More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_3810 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  99.15 
 
 
585 aa  1198    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  90.6 
 
 
584 aa  1092    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
585 aa  1207    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  99.66 
 
 
585 aa  1202    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  65.62 
 
 
590 aa  755    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  99.49 
 
 
585 aa  1201    Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.78 
 
 
584 aa  1090    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.43 
 
 
583 aa  1067    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.43 
 
 
583 aa  1069    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.34 
 
 
581 aa  824    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  68.36 
 
 
572 aa  799    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  90.26 
 
 
584 aa  1070    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  67.6 
 
 
580 aa  778    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  69.69 
 
 
584 aa  807    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.77 
 
 
590 aa  506  9.999999999999999e-143  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  43.61 
 
 
582 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.73 
 
 
584 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  42.46 
 
 
601 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.63 
 
 
596 aa  450  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  43.54 
 
 
590 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  42.53 
 
 
590 aa  443  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  41.43 
 
 
592 aa  442  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.73 
 
 
632 aa  435  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.54 
 
 
599 aa  404  1e-111  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.33 
 
 
606 aa  393  1e-108  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0495897  normal  0.0419453 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.62 
 
 
605 aa  376  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.32 
 
 
611 aa  357  2.9999999999999997e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.88 
 
 
773 aa  334  3e-90  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1120  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.31 
 
 
637 aa  333  5e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
616 aa  330  4e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.188884 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0426  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.66 
 
 
616 aa  329  7e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.636145 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.68 
 
 
797 aa  327  4.0000000000000003e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4854  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.19 
 
 
594 aa  325  2e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3777  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.19 
 
 
594 aa  325  2e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.22 
 
 
598 aa  323  6e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149487  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3107  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.76 
 
 
610 aa  321  1.9999999999999998e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2453  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 
633 aa  320  3.9999999999999996e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.11 
 
 
883 aa  318  2e-85  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.45 
 
 
786 aa  318  2e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.9 
 
 
612 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  41.77 
 
 
409 aa  315  9.999999999999999e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0151  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.14 
 
 
613 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.435912 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2991  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.66 
 
 
615 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.88 
 
 
753 aa  313  4.999999999999999e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2966  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.27 
 
 
613 aa  311  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.93 
 
 
766 aa  311  2.9999999999999997e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3536  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.22 
 
 
587 aa  311  2.9999999999999997e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220147  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4612  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.22 
 
 
610 aa  310  4e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2881  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.8 
 
 
612 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.457989  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3018  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.76 
 
 
612 aa  310  5.9999999999999995e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140333  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2357  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.14 
 
 
613 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2971  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.14 
 
 
613 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.900441  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.29 
 
 
627 aa  306  1.0000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.590205 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4726  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.46 
 
 
676 aa  284  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0452393  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  53.1 
 
 
379 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  53.41 
 
 
306 aa  277  4e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  52.71 
 
 
357 aa  276  8e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0567  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.01 
 
 
599 aa  243  5e-63  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.75252  normal  0.598217 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.86 
 
 
633 aa  231  2e-59  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  47.9 
 
 
284 aa  231  3e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  30.4 
 
 
603 aa  228  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.74 
 
 
1036 aa  228  2e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1842  EAL domain protein  29.17 
 
 
590 aa  223  9e-57  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.449408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  41.95 
 
 
475 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.58 
 
 
1023 aa  202  9.999999999999999e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  31.87 
 
 
353 aa  188  2e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1388  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.49 
 
 
806 aa  186  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.844108  normal  0.953027 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1514  diguanylate phosphodiesterase  38.36 
 
 
437 aa  169  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000323461  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.75 
 
 
565 aa  167  5.9999999999999996e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.881972  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  36.78 
 
 
351 aa  166  2.0000000000000002e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.02 
 
 
734 aa  164  5.0000000000000005e-39  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4836  putative diguanylate phosphodiesterase  37.61 
 
 
254 aa  159  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.252765  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  35.42 
 
 
362 aa  148  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  35.42 
 
 
360 aa  148  3e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.72 
 
 
594 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.74861  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  35.96 
 
 
254 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  35.42 
 
 
416 aa  141  3e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  34.45 
 
 
413 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  33.48 
 
 
367 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  31.9 
 
 
340 aa  137  6.0000000000000005e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  35.25 
 
 
371 aa  136  9e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  36 
 
 
332 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  33.47 
 
 
352 aa  134  3e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  24.56 
 
 
710 aa  134  6e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0872705  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0776  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.76 
 
 
864 aa  134  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  33.64 
 
 
256 aa  134  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  34.25 
 
 
251 aa  133  9e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  35.65 
 
 
291 aa  131  4.0000000000000003e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  34.48 
 
 
283 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  31.39 
 
 
255 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3864  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.73 
 
 
655 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0549958 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  34.47 
 
 
265 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  33.63 
 
 
266 aa  126  9e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  31.31 
 
 
428 aa  126  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  31.31 
 
 
428 aa  126  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  31.42 
 
 
259 aa  126  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4571  diguanylate phosphodiesterase  33.47 
 
 
447 aa  125  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.300583 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  33.62 
 
 
265 aa  125  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  30.89 
 
 
428 aa  125  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  33.47 
 
 
356 aa  125  2e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>