156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_2194 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  100 
 
 		 427 aa  883    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  42.53 
 
 		 393 aa  299  5e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  65.76 
 
 		 419 aa  258  1e-67  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  37.58 
 
 		 413 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  31.77 
 
 		 388 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  29.72 
 
 		 419 aa  151  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  34.22 
 
 		 442 aa  142  9.999999999999999e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  37.2 
 
 		 425 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  29.86 
 
 		 402 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0564  restriction modification system DNA specificity subunit  35.1 
 
 		 415 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00017151  decreased coverage  6.20122e-17 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.62 
 
 		 404 aa  124  3e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  35.76 
 
 		 387 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009661  Shew185_4455  restriction modification system DNA specificity subunit  34.76 
 
 		 388 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.353509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0414  restriction modification system DNA specificity subunit  33.33 
 
 		 439 aa  108  2e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.405933  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  30.3 
 
 		 415 aa  105  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  30.81 
 
 		 397 aa  103  6e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  30.95 
 
 		 456 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  30.51 
 
 		 562 aa  100  7e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  24.47 
 
 		 435 aa  100  7e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  25.79 
 
 		 417 aa  97.8  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  27.69 
 
 		 417 aa  94.7  3e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2743  type I restriction-modification system, S subunit, truncation  30.63 
 
 		 175 aa  90.9  4e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.441032  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1094  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.67 
 
 		 205 aa  90.9  4e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0782363  normal  0.473834 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0808  specificity determinant HsdS-like  30.29 
 
 		 363 aa  90.5  5e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.361917  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  24.52 
 
 		 442 aa  88.2  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  24.55 
 
 		 425 aa  87  5e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.84 
 
 		 493 aa  85.1  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  30.87 
 
 		 373 aa  85.5  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1218  restriction modification system DNA specificity subunit  31.76 
 
 		 351 aa  84.3  0.000000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.67755  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  24.94 
 
 		 453 aa  83.2  0.000000000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1516  restriction modification system DNA specificity subunit  27.84 
 
 		 395 aa  82.4  0.00000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.205219 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4778  restriction modification system DNA specificity subunit  24.84 
 
 		 415 aa  82.8  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.16943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0023  type I restriction-modification system specificity subunit  31.74 
 
 		 411 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.834107  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0031  type I restriction-modification system specificity subunit  31.74 
 
 		 411 aa  81.6  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.404176  normal  0.032892 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.83 
 
 		 438 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  28.94 
 
 		 429 aa  81.6  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2176  restriction modification system DNA specificity subunit  22.26 
 
 		 444 aa  81.6  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.962317  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0500  restriction modification system DNA specificity subunit  22.29 
 
 		 413 aa  80.9  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.565018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  24.82 
 
 		 399 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3768  restriction modification system DNA specificity subunit  25.86 
 
 		 374 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36553  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0987  restriction modification system DNA specificity subunit  25 
 
 		 390 aa  77.8  0.0000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  25.06 
 
 		 433 aa  77  0.0000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  30.14 
 
 		 425 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  19.94 
 
 		 430 aa  76.3  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  25.98 
 
 		 464 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.18 
 
 		 424 aa  75.5  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0878  type I restriction modification system methylase  25.48 
 
 		 424 aa  75.1  0.000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.707045 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  23.72 
 
 		 432 aa  74.7  0.000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3499  restriction modification system DNA specificity subunit  22.25 
 
 		 405 aa  74.3  0.000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.082109 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4810  putative type I restriction-modification system specificity subunit  28.57 
 
 		 360 aa  73.9  0.000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  22.63 
 
 		 420 aa  73.6  0.000000000006  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  26.81 
 
 		 364 aa  73.9  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2016  restriction modification system DNA specificity subunit  28.08 
 
 		 417 aa  73.6  0.000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0839323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4462  restriction modification system DNA specificity subunit  22.77 
 
 		 349 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.22 
 
 		 422 aa  72.8  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  20.3 
 
 		 439 aa  72  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4472  restriction modification system DNA specificity subunit  24.69 
 
 		 415 aa  71.6  0.00000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.270866  normal  0.0902542 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4348  restriction modification system DNA specificity subunit  24.12 
 
 		 363 aa  72  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  23.84 
 
 		 428 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1087  type I restriction-modification system, S subunit  27.78 
 
 		 422 aa  71.2  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.247708  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  50.85 
 
 		 412 aa  69.7  0.00000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1710  restriction modification system DNA specificity subunit  23.3 
 
 		 414 aa  69.3  0.0000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2452  restriction modification system DNA specificity domain-containing protein  26.14 
 
 		 419 aa  69.7  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.587532 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  23.96 
 
 		 416 aa  68.9  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  46.58 
 
 		 411 aa  68.6  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1158  restriction modification system DNA specificity subunit  21.19 
 
 		 454 aa  67.8  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000117149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0277  restriction modification system DNA specificity subunit  21.43 
 
 		 413 aa  67.4  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.57 
 
 		 386 aa  66.6  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0836  type I restriction-modification system S subunit  25.69 
 
 		 416 aa  66.2  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444813  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0842  hypothetical protein  25.73 
 
 		 446 aa  66.2  0.000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.229597  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2785  type I restriction enzyme EcoR124II specificity protein  32.46 
 
 		 121 aa  65.1  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.302167 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0233  restriction modification system DNA specificity subunit  27.98 
 
 		 461 aa  65.1  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0967889  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2415  restriction modification system DNA specificity domain  23.03 
 
 		 418 aa  64.7  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.589349  normal  0.260014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2791  type I restriction-modification system, S subunit  23.03 
 
 		 418 aa  64.7  0.000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  26.25 
 
 		 391 aa  63.9  0.000000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.64 
 
 		 453 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2394  hypothetical protein  37.5 
 
 		 87 aa  62  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  28.44 
 
 		 401 aa  62  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.26 
 
 		 457 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.87 
 
 		 423 aa  61.2  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  24.18 
 
 		 392 aa  61.2  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  24.62 
 
 		 400 aa  61.2  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1015  hypothetical protein  24.39 
 
 		 477 aa  61.2  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2621  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.16 
 
 		 400 aa  60.8  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3352  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  23.98 
 
 		 303 aa  60.8  0.00000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000513186  normal  0.0100815 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1064  type I restriction-modification  23.95 
 
 		 453 aa  60.5  0.00000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00000898872  normal  0.027841 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  24.55 
 
 		 423 aa  60.1  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  23.35 
 
 		 429 aa  59.7  0.00000009  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  25 
 
 		 413 aa  59.7  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  24.82 
 
 		 383 aa  59.3  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1132  restriction modification system DNA specificity subunit  26.2 
 
 		 556 aa  57.8  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.817215  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12768  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS.1  33.33 
 
 		 91 aa  58.2  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12774  type I restriction/modification system specificity determinant hsdS  23.74 
 
 		 364 aa  58.2  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 		 462 aa  58.2  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3953  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.96 
 
 		 413 aa  57.8  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  20.54 
 
 		 433 aa  57.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  26.4 
 
 		 477 aa  57.8  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2926  restriction modification system DNA specificity subunit  25.07 
 
 		 434 aa  57.4  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3351  type I site-specific deoxyribonuclease S subunit  25.66 
 
 		 354 aa  56.6  0.0000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00146581  normal  0.0102246 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  27.73 
 
 		 456 aa  55.1  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>