122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_3120 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_3120  DNA polymerase III chi subunit HolC  100 
 
 
174 aa  363  1e-100  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  3.77435e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3263  DNA polymerase III chi subunit HolC  98.85 
 
 
174 aa  358  1e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0142385  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3111  DNA polymerase III chi subunit HolC  97.7 
 
 
174 aa  354  3e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00130972  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1256  DNA polymerase III chi subunit HolC  98.2 
 
 
167 aa  343  7e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00560451  hitchhiker  5.80996e-06 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2741  DNA polymerase III chi subunit, HolC  78.03 
 
 
176 aa  281  3e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.464581  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1202  DNA polymerase III chi subunit, HolC  72.46 
 
 
154 aa  251  4e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00117323  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1131  DNA polymerase III chi subunit, HolC  73.05 
 
 
154 aa  251  5e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  9.27432e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1132  DNA polymerase III chi subunit, HolC  72.46 
 
 
154 aa  250  8e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00137495  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3423  DNA polymerase III, chi subunit  70.66 
 
 
154 aa  247  5e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1060  DNA polymerase III chi subunit HolC  68.86 
 
 
156 aa  234  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.559351  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1009  DNA polymerase III chi subunit, HolC  67.66 
 
 
156 aa  234  4e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.153298  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0902  DNA polymerase III chi subunit HolC  66.87 
 
 
163 aa  232  2e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2866  DNA polymerase III chi subunit, HolC  66.05 
 
 
153 aa  223  9e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0418858  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0917  DNA polymerase III chi subunit, HolC  64.2 
 
 
149 aa  210  8e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.741831  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0924  DNA polymerase III chi subunit, HolC  62.58 
 
 
153 aa  205  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.722324  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0791  DNA polymerase III, chi subunit  55.69 
 
 
151 aa  191  7e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0525  DNA polymerase III subunit chi  44.72 
 
 
147 aa  131  5e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.836695  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3558  DNA polymerase III subunit chi  41.52 
 
 
156 aa  126  2e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.967018  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3721  DNA polymerase III subunit chi  47.33 
 
 
149 aa  118  4e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.922024  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3563  DNA polymerase III chi subunit, HolC  44.3 
 
 
156 aa  117  9e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0443  DNA polymerase III subunit chi  44.7 
 
 
149 aa  117  1e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0387  DNA polymerase III subunit chi  46.03 
 
 
149 aa  117  1e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0394  DNA polymerase III chi subunit, HolC  37.2 
 
 
160 aa  115  4e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3649  DNA polymerase III subunit chi  42.52 
 
 
147 aa  111  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.303922 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5780  DNA polymerase III subunit chi  40.94 
 
 
147 aa  110  1e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4739  DNA polymerase III subunit chi  40.94 
 
 
160 aa  110  1e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00452125  normal  0.589357 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3753  DNA polymerase III subunit chi  40.94 
 
 
147 aa  110  1e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.137186  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3680  DNA polymerase III subunit chi  37.13 
 
 
149 aa  110  1e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4046  DNA polymerase III subunit chi  37.13 
 
 
149 aa  110  1e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0101072  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4830  DNA polymerase III subunit chi  40.94 
 
 
147 aa  110  1e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0579073  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4515  DNA polymerase III subunit chi  40.94 
 
 
147 aa  110  1e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000205378  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3544  DNA polymerase III subunit chi  37.13 
 
 
149 aa  110  1e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0256768  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04125  DNA polymerase III subunit chi  40.94 
 
 
147 aa  110  1e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.171112  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04089  hypothetical protein  40.94 
 
 
147 aa  110  1e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.218538  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3738  DNA-directed DNA polymerase  40.94 
 
 
147 aa  110  1e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4822  DNA polymerase III subunit chi  40.94 
 
 
147 aa  110  1e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00375029  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1264  DNA polymerase III subunit chi  43.9 
 
 
147 aa  108  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  4.26106e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2084  DNA polymerase III subunit chi  37.89 
 
 
149 aa  105  3e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.00147e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0739  DNA polymerase III, chi subunit  39.38 
 
 
157 aa  105  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4825  DNA polymerase III subunit chi  40.16 
 
 
147 aa  104  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4732  DNA polymerase III subunit chi  40.16 
 
 
160 aa  104  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8643  normal  0.315665 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4862  DNA polymerase III subunit chi  40.16 
 
 
160 aa  104  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0611412  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4881  DNA polymerase III subunit chi  40.16 
 
 
147 aa  104  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.983564  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4762  DNA polymerase III subunit chi  40.16 
 
 
147 aa  104  6e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0153251  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0561  DNA polymerase III subunit chi  45.05 
 
 
149 aa  102  4e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00441669  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03636  DNA polymerase III subunit chi  41.67 
 
 
150 aa  99  3e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002427  DNA polymerase III chi subunit  41.67 
 
 
150 aa  97.1  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0267935  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0288  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.54 
 
 
143 aa  94.4  8e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.696514  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2685  hypothetical protein  37.9 
 
 
144 aa  94  9e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2557  hypothetical protein  37.9 
 
 
144 aa  93.6  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0286  DNA polymerase III, chi subunit  38.71 
 
 
154 aa  93.2  2e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01577  DNA polymerase III chi subunit  40.68 
 
