrinogen oxidase  42.44 
 
 		 181 aa  158  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000166727  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4194  protoporphyrinogen oxidase  42.44 
 
 		 181 aa  158  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000219448  normal  0.630031 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4217  protoporphyrinogen oxidase  42.44 
 
 		 181 aa  158  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000339833  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4373  protoporphyrinogen oxidase  42.44 
 
 		 181 aa  158  4e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000903845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1569  protoporphyrinogen oxidase  47.02 
 
 		 170 aa  157  6e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838772  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4369  protoporphyrinogen oxidase  43.43 
 
 		 181 aa  157  7e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000843735  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4231  protoporphyrinogen oxidase  41.28 
 
 		 181 aa  157  9e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000000133684  normal  0.0229749 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4160  protoporphyrinogen oxidase  41.28 
 
 		 181 aa  156  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000131743  decreased coverage  0.00000239257 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4131  Protoporphyrinogen oxidase  41.28 
 
 		 181 aa  156  1e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000348526  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5289  protoporphyrinogen oxidase  41.28 
 
 		 181 aa  156  1e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000241436  normal  0.0811334 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03690  hypothetical protein  41.28 
 
 		 181 aa  156  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000962205  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4073  protoporphyrinogen oxidase  41.28 
 
 		 181 aa  156  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000311087  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03741  protoporphyrin oxidase, flavoprotein  41.28 
 
 		 181 aa  156  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00160389  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0026  protoporphyrinogen oxidase  39.77 
 
 		 179 aa  156  2e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0025  protoporphyrinogen oxidase  40 
 
 		 177 aa  155  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109828  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001985  protoporphyrinogen IX oxidase oxygen-independent HemG  44.89 
 
 		 175 aa  154  8e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000384734  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00463  protoporphyrinogen oxidase  44.63 
 
 		 175 aa  153  1e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0022  protoporphyrinogen oxidase  40.94 
 
 		 184 aa  152  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00158221  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0027  protoporphyrinogen oxidase, putative  42.11 
 
 		 184 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0029  protoporphyrinogen oxidase  39.18 
 
 		 179 aa  151  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00401521  normal  0.0528505 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0024  protoporphyrinogen oxidase  40.94 
 
 		 184 aa  151  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000372207  hitchhiker  0.000782857 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0030  protoporphyrinogen oxidase  40.94 
 
 		 184 aa  151  5e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000025966  hitchhiker  0.00000099426 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0019  protoporphyrinogen oxidase  38.51 
 
 		 181 aa  149  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.827877  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2977  protoporphyrinogen oxidase  42.35 
 
 		 174 aa  149  3e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0026  protoporphyrinogen oxidase  39.2 
 
 		 183 aa  149  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00716362  normal  0.0118461 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0027  protoporphyrinogen oxidase  38.37 
 
 		 179 aa  148  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0184042 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0027  protoporphyrinogen oxidase  39.2 
 
 		 183 aa  148  5e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0370554  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0022  protoporphyrinogen oxidase  39.2 
 
 		 183 aa  148  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0671098  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0026  Protoporphyrinogen oxidase  39.2 
 
 		 183 aa  148  5e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000181014 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0019  protoporphyrinogen oxidase  40.35 
 
 		 184 aa  147  5e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.309289  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0038  protoporphyrinogen oxidase  40.94 
 
 		 183 aa  147  5e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.142009 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4324  protoporphyrinogen oxidase  32 
 
 		 190 aa  114  8.999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1035  protoporphyrinogen oxidase  31.07 
 
 		 188 aa  106  2e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.395736  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3336  protoporphyrinogen oxidase  32.95 
 
 		 178 aa  103  1e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3403  flavodoxin/nitric oxide synthase  30.29 
 
 		 193 aa  103  2e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.200863  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4255  flavodoxin/nitric oxide synthase  30 
 
 		 197 aa  96.7  2e-19  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3601  protoporphyrinogen oxidase  31.03 
 
 		 174 aa  96.7  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.934061  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4171  flavodoxin-like protein  23.7 
 
 		 216 aa  61.2  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1685  flavodoxin  25.58 
 
 		 172 aa  56.2  0.0000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0906832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2492  flavodoxin-like protein  26.03 
 
 		 215 aa  55.8  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1824  flavodoxin  23.7 
 
 		 168 aa  54.7  0.0000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1699  flavodoxin  21.64 
 
 		 176 aa  50.8  0.000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.35306  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0077  flavodoxin-like protein  23.33 
 
 		 160 aa  50.8  0.00001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2554  Flavodoxin-like protein  20.93 
 
 		 169 aa  50.4  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0852  protoporphyrinogen oxidase  18.24 
 
 		 173 aa  48.9  0.00004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0227417  normal  0.141132 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0168  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.43 
 
 		 174 aa  47.4  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.607551  normal  0.594869 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0573  protoporphyrinogen oxidase  21.74 
 
 		 167 aa  46.2  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00307777 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1410  Flavodoxin-like protein  21.2 
 
 		 175 aa  44.3  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00810371 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19080  flavodoxin  23.39 
 
 		 159 aa  42  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3216  flavoprotein WrbA  23.21 
 
 		 199 aa  41.6  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00103808 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1632  flavodoxin-like protein  22.73 
 
 		 193 aa  41.6  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.138919  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>