More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_2013 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_2013  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
312 aa  645  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  2.07825e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2061  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 
312 aa  642  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  2.70616e-06  decreased coverage  0.000108776 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1998  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 
312 aa  643  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.76986e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2325  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
302 aa  619  1e-176  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.6984e-09  decreased coverage  2.96427e-05 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2159  LysR family transcriptional regulator  91.92 
 
 
304 aa  544  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.06739e-08  normal  0.0959224 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2236  LysR family transcriptional regulator  91.92 
 
 
304 aa  544  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.56139e-06  normal  0.533815 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2367  LysR family transcriptional regulator  91.92 
 
 
299 aa  541  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.94831e-07  normal  0.0193468 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2561  LysR family transcriptional regulator  91.58 
 
 
299 aa  541  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1778  LysR family transcriptional regulator  90.91 
 
 
298 aa  540  1e-152  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.81213e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2609  LysR family transcriptional regulator  70.23 
 
 
299 aa  441  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.41724e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2404  LysR family transcriptional regulator  71.53 
 
 
298 aa  442  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  6.53141e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1991  LysR family transcriptional regulator  69.36 
 
 
298 aa  439  1e-122  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.89116e-07  hitchhiker  1.79151e-06 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1882  LysR family transcriptional regulator  65.88 
 
 
302 aa  406  1e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0108244  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0726  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
308 aa  211  1e-53  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.414898  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 
308 aa  208  1e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  39.87 
 
 
308 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.87 
 
 
308 aa  207  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  41 
 
 
308 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 
308 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
308 aa  203  3e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  4.18584e-09 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
308 aa  201  1e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  1.62423e-05 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 
308 aa  199  4e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 
296 aa  199  7e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0678  HTH-type transciptional regulator, LysR-family  38.91 
 
 
291 aa  197  1e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0849029  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
308 aa  197  1e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 
308 aa  196  4e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 
308 aa  193  3e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.33 
 
 
286 aa  191  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.29 
 
 
293 aa  189  5e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.29 
 
 
293 aa  189  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.29 
 
 
293 aa  189  5e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.29 
 
 
293 aa  189  5e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  37.29 
 
 
293 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  37.29 
 
 
293 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.95 
 
 
293 aa  189  8e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.33 
 
 
292 aa  187  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3225  putative DNA-binding transcriptional regulator  37.93 
 
 
291 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  4.54466e-06 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0812  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
298 aa  186  3e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1535  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.23 
 
 
290 aa  185  7e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0934769  normal  0.198722 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2754  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.23 
 
 
290 aa  185  7e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.810251  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2672  putative DNA-binding transcriptional regulator  38.23 
 
 
290 aa  185  7e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38480  FinR, transcriptional regulator, LysR-family  39.04 
 
 
308 aa  185  8e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6168  putative transcriptional regulator  38.14 
 
 
296 aa  184  2e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.220915  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.39 
 
 
290 aa  182  7e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.27 
 
 
287 aa  182  8e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.27 
 
 
287 aa  182  8e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.27 
 
 
287 aa  182  8e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.27 
 
 
287 aa  182  8e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.27 
 
 
287 aa  182  8e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71090  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
297 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.05 
 
 
290 aa  180  3e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2680  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 
308 aa  179  6e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.578382  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1537  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 
307 aa  177  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  7.01673e-10  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0657  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 
297 aa  177  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0325779  normal  0.831688 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3384  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 
295 aa  177  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.478481  normal  0.271127 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2818  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 
304 aa  176  6e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246785  normal  0.200278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2307  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 
304 aa  176  6e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.870686  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2588  transcriptional regulator, LysR family protein  32.18 
 
 
293 aa  174  1e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 
296 aa  172  6e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2758  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.27 
 
 
288 aa  172  9e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  37.07 
 
 
294 aa  170  3e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3312  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.74 
 
 
317 aa  169  5e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.404557 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1501  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 
268 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  2.05194e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1491  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.33 
 
 
268 aa  167  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  6.96654e-06  normal  0.0147604 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002681  transcriptional regulator LysR family  34.58 
 
 
308 aa  167  3e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  9.51441e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1857  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
301 aa  166  4e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.110484  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1907  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
304 aa  166  6e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4612  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 
298 aa  164  2e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.681307  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0861  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 
325 aa  164  2e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.278142  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1478  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36 
 
 
347 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.17 
 
 
296 aa  163  4e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03305  transcriptional regulator  34.24 
 
 
305 aa  162  5e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2531  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
300 aa  162  6e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0783  transcriptional regulator, LysR family protein  34.88 
 
 
300 aa  162  8e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5712  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
301 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1110  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  36 
 
 
306 aa  161  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  4.88361e-06  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3997  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 
323 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.256903  normal  0.0346423 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3816  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 
313 aa  160  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0677379  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 
296 aa  160  3e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3540  transcriptional regulator, LysR family  35.05 
 
 
317 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2495  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.67 
 
 
292 aa  157  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.197012  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2180  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
297 aa  156  4e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000148525  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
296 aa  155  7e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000192  transcriptional regulator LysR family  36.19 
 
 
301 aa  154  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0226889  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2242  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.02 
 
 
303 aa  152  5e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05922  transcriptional regulator  35.82 
 
 
324 aa  152  8e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0475  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
301 aa  151  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.11111e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 
294 aa  150  2e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
301 aa  150  3e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2284  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 
305 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.471609  hitchhiker  0.00164938 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0953  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 
311 aa  149  9e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0145345  decreased coverage  0.00704929 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1050  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 
308 aa  148  9e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0198617  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  34.48 
 
 
308 aa  148  1e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2469  transcriptional regulator, LysR family protein  32.36 
 
 
297 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.101022  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5196  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 
308 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1501  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 
304 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2973  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
300 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1902  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
292 aa  142  7e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
311 aa  142  8e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2879  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
301 aa  141  1e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417764 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>