More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_2613 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_2572  recombination protein RecR  99.5 
 
 
199 aa  401  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.11404e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1771  recombination protein RecR  100 
 
 
199 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  2.64965e-07  hitchhiker  0.0019577 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2688  recombination protein RecR  100 
 
 
199 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  9.59459e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2300  recombination protein RecR  98.99 
 
 
199 aa  400  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  5.70864e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2613  recombination protein RecR  100 
 
 
199 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  9.32221e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2015  recombination protein RecR  97.49 
 
 
199 aa  397  1e-110  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2444  recombination protein RecR  96.98 
 
 
199 aa  396  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.38207e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2324  recombination protein RecR  96.98 
 
 
199 aa  395  1e-109  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  3.82966e-07  hitchhiker  0.000472846 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2252  recombination protein RecR  96.98 
 
 
199 aa  395  1e-109  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  8.11634e-08  normal  0.192346 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1795  recombination protein RecR  89.95 
 
 
199 aa  371  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  4.06464e-08  unclonable  6.71172e-09 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2233  recombination protein RecR  87.94 
 
 
199 aa  363  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  3.24315e-07  hitchhiker  0.000184375 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1525  recombination protein RecR  85.93 
 
 
199 aa  359  1e-98  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.3253  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1427  recombination protein RecR  85.93 
 
 
199 aa  357  5e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  7.10068e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1537  recombination protein RecR  85.93 
 
 
199 aa  357  5e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0998333  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1312  recombination protein RecR  80.9 
 
 
199 aa  338  2e-92  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  5.99572e-06  normal  0.10008 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2850  recombination protein RecR  86.43 
 
 
199 aa  332  2e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  7.09734e-08  hitchhiker  3.47655e-08 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3690  recombination protein RecR  67.86 
 
 
201 aa  292  2e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2272  recombination protein RecR  64.29 
 
 
199 aa  275  3e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0574  recombination protein RecR  63.82 
 
 
200 aa  271  4e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.10882e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1087  recombination protein RecR  63.32 
 
 
200 aa  271  7e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03085  recombination protein RecR  64.92 
 
 
194 aa  270  1e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1078  recombination protein RecR  62.31 
 
 
201 aa  269  2e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00501486  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3233  recombination protein RecR  62.31 
 
 
201 aa  269  3e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00290146  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1021  recombination protein RecR  63.32 
 
 
201 aa  268  6e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.541462  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0591  recombination protein RecR  63.78 
 
 
201 aa  266  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0537  recombination protein RecR  63.78 
 
 
201 aa  266  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.152096  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0547  recombination protein RecR  63.78 
 
 
201 aa  266  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0531  recombination protein RecR  63.78 
 
 
201 aa  266  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0563  recombination protein RecR  62.76 
 
 
201 aa  266  1e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0205035  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3037  recombination protein RecR  62.81 
 
 
201 aa  266  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0404  recombination protein RecR  62.76 
 
 
201 aa  266  1e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00880245  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00423  recombination protein RecR  62.76 
 
 
201 aa  266  1e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0108888  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0510  recombination protein RecR  62.76 
 
 
201 aa  266  1e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00333921  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0549  recombination protein RecR  62.76 
 
 
201 aa  266  1e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0169902  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3138  recombination protein RecR  62.76 
 
 
201 aa  266  1e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00115483  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0515  recombination protein RecR  62.76 
 
 
201 aa  266  1e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0104504  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0531  recombination protein RecR  63.78 
 
 
201 aa  266  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.907674  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3144  recombination protein RecR  62.76 
 
 
201 aa  266  1e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000102552  normal  0.0467861 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1137  recombination protein RecR  63.27 
 
 
201 aa  265  4e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.1524  unclonable  1.60552e-08 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3057  recombination protein RecR  61.31 
 
 
201 aa  264  6e-70  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2891  recombination protein RecR  61.31 
 
 
201 aa  264  6e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.860554  normal  0.0804911 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0952  recombination protein RecR  62.24 
 
 
201 aa  262  3e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.051321  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1308  recombination protein RecR  62.24 
 
 
201 aa  262  3e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  2.65038e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1508  recombination protein RecR  63.78 
 
 
199 aa  256  1e-67  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0537537  normal  0.426443 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3196  recombination protein RecR  61.38 
 
 
191 aa  252  2e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.49485  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1460  recombination protein RecR  61.81 
 
 
203 aa  251  6e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2532  recombination protein RecR  61.42 
 
 
197 aa  247  1e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.200135  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2895  recombination protein RecR  59.3 
 
