More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_3688 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
300 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  99.67 
 
 
300 aa  614  1e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  99.33 
 
 
300 aa  612  1e-174  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  99.33 
 
 
300 aa  612  1e-174  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  89 
 
 
302 aa  560  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  84.28 
 
 
300 aa  527  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  85.14 
 
 
300 aa  527  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  84.12 
 
 
300 aa  518  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  71.62 
 
 
299 aa  439  1e-122  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 
301 aa  416  1e-115  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  65.2 
 
 
298 aa  409  1e-113  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  61.36 
 
 
298 aa  389  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  56.66 
 
 
307 aa  345  7e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  42.56 
 
 
309 aa  216  3e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0767  LysR family transcriptional regulator  92.66 
 
 
138 aa  213  3e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  39.6 
 
 
299 aa  211  1e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
301 aa  208  9e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  38.51 
 
 
295 aa  207  2e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 
302 aa  207  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 
305 aa  206  6e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  38.8 
 
 
302 aa  205  7e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  38.8 
 
 
302 aa  205  7e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  5.63268e-08 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
299 aa  205  8e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
299 aa  205  8e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
299 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
299 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
299 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
302 aa  204  1e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 
299 aa  204  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 
299 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 
302 aa  201  8e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 
296 aa  201  9e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
299 aa  200  2e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 
320 aa  199  6e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  35.86 
 
 
335 aa  195  8e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 
314 aa  195  8e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
314 aa  195  9e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 
302 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 
314 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 
307 aa  193  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
302 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
302 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 
314 aa  192  5e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 
306 aa  192  7e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 
302 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.07 
 
 
317 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  39.12 
 
 
306 aa  190  3e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 
320 aa  189  4e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 
309 aa  189  5e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 
306 aa  187  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 
307 aa  187  3e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
307 aa  186  3e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 
308 aa  186  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 
294 aa  185  9e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 
302 aa  185  9e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
297 aa  184  2e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 
298 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 
305 aa  183  4e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 
300 aa  182  5e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5365  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 
303 aa  182  6e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
307 aa  181  1e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 
297 aa  181  1e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
313 aa  180  3e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 
293 aa  179  4e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
294 aa  179  6e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.33 
 
 
307 aa  179  6e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 
303 aa  179  7e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 
347 aa  178  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.18 
 
 
305 aa  177  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  38.62 
 
 
300 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 
320 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
307 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
299 aa  176  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
295 aa  176  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
303 aa  176  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
313 aa  176  5e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0259  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 
330 aa  176  6e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8728  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 
304 aa  174  2e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  32.34 
 
 
302 aa  174  2e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000421  transcriptional regulator  36.43 
 
 
328 aa  173  3e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.423035  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
299 aa  173  3e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4311  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
303 aa  173  4e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
304 aa  173  4e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 
305 aa  172  5e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.4 
 
 
335 aa  172  6e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 
301 aa  172  7e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 
304 aa  171  1e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
294 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 
296 aa  170  3e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4921  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.45 
 
 
291 aa  169  5e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 
318 aa  169  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 
296 aa  168  8e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 
311 aa  168  8e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 
344 aa  168  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  34.84 
 
 
298 aa  168  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
295 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
296 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
334 aa  167  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
310 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
291 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>