More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_1944 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_2046  fumarase  66.28 
 
 
544 aa  711  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.519105  normal  0.0269276 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1941  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  68.2 
 
 
507 aa  726  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.757012  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2124  fumarase  95.91 
 
 
514 aa  1022  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00166655  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2200  fumarase  95.72 
 
 
514 aa  1021  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000257918  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2412  fumarase  68.94 
 
 
505 aa  709  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2772  hitchhiker  0.00265911 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2156  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  90.26 
 
 
525 aa  955  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00566715  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2233  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  68.4 
 
 
507 aa  723  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.102224  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56300  putative fumarase  70.24 
 
 
507 aa  747  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2194  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  68.4 
 
 
507 aa  722  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3265  fumarase  70.04 
 
 
507 aa  742  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1628  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  80.24 
 
 
509 aa  857  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00231354  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1000  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  66.21 
 
 
530 aa  711  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.362033  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1347  fumarate hydratase class I  78 
 
 
514 aa  827  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3136  fumarase  68.4 
 
 
520 aa  721  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.119324  normal  0.0284437 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1912  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  90.18 
 
 
520 aa  960  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00626493  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6119  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  63.73 
 
 
503 aa  660  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.244405 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1834  fumarase  69.6 
 
 
501 aa  742  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2273  fumarase  66.6 
 
 
521 aa  711  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0060992  hitchhiker  0.00178376 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0922  putative fumarate hydratase, class I  78.49 
 
 
505 aa  843  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.673761  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2742  fumarase  69.94 
 
 
503 aa  744  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.993892 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0374  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  64.6 
 
 
507 aa  677  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.695152 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5883  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  68.4 
 
 
507 aa  722  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1807  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  98.05 
 
 
514 aa  1037  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.76314e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0348  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  75.99 
 
 
502 aa  808  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2302  fumarase  96.11 
 
 
514 aa  1023  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00101336  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3214  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  64.57 
 
 
516 aa  682  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.942506  normal  0.799174 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1382  fumarase  66.6 
 
 
507 aa  707  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1085  tartrate/fumarate family Fe-S type hydro-lyase  67.86 
 
 
511 aa  716  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00655  fumarate hydratase  68.61 
 
 
505 aa  724  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0444664  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1253  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  67.27 
 
 
503 aa  686  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00657617 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1904  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  89.78 
 
 
507 aa  941  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  3.38526e-05 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2058  tartrate/fumarate family Fe-S type hydro-lyase  67.86 
 
 
511 aa  716  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1918  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  99.81 
 
 
514 aa  1056  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000105288  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0624  fumarate hydratase, class I  67.86 
 
 
511 aa  716  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0793  tartrate/fumarate family Fe-S type hydro-lyase  67.86 
 
 
511 aa  716  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1056  fumarase  66.01 
 
 
546 aa  705  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2883  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  66.4 
 
 
516 aa  705  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.234305 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01949  fumarate hydratase, class I  81.75 
 
 
509 aa  865  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0117439  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1139  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  70.72 
 
 
507 aa  718  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1413  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  68.6 
 
 
507 aa  722  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0515679  normal  0.0934254 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1688  fumarate hydratase, class I, anaerobic, putative  91.83 
 
 
511 aa  982  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.890171  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1977  fumarate hydratase  75.6 
 
 
512 aa  798  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.146696  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2035  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  70.16 
 
 
504 aa  747  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.19234  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2102  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  67.8 
 
 
507 aa  718  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.228521  normal  0.564936 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2655  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  68.01 
 
 
505 aa  714  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.226929  normal  0.206098 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1489  fumarase  64.65 
 
 
519 aa  691  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0914296  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0527  fumarate hydratase, class I  67.86 
 
 
511 aa  716  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2375  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  99.81 
 
 
514 aa  1056  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0191721  normal  0.43725 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2222  fumarate hydratase, class I, anaerobic, putative  96.5 
 
 
516 aa  1025  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4339  fumarate hydratase, class I, putative  70.83 
 
 
507 aa  750  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2334  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  72.55 
 
 
505 aa  758  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  4.49013e-05  normal  0.0431842 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2038  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  89.76 
 