 
200 aa  246  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134697  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1611  recombination protein RecR  58.79 
 
 
200 aa  242  3e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.315975  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1075  recombination protein RecR  62.18 
 
 
197 aa  240  1e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1337  recombinational DNA repair protein  57.22 
 
 
197 aa  239  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.43328  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44610  recombination protein RecR  61.81 
 
 
198 aa  239  2e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.235567 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3799  recombination protein RecR  61.31 
 
 
198 aa  239  3e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1808  recombination protein RecR  61.5 
 
 
200 aa  238  3e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3396  recombination protein RecR  61 
 
 
200 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0105717  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4267  recombination protein RecR  60.5 
 
 
200 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.106398  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1601  recombination protein RecR  60.5 
 
 
200 aa  236  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.973097  normal  0.137201 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0531  recombination protein RecR  55.44 
 
 
197 aa  234  6e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0553702  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002887  recombination protein RecR  64.5 
 
 
172 aa  234  6e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.86627  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1326  recombination protein RecR  59.69 
 
 
198 aa  234  9e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.787155  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0859  recombination protein RecR  60.1 
 
 
199 aa  233  1e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3585  recombination protein RecR  60 
 
 
200 aa  233  1e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3832  recombination protein RecR  59.5 
 
 
200 aa  232  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.539989 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3638  recombination protein RecR  59.5 
 
 
200 aa  229  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1853  recombination protein RecR  60 
 
 
196 aa  228  3e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.38333 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19850  recombination protein RecR  58.29 
 
 
199 aa  228  5e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2645  recombination protein RecR  57.79 
 
 
199 aa  226  1e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.140151  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02441  recombination protein RecR  57.22 
 
 
197 aa  226  2e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2595  RecR protein  56.19 
 
 
199 aa  225  3e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00242938  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0667  recombination protein RecR  55.56 
 
 
201 aa  223  2e-57  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0773  recombination protein RecR  55.56 
 
 
201 aa  223  2e-57  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0230  recombination protein RecR  56.19 
 
 
201 aa  213  1e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.601647  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1121  recombination protein RecR  53.93 
 
 
198 aa  212  3e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.874704  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1215  recombination protein RecR  53.93 
 
 
198 aa  211  5e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01103  recombination protein RecR  58.14 
 
 
172 aa  210  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1856  recombination protein RecR  54.89 
 
 
199 aa  209  2e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2673  recombination protein RecR  50.53 
 
 
197 aa  209  2e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2804  recombination protein RecR  50.53 
 
 
197 aa  209  2e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0771  recombination protein RecR  50 
 
 
197 aa  208  5e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1574  recombination protein RecR  50.53 
 
 
199 aa  205  4e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.045793  unclonable  1.62046e-07 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0808  recombination protein RecR  54.21 
 
 
199 aa  201  9e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000914779  hitchhiker  1.03011e-06 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0800  recombination protein RecR  50 
 
 
197 aa  198  4e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.924037  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1728  recombination protein RecR  50 
 
 
195 aa  197  1e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  1.87366e-10  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0794  recombination protein RecR  49.47 
 
 
197 aa  196  2e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0617027  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0509  recombination protein RecR  54.08 
 
 
196 aa  194  7e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2110  recombination protein RecR  51.22 
 
 
204 aa  193  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00315118  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2332  recombination protein RecR  53.26 
 
 
196 aa  191  4e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0646  recombination protein RecR  49.48 
 
 
204 aa  191  6e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1921  recombination protein RecR  51.53 
 
 
199 aa  191  7e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1593  recombination protein RecR  51.53 
 
 
199 aa  191  7e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.198008  normal  0.0655144 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0702  recombination protein RecR  49.48 
 
 
204 aa  190  1e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1130  recombination protein RecR  50 
 
 
206 aa  190  1e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.885989  normal  0.90848 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1038  recombination protein RecR  50 
 
 
206 aa  189  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.466344  normal  0.413598 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4901  recombination protein RecR  50.53 
 
 
196 aa  189  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0517  recombination protein RecR  51.3 
 
 
197 aa  189  3e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.592608 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1401  recombination protein RecR  52.46 
 
 
197 aa  188  4e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1509  recombination protein RecR  51.53 
 
 
196 aa  188  5e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2348  recombination protein RecR  51.53 
 
 
196 aa  187  7e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1763  recombination protein RecR  46.94 
 
 
198 aa  186  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0737796  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2359  recombination protein RecR  47.45 
 
 
198 aa  186  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0253642  normal  0.0767451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>