More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_23450 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013170  Ccur_09220  topoisomerase IA  67.16 
 
 
834 aa  1112  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.143894  normal  0.0154062 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1093  DNA topoisomerase type IA central domain protein  61.15 
 
 
837 aa  1020  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1139  DNA topoisomerase type IA central domain protein  74.07 
 
 
849 aa  1218  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.395203 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23450  topoisomerase IA  100 
 
 
837 aa  1731  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000217154  decreased coverage  2.85044e-08 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1964  DNA topoisomerase I  44.12 
 
 
702 aa  560  1e-158  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2410  DNA topoisomerase I  40.92 
 
 
771 aa  524  1e-147  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.11035 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0335  DNA topoisomerase I  38.98 
 
 
747 aa  524  1e-147  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0095  DNA topoisomerase I  41.17 
 
 
743 aa  521  1e-146  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  3.17173e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0595  DNA topoisomerase I  40.42 
 
 
744 aa  520  1e-146  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2731  DNA topoisomerase I  35.99 
 
 
844 aa  515  1e-144  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.186723  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0259  DNA topoisomerase type IA central domain protein  37.23 
 
 
864 aa  514  1e-144  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1458  DNA topoisomerase I  36.19 
 
 
827 aa  511  1e-143  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2461  DNA topoisomerase  35.37 
 
 
843 aa  503  1e-141  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0770  DNA topoisomerase  40.2 
 
 
931 aa  500  1e-140  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0112956  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3010  DNA topoisomerase I  35.06 
 
 
863 aa  499  1e-139  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1011  DNA topoisomerase  39.8 
 
 
931 aa  486  1e-136  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0783808  normal  0.0479859 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0859  DNA topoisomerase  38.68 
 
 
942 aa  468  1e-130  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.293507  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1299  DNA topoisomerase type IA central domain protein  37.65 
 
 
938 aa  461  1e-128  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.596273  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1139  hypothetical protein  37.32 
 
 
935 aa  446  1e-124  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2128  DNA topoisomerase, type I  31.09 
 
 
855 aa  373  1e-102  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.572238 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0705  DNA topoisomerase  30.39 
 
 
780 aa  364  3e-99  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0203  DNA topoisomerase I  30.92 
 
 
814 aa  345  3e-93  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.698596 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0781  DNA topoisomerase I  31.16 
 
 
812 aa  341  3e-92  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.935548  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0158  DNA topoisomerase I  30.21 
 
 
817 aa  337  8e-91  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.087887  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1699  DNA topoisomerase I  30.94 
 
 
814 aa  336  1e-90  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0026  DNA topoisomerase I  29.3 
 
 
853 aa  333  7e-90  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1359  DNA topoisomerase  32.15 
 
 
602 aa  298  2e-79  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.013738 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1735  DNA topoisomerase type IA central domain-containing protein  31.27 
 
 
604 aa  291  3e-77  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.718005  hitchhiker  0.000823973 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0885  DNA topoisomerase  31.83 
 
 
631 aa  281  3e-74  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0843416  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0392  DNA topoisomerase  30.57 
 
 
604 aa  276  8e-73  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.225119  normal  0.175863 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0109  DNA topoisomerase type IA central domain-containing protein  31.6 
 
 
610 aa  267  7e-70  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  decreased coverage  6.81889e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1115  DNA topoisomerase  31.53 
 
 
596 aa  267  8e-70  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009360  OSTLU_32265  predicted protein  27.72 
 
 
863 aa  238  4e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.142978  normal  0.982566 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0752  DNA topoisomerase III  30.35 
 
 
701 aa  236  1e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0611429  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2100  DNA topoisomerase I  29.22 
 
 
765 aa  233  8e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.000378679  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0171  DNA topoisomerase I  28.99 
 
 
743 aa  232  2e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0011  DNA topoisomerase I  27.77 
 
 
760 aa  231  3e-59  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0015  DNA topoisomerase I  28.46 
 
 
851 aa  231  5e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0016  DNA topoisomerase I  28.46 
 
 
851 aa  231  5e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.954343  normal  0.0614036 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0086  DNA topoisomerase I  29.09 
 
 
765 aa  229  1e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  4.3689e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2839  DNA topoisomerase I  29.21 
 
 
768 aa  228  2e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0891  DNA topoisomerase I  28.91 
 
 
758 aa  227  8e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  5.70299e-09  decreased coverage  1.1513e-16 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2792  DNA topoisomerase I  26.28 
 
 
831 aa  226  1e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0208029  n/a   
 
 
-
 
NC_011669  PHATRDRAFT_8810  DNA topoisomerase  28.69 
 
 
868 aa  226  1e-57  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.917921  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2549  DNA topoisomerase I  29.6 
 
 
757 aa  225  2e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0550694  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2699  DNA topoisomerase  26.34 
 
 
831 aa  226  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.737668  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2069  DNA topoisomerase I  28.47 
 
 
758 aa  225  2e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2885  DNA topoisomerase I  26.02 
 
