100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_4455 on replicon NC_009661
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 388 aa  805    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  58.73 
 
 		 439 aa  236  5.0000000000000005e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  29.52 
 
 		 429 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  34.76 
 
 		 427 aa  115  8.999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  32.28 
 
 		 419 aa  112  8.000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  27.75 
 
 		 395 aa  109  7.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  32.18 
 
 		 175 aa  104  3e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4260  hypothetical protein  31.19 
 
 		 287 aa  103  6e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  34.44 
 
 		 393 aa  102  9e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2682  putative restriction endonuclease S subunit  25.49 
 
 		 400 aa  100  5e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.845062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2869  type I restriction-modification system, S subunit  26.34 
 
 		 448 aa  97.8  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0947716  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  27.85 
 
 		 397 aa  85.5  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  24.71 
 
 		 387 aa  83.6  0.000000000000006  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  24.28 
 
 		 415 aa  83.2  0.000000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  24.62 
 
 		 464 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.19 
 
 		 453 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 		 205 aa  80.9  0.00000000000003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  28.72 
 
 		 444 aa  81.3  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0487  restriction modification system DNA specificity subunit  25.45 
 
 		 438 aa  79.7  0.00000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.700794  normal  0.0187002 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  21.72 
 
 		 373 aa  78.6  0.0000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1481  restriction endonuclease S subunits-like protein  23.61 
 
 		 443 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  29.63 
 
 		 415 aa  73.9  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  28.83 
 
 		 351 aa  72.4  0.00000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  22.35 
 
 		 414 aa  72  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1783  restriction modification system DNA specificity subunit  23.52 
 
 		 448 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.311566 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0786  N-6 DNA methylase  25.91 
 
 		 710 aa  71.2  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.798778  normal  0.467887 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2200  type I restriction-modification system specificity subunit  22 
 
 		 461 aa  70.5  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.844306  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  28.7 
 
 		 487 aa  69.3  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0193  type I restriction-modification system specificity determinant  27.34 
 
 		 416 aa  67  0.0000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.311495 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.9 
 
 		 456 aa  65.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  27.19 
 
 		 461 aa  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  25.27 
 
 		 477 aa  64.7  0.000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.4 
 
 		 413 aa  64.7  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  22.16 
 
 		 364 aa  64.7  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  22.48 
 
 		 417 aa  64.3  0.000000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0264  restriction modification system DNA specificity subunit  22.97 
 
 		 407 aa  63.9  0.000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  27.16 
 
 		 419 aa  64.3  0.000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1327  restriction modification system DNA specificity subunit  28.93 
 
 		 431 aa  63.5  0.000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280518 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  26.38 
 
 		 374 aa  63.2  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1536  restriction modification system DNA specificity domain  28.47 
 
 		 364 aa  63.2  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.28 
 
 		 441 aa  63.2  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0005  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.12 
 
 		 378 aa  62.4  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  25.45 
 
 		 453 aa  62.8  0.00000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.05 
 
 		 462 aa  62  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  25 
 
 		 363 aa  62  0.00000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  26.11 
 
 		 416 aa  60.8  0.00000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.3 
 
 		 442 aa  60.1  0.00000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  29.44 
 
 		 446 aa  59.7  0.00000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  26.99 
 
 		 418 aa  59.3  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  26.99 
 
 		 418 aa  59.3  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  27.16 
 
 		 435 aa  58.9  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  24.53 
 
 		 417 aa  58.9  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.16 
 
 		 388 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  25.15 
 
 		 422 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  21.88 
 
 		 413 aa  57.8  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  25 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0959  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.08 
 
 		 442 aa  57.8  0.0000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.53 
 
 		 493 aa  56.6  0.0000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1544  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.35 
 
 		 374 aa  56.6  0.0000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4917  restriction modification system DNA specificity subunit  29.5 
 
 		 412 aa  56.2  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.143388  normal  0.544675 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1366  hypothetical protein  22.99 
 
 		 462 aa  56.6  0.0000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  25.17 
 
 		 363 aa  56.2  0.0000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  23.66 
 
 		 390 aa  56.2  0.0000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  24.78 
 
 		 457 aa  56.2  0.0000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2607  restriction modification system DNA specificity subunit  23.4 
 
 		 462 aa  55.5  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.24 
 
 		 386 aa  54.7  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  21.39 
 
 		 390 aa  54.3  0.000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3571  hypothetical protein  24.21 
 
 		 458 aa  54.3  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  26.29 
 
 		 436 aa  53.1  0.000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  21.91 
 
 		 451 aa  53.1  0.000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0796  restriction modification system DNA specificity domain  21.68 
 
 		 441 aa  52.8  0.000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00343889 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  24 
 
 		 360 aa  52.4  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.97 
 
 		 385 aa  52.8  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  24.74 
 
 		 392 aa  52  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  22.73 
 
 		 428 aa  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1860  type I restriction enzyme, S subunit  21.19 
 
 		 474 aa  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0504746  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  25.64 
 
 		 354 aa  51.2  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0599  type I restriction-modification system, S subunit  23.11 
 
 		 458 aa  51.2  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  25 
 
 		 354 aa  51.2  0.00003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  24.39 
 
 		 477 aa  50.8  0.00004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  21.88 
 
 		 368 aa  50.8  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  22.22 
 
 		 456 aa  50.1  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1791  restriction modification system DNA specificity subunit  24.91 
 
 		 419 aa  49.7  0.00009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.365715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  22.68 
 
 		 364 aa  49.7  0.0001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19070  hypothetical protein  22.44 
 
 		 425 aa  49.3  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0871344 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  28.15 
 
 		 400 aa  49.3  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1954  restriction modification system DNA specificity subunit  28.32 
 
 		 406 aa  49.3  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2698  restriction modification system DNA specificity subunit  24.43 
 
 		 267 aa  48.1  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0854775  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  24.03 
 
 		 413 aa  48.5  0.0002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  23.08 
 
 		 417 aa  48.1  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0333  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 		 371 aa  48.1  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1221  restriction modification system DNA specificity subunit  24.65 
 
 		 463 aa  47.4  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04061  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  29.6 
 
 		 703 aa  45.8  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  21.74 
 
 		 430 aa  46.2  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  24.41 
 
 		 429 aa  45.8  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  17.71 
 
 		 405 aa  46.2  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.31 
 
 		 427 aa  45.1  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0277  hypothetical protein  22.05 
 
 		 474 aa  44.7  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003235  type I restriction-modification system specificity subunit S  24.63 
 
 		 437 aa  44.3  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  22.98 
 
 		 402 aa  43.5  0.006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>