63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_1838 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  100 
 
 
315 aa  652  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  99.05 
 
 
315 aa  649  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  97.78 
 
 
315 aa  597  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  95.85 
 
 
309 aa  580  1e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  68.31 
 
 
302 aa  418  1e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  68.66 
 
 
302 aa  418  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  64.17 
 
 
304 aa  407  1e-113  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  72.45 
 
 
309 aa  402  1e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  64.43 
 
 
311 aa  397  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  58.5 
 
 
288 aa  305  7e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  50.69 
 
 
291 aa  301  1e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  53.78 
 
 
281 aa  286  3e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  49.46 
 
 
282 aa  273  2e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  51.17 
 
 
270 aa  272  4e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  50.78 
 
 
292 aa  264  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  49.62 
 
 
279 aa  261  1e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  47.73 
 
 
306 aa  261  1e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  46.64 
 
 
295 aa  259  3e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  45.96 
 
 
295 aa  256  3e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  48.18 
 
 
279 aa  255  5e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  48 
 
 
282 aa  255  5e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  49.25 
 
 
303 aa  251  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  50.39 
 
 
290 aa  249  5e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  47.04 
 
 
279 aa  247  2e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  49.59 
 
 
337 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  44.37 
 
 
317 aa  240  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  47.74 
 
 
283 aa  239  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  45.11 
 
 
306 aa  238  8e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  43.24 
 
 
298 aa  231  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  44 
 
 
279 aa  229  6e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  43.92 
 
 
298 aa  228  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  39.93 
 
 
281 aa  226  3e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  44.32 
 
 
282 aa  226  3e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  44.83 
 
 
326 aa  222  7e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  45.21 
 
 
375 aa  221  1e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  39.38 
 
 
284 aa  218  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  39.72 
 
 
312 aa  218  1e-55  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  41.67 
 
 
272 aa  217  2e-55  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  2.50691e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  39.49 
 
 
282 aa  216  6e-55  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  1.83031e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  39.49 
 
 
282 aa  215  8e-55  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  39.13 
 
 
282 aa  214  1e-54  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  40.86 
 
 
269 aa  211  2e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  40.39 
 
 
272 aa  205  1e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  38.06 
 
 
275 aa  201  1e-50  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  39.93 
 
 
266 aa  199  7e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  37.73 
 
 
271 aa  197  2e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  39.92 
 
 
302 aa  196  6e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  35.36 
 
 
275 aa  167  2e-40  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  26.62 
 
 
306 aa  57.4  3e-07  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0294  ATP-dependent DNA ligase  27.04 
 
 
845 aa  50.8  3e-05  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  24.9 
 
 
825 aa  47.4  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  3.59668e-09 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  26.11 
 
 
828 aa  47.4  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  30.86 
 
 
412 aa  47.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  32.53 
 
 
437 aa  45.8  0.0008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  28.19 
 
 
882 aa  45.8  0.0009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  31.33 
 
 
437 aa  45.4  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  26.28 
 
 
831 aa  44.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  28.32 
 
 
833 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  28.92 
 
 
437 aa  43.9  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_81859  DNA ligase IV  24.07 
 
 
939 aa  43.5  0.005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  26.59 
 
 
833 aa  42.7  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  28.32 
 
 
864 aa  43.1  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  35.53 
 
 
321 aa  42.4  0.009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>