 
831 aa  225  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.106774  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3266  DNA topoisomerase I  29.3 
 
 
758 aa  225  3e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  8.37338e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1984  DNA topoisomerase I  28.16 
 
 
710 aa  225  3e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.073944  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07540  DNA topoisomerase I  27.58 
 
 
691 aa  225  3e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00641456  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0106  DNA topoisomerase I  27.7 
 
 
747 aa  224  4e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0083  DNA topoisomerase I  26.29 
 
 
751 aa  220  9e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2741  DNA topoisomerase I  27.19 
 
 
746 aa  219  1e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.123661  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3689  DNA topoisomerase I  28.51 
 
 
756 aa  217  6e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  3.24271e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1655  DNA topoisomerase I  28.51 
 
 
869 aa  217  8e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.967668  normal  0.788315 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1853  DNA topoisomerase III  29.98 
 
 
695 aa  216  1e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.989434  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2230  DNA topoisomerase I  31.2 
 
 
694 aa  216  1e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1889  DNA topoisomerase I  28.33 
 
 
668 aa  216  2e-54  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.806156  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2520  DNA topoisomerase III  31.71 
 
 
697 aa  215  3e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3603  DNA topoisomerase I  28.38 
 
 
869 aa  215  3e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0171104  normal  0.313127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2139  DNA topoisomerase I  28.38 
 
 
869 aa  215  3e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.124713 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1679  DNA topoisomerase I  28.46 
 
 
869 aa  214  4e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.229175 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2463  DNA topoisomerase I  28.9 
 
 
804 aa  214  6e-54  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1381  DNA topoisomerase I  27.83 
 
 
696 aa  213  1e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25110  DNA topoisomerase I  28.91 
 
 
868 aa  212  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2148  DNA topoisomerase I  28.76 
 
 
868 aa  212  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2693  DNA topoisomerase I  26.17 
 
 
813 aa  213  2e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.305019  normal  0.0402807 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4389  DNA topoisomerase I  27.76 
 
 
793 aa  211  4e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00166014  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2073  DNA topoisomerase I  28.03 
 
 
802 aa  211  7e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1430  DNA topoisomerase I  26.93 
 
 
789 aa  209  1e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000308935  decreased coverage  0.00155997 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14470  DNA topoisomerase I  29.46 
 
 
868 aa  209  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2842  DNA topoisomerase I  27.78 
 
 
798 aa  209  2e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0916  DNA topoisomerase I  27.89 
 
 
693 aa  208  3e-52  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.000916095  hitchhiker  0.000814664 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1615  DNA topoisomerase I  28.07 
 
 
836 aa  208  4e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.830191  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2522  DNA topoisomerase I  29.14 
 
 
759 aa  207  5e-52  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3876  DNA topoisomerase I  30.17 
 
 
876 aa  207  7e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.198302  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0010  DNA topoisomerase I  29.56 
 
 
857 aa  206  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.301606 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1583  DNA topoisomerase I  27.8 
 
 
868 aa  206  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.590699 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47417  predicted protein  26.44 
 
 
1009 aa  206  2e-51  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.143888  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1803  DNA topoisomerase III  29.6 
 
 
754 aa  206  2e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2624  DNA topoisomerase III  32.18 
 
 
718 aa  206  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2658  DNA topoisomerase I  27.99 
 
 
859 aa  206  2e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00218044  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1767  DNA topoisomerase III  28.85 
 
 
714 aa  205  3e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.181202  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2652  DNA topoisomerase I  29.14 
 
 
759 aa  205  3e-51  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1289  DNA topoisomerase I  27.77 
 
 
684 aa  204  4e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.781177  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003948  DNA topoisomerase I  28.61 
 
 
876 aa  204  4e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0644345  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1700  DNA topoisomerase I  28.2 
 
 
693 aa  204  5e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00616947  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0075  DNA topoisomerase I  28.71 
 
 
798 aa  204  5e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1383  DNA topoisomerase I  28.38 
 
 
865 aa  204  6e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01260  hypothetical protein  28.38 
 
 
865 aa  204  6e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.742047  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2354  DNA topoisomerase I  28.38 
 
 
865 aa  204  6e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.01053  unclonable  4.72675e-08 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01250  DNA topoisomerase I  28.38 
 
 
865 aa  204  6e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.856005  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2375  DNA topoisomerase I  28.38 
 
 
865 aa  204  6e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000189026  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01574  DNA topoisomerase I  27.92 
 
 
876 aa  204  7e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0393  DNA topoisomerase I  29.98 
 
 
884 aa  204  7e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  9.25228e-07  unclonable  1.3775e-09 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0406  DNA topoisomerase I  27.36 
 
 
841 aa  204  7e-51  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.064646  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1164  DNA topoisomerase I  27.9 
 
 
879 aa  204  7e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144967  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2296  DNA topoisomerase I  28.46 
 
 
704 aa  204  8e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1498  DNA topoisomerase I  28.13 
 
 
865 aa  204  8e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>