More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_4454 on replicon NC_009661
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010498  EcSMS35_4760  type I restriction-modification system DNA methylase  53.74 
 
 
659 aa  705    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.362482  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2868  type I restriction-modification system DNA methylase  84.44 
 
 
675 aa  1197    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0465984  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4454  N-6 DNA methylase  100 
 
 
675 aa  1393    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0195788  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0604  type I restriction-modification system, M subunit; N-6 adenine-specific DNA methylase  48.14 
 
 
655 aa  568  1e-160  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1155  N-6 DNA methylase  45.44 
 
 
659 aa  562  1.0000000000000001e-159  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0234  N-6 DNA methylase  43.17 
 
 
661 aa  548  1e-154  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0413  N-6 DNA methylase  44.1 
 
 
661 aa  547  1e-154  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.190573  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2608  N-6 DNA methylase  44.1 
 
 
683 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.648611  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1517  N-6 DNA methylase  44.13 
 
 
691 aa  537  1e-151  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.140297 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0075  N-6 DNA methylase  43.66 
 
 
658 aa  532  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2687  N-6 DNA methylase  44.49 
 
 
661 aa  529  1e-149  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.965628  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3984  N-6 DNA methylase  42.54 
 
 
676 aa  518  1e-146  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.604067  normal  0.0238771 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3935  N-6 DNA methylase  42.57 
 
 
676 aa  521  1e-146  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1016  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  41.23 
 
 
680 aa  513  1e-144  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0960  N-6 DNA methylase  42.8 
 
 
670 aa  513  1e-144  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1550  N-6 DNA methylase  43.05 
 
 
673 aa  499  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.677514 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1328  N-6 DNA methylase  38.75 
 
 
806 aa  486  1e-136  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.909053  normal  0.133174 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0795  N-6 DNA methylase  41.19 
 
 
673 aa  483  1e-135  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00364287 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0751  N-6 DNA methylase  41.53 
 
 
686 aa  483  1e-135  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.309292 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2680  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  40.53 
 
 
676 aa  466  9.999999999999999e-131  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.558636  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13670  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  39.97 
 
 
663 aa  466  9.999999999999999e-131  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0684916  normal  0.490543 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1857  N-6 DNA methylase  42.16 
 
 
611 aa  469  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.618647  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4253  N-6 DNA methylase  38.67 
 
 
708 aa  449  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.196682  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3359  N-6 DNA methylase  37.12 
 
 
709 aa  435  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.270263  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2604  N-6 DNA methylase  36.24 
 
 
728 aa  432  1e-120  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.205723  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0488  N-6 DNA methylase  47.53 
 
 
580 aa  429  1e-119  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.19026 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1792  N-6 DNA methylase  36.53 
 
 
725 aa  430  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0174866  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1480  N-6 DNA methylase  46.05 
 
 
777 aa  432  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1060  type I restriction-modification  47.04 
 
 
675 aa  424  1e-117  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000030221  normal  0.0378969 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4916  N-6 DNA methylase  46.25 
 
 
607 aa  419  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.253414  normal  0.660274 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1495  N-6 DNA methylase  39.36 
 
 
661 aa  416  1e-114  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.304059  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0192  N-6 DNA methylase  45.08 
 
 
583 aa  390  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.341004 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22800  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  35.32 
 
 
644 aa  370  1e-101  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.386245 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0276  N-6 DNA methylase  41.7 
 
 
569 aa  365  2e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19060  type I restriction-modification system methyltransferase subunit  42.31 
 
 
586 aa  348  1e-94  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0947092 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4473  N-6 DNA methylase  35.21 
 
 
677 aa  337  5.999999999999999e-91  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.1025 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3570  N-6 DNA methylase  34.86 
 
 
647 aa  331  3e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2941  restriction/modification methyltransferase  31.43 
 
 
783 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0329699 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1861  type I restriction-modification system specificity subunit  33.75 
 
 
710 aa  327  4.0000000000000003e-88  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0263  N-6 DNA methylase  38.93 
 
 
589 aa  326  8.000000000000001e-88  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0641  N-6 DNA methylase  39.96 
 
 
587 aa  325  2e-87  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0776  type I restriction-modification system, M subunit  32.8 
 
 
636 aa  324  3e-87  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0115537  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0657  N-6 DNA methylase  30.34 
 
 
725 aa  322  1.9999999999999998e-86  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3442  N-6 DNA methylase  32.09 
 
 
592 aa  310  5e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal  0.982345 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1367  putative DNA methylase HsdM  31.07 
 
 
793 aa  303  6.000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2177  N-6 DNA methylase  36.67 
 
 
793 aa  300  7e-80  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2269  type I restriction-modification system DNA methylase  37.17 
 
 
763 aa  296  7e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2201  N-6 DNA methylase  36.42 
 
 
778 aa  295  2e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003234  type I restriction-modification system DNA-methyltransferase subunit M  30.82 
 