 
140 aa  91.7  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.167803  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14460  DNA polymerase III subunit chi  32.3 
 
 
142 aa  86.7  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1281  DNA polymerase III subunit chi  32.3 
 
 
142 aa  85.1  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11640  DNA polymerase III subunit chi  31.29 
 
 
142 aa  79.3  2e-14  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0985  DNA polymerase III subunit chi  31.68 
 
 
142 aa  79  3e-14  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4238  DNA polymerase III subunit chi  31.68 
 
 
142 aa  79.3  3e-14  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0979  DNA polymerase III subunit chi  31.06 
 
 
142 aa  75.1  4e-13  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.348384  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1017  DNA polymerase III subunit chi  31.06 
 
 
142 aa  75.1  4e-13  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0579  DNA polymerase III, chi subunit  34.15 
 
 
143 aa  72.8  3e-12  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.706687  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3528  DNA polymerase III, chi subunit  34.43 
 
 
139 aa  72  4e-12  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0021621  normal  0.458218 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2098  DNA polymerase III, chi subunit, putative  28.57 
 
 
152 aa  71.6  5e-12  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02658  DNA polymerase III subunit chi  33.87 
 
 
141 aa  70.9  9e-12  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0988  DNA polymerase III subunit chi  29.7 
 
 
142 aa  70.9  9e-12  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0096  DNA polymerase III subunit chi  31.11 
 
 
141 aa  69.3  2e-11  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0112  DNA polymerase III subunit chi  30.65 
 
 
141 aa  68.2  6e-11  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2141  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.89 
 
 
147 aa  67.8  7e-11  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.595974  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2116  DNA polymerase III chi subunit HolC  26.54 
 
 
139 aa  67  1e-10  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0535  DNA polymerase III subunit chi  30.77 
 
 
141 aa  66.2  2e-10  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.815318 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1270  DNA polymerase III, chi subunit  29.45 
 
 
142 aa  66.6  2e-10  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1090  DNA polymerase III subunit chi  27.45 
 
 
142 aa  65.9  3e-10  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.918741 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0745  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.71 
 
 
140 aa  65.9  3e-10  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.753041  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0682  DNA polymerase III chi subunit, HolC  33.59 
 
 
140 aa  64.7  6e-10  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.237318  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0223  DNA polymerase III, chi subunit  31.67 
 
 
154 aa  63.9  9e-10  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000247187  normal  0.861586 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0557  DNA polymerase III chi subunit, HolC  32.26 
 
 
146 aa  63.9  1e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  8.71716e-05 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2921  DNA polymerase III chi subunit, HolC  24.07 
 
 
150 aa  62.8  3e-09  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171955  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3083  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.78 
 
 
140 aa  62  5e-09  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.176522 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2409  DNA polymerase III subunit chi  30.16 
 
 
145 aa  61.6  5e-09  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.446453  normal  0.54123 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1941  DNA polymerase III, chi subunit  25.98 
 
 
144 aa  60.8  9e-09  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.206934  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3637  DNA polymerase III subunit chi  32.77 
 
 
138 aa  60.8  1e-08  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0985  DNA polymerase III subunit chi  32.77 
 
 
138 aa  60.8  1e-08  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0829  DNA polymerase III subunit chi  31.93 
 
 
138 aa  60.5  1e-08  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.525292  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1858  DNA polymerase III chi subunit HolC  32.08 
 
 
141 aa  59.3  2e-08  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2203  DNA polymerase III, chi subunit  32.08 
 
 
141 aa  59.3  2e-08  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.573  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2731  DNA polymerase III subunit chi  28.91 
 
 
147 aa  57.8  8e-08  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.480255  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2788  DNA polymerase III chi subunit HolC  31.5 
 
 
146 aa  57  1e-07  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2594  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.69 
 
 
145 aa  56.6  2e-07  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0380592 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1371  DNA polymerase III, chi subunit  29.77 
 
 
149 aa  56.6  2e-07  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.217758  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2168  DNA polymerase III subunit chi  26.4 
 
 
146 aa  54.7  7e-07  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0875446 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3540  DNA polymerase III chi subunit HolC  25.81 
 
 
143 aa  54.3  8e-07  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0960  DNA polymerase III chi subunit, HolC  29.37 
 
 
169 aa  52.8  2e-06  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3161  DNA polymerase III chi subunit, HolC  31.2 
 
 
144 aa  52  4e-06  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2675  DNA polymerase III, chi subunit  30.93 
 
 
157 aa  51.6  6e-06  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  8.02789e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1726  DNA polymerase III chi subunit HolC  30.4 
 
 
146 aa  50.8  9e-06  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1378  DNA polymerase III chi subunit HolC  27.59 
 
 
147 aa  50.4  1e-05  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1922  DNA polymerase III chi subunit, HolC  30.4 
 
 
146 aa  50.1  2e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.127132  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1548  DNA polymerase III, chi subunit  29.66 
 
 
138 aa  49.3  3e-05  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2117  DNA polymerase III subunit chi  30.4 
 
 
144 aa  49.3  3e-05  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.520432  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0624  DNA polymerase III chi subunit, HolC  27.52 
 
 
155 aa  48.1  6e-05  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  1.61546e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1177  DNA polymerase III subunit chi  29.47 
 
 
138 aa  47.4  9e-05  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.477479  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>