 
506 aa  942  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00475801  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1000  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  70.83 
 
 
507 aa  751  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  2.13492e-09 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1797  tartrate/fumarate family Fe-S type hydro-lyase  67.86 
 
 
511 aa  716  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4031  Fe-S type hydro-lyase tartrate/fumarate alpha region:Fe-S type hydro-lyase tartrate/fumarate beta region  71.03 
 
 
507 aa  752  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00228691 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1627  fumarase  66.6 
 
 
510 aa  693  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.940644  normal  0.375003 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2232  fumarase  68.8 
 
 
507 aa  728  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.476859  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4902  fumarate hydratase, class I  70.04 
 
 
507 aa  746  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3613  putative fumarate hydratase, class I  76.74 
 
 
507 aa  810  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.985356  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1944  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  100 
 
 
514 aa  1058  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  1.79497e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2358  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  87.7 
 
 
512 aa  936  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00973196  hitchhiker  0.00100585 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1951  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  100 
 
 
514 aa  1058  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00384337  normal  0.587051 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2654  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  64.51 
 
 
517 aa  696  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0657589  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003161  fumarate hydratase class I aerobic  79.76 
 
 
505 aa  858  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01915  fumarate hydratase, class I  79.17 
 
 
509 aa  848  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0897  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  70.44 
 
 
507 aa  750  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.728674  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1082  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  68.6 
 
 
507 aa  728  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4454  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  70.83 
 
 
507 aa  751  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00115261 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1955  fumarate hydratase protein  67.4 
 
 
507 aa  717  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.728356  normal  0.488035 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2227  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  89.07 
 
 
504 aa  943  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00238187  hitchhiker  0.00748664 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1936  tartrate/fumarate family Fe-S type hydro-lyase  67.86 
 
 
511 aa  716  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4452  fumarase  70.44 
 
 
507 aa  748  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.160872  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3065  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  65.74 
 
 
508 aa  702  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.998246 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0755  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  69.46 
 
 
507 aa  703  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2020  tartrate/fumarate family Fe-S type hydro-lyase  67.86 
 
 
511 aa  717  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.244289  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2112  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  68.4 
 
 
507 aa  722  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0775918  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0188  fumarase  64.66 
 
 
507 aa  681  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2653  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  68.25 
 
 
510 aa  701  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2583  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha protein  66.01 
 
 
516 aa  709  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.604027  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0888  fumarase  68.86 
 
 
506 aa  721  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  1.00222e-08  decreased coverage  1.42387e-07 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1109  fumarate hydratase  66.01 
 
 
530 aa  710  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00489868  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4672  fumarase  67.53 
 
 
507 aa  713  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0151007  normal  0.629032 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1918  fumarase  68.38 
 
 
542 aa  733  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5523  fumarase  68.8 
 
 
507 aa  726  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.209704  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2219  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  68.8 
 
 
507 aa  726  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00489886  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1778  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  67.06 
 
 
511 aa  711  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0936  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  70.44 
 
 
507 aa  750  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38440  fumarate hydratase, class I  71.34 
 
 
503 aa  748  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0974  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  66.01 
 
 
519 aa  706  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0854287  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2518  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, alpha subunit  65.29 
 
 
517 aa  699  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.369793  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1360  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  59 
 
 
522 aa  620  1e-176  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4119  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase alpha subunit  60.69 
 
 
501 aa  611  1e-174  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.240662  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0056  fumarase  54.66 
 
 
502 aa  573  1e-162  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1426  hydro-lyase  56.6 
 
 
504 aa  568  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.74194 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1708  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  33.11 
 
 
551 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1533  tartrate/fumarate subfamily Fe-S type hydro-lyase beta subunit  32.89 
 
 
551 aa  209  8e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.639003 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5483  fumarase  32.9 
 
 
551 aa  202  9e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4397  hydro-lyase, Fe-S type, tartrate/fumarate subfamily, beta subunit  32.68 
 
 
551 aa  202  9e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.617771  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0623  fumarate hydratase  39.31 
 
 
281 aa  202  9e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000355042  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2068  fumarase  31.21 
 
 
540 aa  199  1e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>