 
794 aa  294  4e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0278  type I restriction-modification system, M subunit  38.21 
 
 
790 aa  290  7e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0841  hypothetical protein  36.86 
 
 
608 aa  288  2.9999999999999996e-76  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.0027333  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1782  N-6 DNA methylase  35.32 
 
 
829 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.368234 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2227  N-6 DNA methylase  43.8 
 
 
371 aa  279  1e-73  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6258  N-6 DNA methylase  34.4 
 
 
787 aa  272  1e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1222  N-6 DNA methylase  37.27 
 
 
552 aa  264  4.999999999999999e-69  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0768  N-6 DNA methylase  34.69 
 
 
799 aa  260  7e-68  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.161666  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2256  N-6 DNA methylase  39.67 
 
 
316 aa  203  8e-51  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0633793  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1365  N-6 DNA methylase  35.03 
 
 
697 aa  161  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.518057  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3794  type I restriction-modification system, M subunit  27.77 
 
 
574 aa  139  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0103  N-6 DNA methylase  34.11 
 
 
493 aa  138  3.0000000000000003e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2389  type I restriction-modification system, M subunit  28.45 
 
 
574 aa  136  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.48944  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0850  N-6 DNA methylase  27.91 
 
 
496 aa  136  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3981  N-6 DNA methylase  30.24 
 
 
499 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.625863  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2903  Type I restriction-modification system M subunit  27.37 
 
 
574 aa  134  3.9999999999999996e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1792  N-6 adenine-specific DNA methylase  27.43 
 
 
587 aa  134  3.9999999999999996e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3155  N-6 DNA methylase  27.31 
 
 
498 aa  134  6.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0788  type I restriction-modification system, M subunit  28.89 
 
 
523 aa  131  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237272  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0840  type I restriction-modification system, M subunit  28.89 
 
 
508 aa  131  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.10678  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04440  type I restriction-modification system, M subunit  28.73 
 
 
495 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2791  type I restriction-modification system, M subunit  28.34 
 
 
633 aa  129  2.0000000000000002e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4819  N-6 DNA methylase  26.56 
 
 
499 aa  128  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0383  type I restriction-modification system, M subunit  30.74 
 
 
585 aa  127  6e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2599  type I restriction-modification system, M subunit  27.94 
 
 
505 aa  127  8.000000000000001e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0274218  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3178  N-6 DNA methylase  28.47 
 
 
498 aa  126  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0125713  hitchhiker  0.0000000000157011 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0869  N-6 DNA methylase  25.55 
 
 
510 aa  124  5e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3610  N-6 DNA methylase  28.12 
 
 
500 aa  124  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.578876  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4820  N-6 DNA methylase  25.49 
 
 
496 aa  124  6e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0964  N-6 DNA methylase  28.18 
 
 
520 aa  124  7e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.311438  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0826  type I restriction-modification system, M subunit  28.18 
 
 
520 aa  124  7e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.580356  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3609  N-6 DNA methylase  26.08 
 
 
508 aa  123  9e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107088  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2927  type I restriction-modification system, M subunit  26.62 
 
 
504 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3984  N-6 DNA methylase  25.05 
 
 
505 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1672  N-6 DNA methylase  25.47 
 
 
516 aa  122  3e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.179457  hitchhiker  0.001187 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3176  N-6 DNA methylase  26.4 
 
 
503 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00238415  unclonable  0.0000000000000309055 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1211  N-6 DNA methylase  26.5 
 
 
522 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3429  type I restriction-modification system, M subunit  27.45 
 
 
505 aa  120  9e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0306  N-6 DNA methylase  26.87 
 
 
547 aa  119  9.999999999999999e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0895835 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0849  N-6 DNA methylase  28.35 
 
 
492 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1089  N-6 DNA methylase  25.26 
 
 
527 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1644  N-6 DNA methylase  28.14 
 
 
498 aa  118  3e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1159  N-6 DNA methylase  27.84 
 
 
516 aa  118  3.9999999999999997e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000301602  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0286  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  28.44 
 
 
497 aa  117  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4931  type I restriction-modification system, M subunit  25.32 
 
 
539 aa  117  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.748503  normal  0.593383 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0036  type I restriction enzyme  27.51 
 
 
510 aa  117  7.999999999999999e-25  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.27058  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1888  type I restriction-modification system, M subunit  30.77 
 
 
526 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0466  type I restriction-modification system, M subunit  28.88 
 
 
518 aa  116  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3154  Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)  27.07 
 
 
508 aa  117  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0454  type I restriction-modification system, M subunit  28.88 
 
 
518 aa  116  1.0000000000000001e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1895  type I restriction-modification system, M subunit  28.92 
 
 
518 aa  115  2.0000000000000002e-24  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.646372  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0990  type I restriction-modification system, M subunit  24.26 
 
 
501 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.555022  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>