More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0013 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0010  amidohydrolase  81.65 
 
 		 1066 aa  1832    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0018  amidohydrolase  83.46 
 
 		 1081 aa  1885    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000272228 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2573  amidohydrolase family protein  63.08 
 
 		 1071 aa  1426    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186395  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0017  amidohydrolase  79.79 
 
 		 1049 aa  1782    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0013  amidohydrolase  100 
 
 		 1067 aa  2206    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.137513 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0011  amidohydrolase  80.81 
 
 		 1062 aa  1812    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0016  WD40 domain-containing protein  78.67 
 
 		 445 aa  731    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03499  amidohydrolase  48.51 
 
 		 1111 aa  1063    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0011  amidohydrolase  79.55 
 
 		 1065 aa  1786    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000114616  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0458  amidohydrolase  52.62 
 
 		 1138 aa  1150    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.455594 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0009  amidohydrolase  79.96 
 
 		 1062 aa  1799    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0015  amidohydrolase  82.97 
 
 		 598 aa  1046    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0015  amidohydrolase  81 
 
 		 1062 aa  1816    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000711997 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1901  amidohydrolase  47.32 
 
 		 1084 aa  1009    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1098  amidohydrolase  46.63 
 
 		 1078 aa  1011    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0466  amidohydrolase  49.28 
 
 		 1113 aa  1051    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.83396  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0011  amidohydrolase  80.15 
 
 		 1062 aa  1805    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000193716 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0028  amidohydrolase  79 
 
 		 1062 aa  1774    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.847177  hitchhiker  0.00656795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0011  amidohydrolase  80.24 
 
 		 1062 aa  1806    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0957331 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0009  amidohydrolase  81.04 
 
 		 1060 aa  1833    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1680  amidohydrolase  47.04 
 
 		 1062 aa  1040    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.345185  normal  0.0835555 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0015  amidohydrolase  81.28 
 
 		 1062 aa  1819    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0180602 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0019  amidohydrolase  79.68 
 
 		 1062 aa  1799    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000934915 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0015  amidohydrolase  84.47 
 
 		 1069 aa  1906    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000661642 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1803  amidohydrolase  28.13 
 
 		 1052 aa  392  1e-107  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000234818 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0745  amidohydrolase  26.81 
 
 		 1005 aa  268  5e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19660  periplasmic component of the Tol biopolymer transport system  24.98 
 
 		 1059 aa  243  1e-62  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.26793  hitchhiker  0.00572239 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2230  hypothetical protein  25.89 
 
 		 1042 aa  233  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.752909  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1717  amidohydrolase  25.56 
 
 		 1040 aa  231  7e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.654125  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1644  amidohydrolase  25.31 
 
 		 1042 aa  224  7e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0718903  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1774  amidohydrolase  25.56 
 
 		 1014 aa  223  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0234293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1775  amidohydrolase  24.91 
 
 		 1010 aa  199  2.0000000000000003e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0563559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5049  amidohydrolase  23.62 
 
 		 1031 aa  182  2.9999999999999997e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.424824  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5713  peptidase S41  24.6 
 
 		 1097 aa  106  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0183414 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5176  amidohydrolase  26.1 
 
 		 686 aa  104  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.167618  normal  0.830849 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2825  amidohydrolase  26.68 
 
 		 433 aa  102  3e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.886429  normal  0.061566 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04041  Xaa-Pro dipeptidase family enzyme  25.7 
 
 		 430 aa  102  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3153  peptidase S41  24.26 
 
 		 1090 aa  100  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0971  amidohydrolase 3  25.29 
 
 		 666 aa  99.4  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.59323  normal  0.0406107 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2312  peptidase S41  26.3 
 
 		 1082 aa  99  5e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.481981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1790  amidohydrolase  25.76 
 
 		 440 aa  95.9  3e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0089  tricorn protease  23.34 
 
 		 1084 aa  95.5  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000582269  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2310  peptidase S41  25.74 
 
 		 1067 aa  93.2  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  24.11 
 
 		 717 aa  90.5  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0434  putative secreted hydrolase  24.39 
 
 		 430 aa  90.5  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0618  amidohydrolase  23.99 
 
 		 496 aa  90.1  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.210154 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2224  amidohydrolase  22.97 
 
 		 459 aa  89.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.331693  normal  0.75215 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3782  amidohydrolase  26.24 
 
 		 413 aa  89  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0062486  decreased coverage  0.00131434 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2750  peptidase S41  24.53 
 
 		 1076 aa  89.4  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.956539  normal  0.394913 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2556  amidohydrolase  25.85 
 
 		 483 aa  87.4  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1105  amidohydrolase  23.19 
 
 		 478 aa  87.4  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.310318 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6483  peptidase S41  23.46 
 
 		 1125 aa  86.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3741  amidohydrolase  26.71 
 
 		 413 aa  87  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0189588 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3036  amidohydrolase  24.87 
 
 		 407 aa  85.9  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2093  amidohydrolase  25.36 
 
 		 431 aa  86.3  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.885062  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2365  amidohydrolase  24.63 
 
 		 470 aa  85.1  0.000000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3987  amidohydrolase  24.87 
 
 		 435 aa  84.7  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.589739 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1967  amidohydrolase  23.61 
 
 		 405 aa  84.3  0.00000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0915842 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5294  peptidase S41  23.18 
 
 		 1167 aa  83.6  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1275  amidohydrolase  24.23 
 
 		 415 aa  83.2  0.00000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3741  amidohydrolase  24.13 
 
 		 444 aa  82.8  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0025  tolB protein  33.33 
 
 		 432 aa  82.4  0.00000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0382531  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1597  amidohydrolase  23.9 
 
 		 477 aa  82  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.080388  normal  0.526129 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0926  peptidase S41  21.95 
 
 		 1075 aa  82  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2992  amidohydrolase  24.56 
 
 		 433 aa  81.3  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1915  WD40 domain-containing protein  35.09 
 
 		 567 aa  80.1  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00146751  unclonable  0.0000119274 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1577  serine/threonine protein kinase  26.86 
 
 		 969 aa  80.1  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.713812 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0566  Tol-Pal system beta propeller repeat protein TolB  27.48 
 
 		 428 aa  79.7  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.22163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1984  translocation protein TolB  32.99 
 
 		 426 aa  78.6  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.517365  normal  0.378967 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2206  translocation protein TolB  32.54 
 
 		 427 aa  78.2  0.0000000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00281817 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4277  amidohydrolase  23.68 
 
 		 431 aa  78.2  0.0000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2334  amidohydrolase  21.88 
 
 		 455 aa  78.2  0.0000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.202717 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0303  translocation protein TolB  33.33 
 
 		 403 aa  77.8  0.0000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.307961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2771  amidohydrolase  25.36 
 
 		 413 aa  77.4  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1413  amidohydrolase  23.49 
 
 		 423 aa  77.4  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2609  amidohydrolase  23.93 
 
 		 396 aa  76.6  0.000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0203  WD40 domain-containing protein  31.41 
 
 		 427 aa  76.6  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000381605  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0801  amidohydrolase  22.59 
 
 		 437 aa  77  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4304  amidohydrolase  22.42 
 
 		 470 aa  77  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00030  conserved hypothetical protein  23.22 
 
 		 443 aa  76.3  0.000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.215737 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0975  translocation protein TolB  37.93 
 
 		 445 aa  76.3  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0670772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3211  amidohydrolase  23.61 
 
 		 680 aa  76.3  0.000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.361649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2339  TolB-like protein  32.65 
 
 		 415 aa  75.9  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000041462  normal  0.0677463 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2675  translocation protein TolB  29.83 
 
 		 446 aa  75.5  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.202485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2932  amidohydrolase  23.51 
 
 		 431 aa  75.5  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1279  WD40 domain-containing protein  27.44 
 
 		 428 aa  75.1  0.000000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0769  translocation protein TolB  27.23 
 
 		 431 aa  75.1  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.103724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0800  translocation protein TolB  27.23 
 
 		 431 aa  75.1  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665253  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0694  translocation protein TolB  27.23 
 
 		 431 aa  74.7  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.125399  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6416  beta-propeller repeat-containing to-pal system protein TolB  27.78 
 
 		 362 aa  74.7  0.000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0827  translocation protein TolB  28.39 
 
 		 463 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2081  translocation protein TolB  28.39 
 
 		 433 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3241  translocation protein TolB  28.39 
 
 		 430 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.786429  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3256  translocation protein TolB  28.39 
 
 		 463 aa  74.3  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1949  translocation protein TolB  28.39 
 
 		 433 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2515  amidohydrolase  24.59 
 
 		 426 aa  74.3  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3203  translocation protein TolB  28.39 
 
 		 430 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.95129  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0275  translocation protein TolB  32.03 
 
 		 436 aa  73.9  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00839364  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0677  translocation protein TolB  27.23 
 
 		 431 aa  74.3  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814489  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3323  WD40 domain-containing protein  30.3 
 
 		 435 aa  74.7  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000401957  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>