More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_15200 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  100 
 
 
197 aa  402  1e-111  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  2.8162e-05  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1233  translation initiation factor IF-3  83.62 
 
 
198 aa  311  5e-84  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  1.35112e-07  normal  0.0984034 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  78.45 
 
 
207 aa  299  1e-80  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  1.88671e-05  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0522  translation initiation factor IF-3  65.85 
 
 
193 aa  240  9e-63  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  6.92532e-08  hitchhiker  5.79185e-07 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  57.06 
 
 
225 aa  209  2e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6087  Translation initiation factor 3 (IF-3)-like protein  54.34 
 
 
222 aa  206  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.897729  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4144  translation initiation factor IF-3  57.32 
 
 
227 aa  204  6e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0415962  hitchhiker  0.000102893 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3039  translation initiation factor IF-3  52.97 
 
 
212 aa  201  4e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.271102  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  56.63 
 
 
205 aa  201  7e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5483  translation initiation factor IF-3  53.11 
 
 
250 aa  200  1e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195942  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2042  translation initiation factor IF-3  52.78 
 
 
199 aa  199  2e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0708817  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5473  translation initiation factor IF-3  53.45 
 
 
204 aa  198  4e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3169  translation initiation factor IF-3  54.55 
 
 
277 aa  197  6e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2981  translation initiation factor 3  50.27 
 
 
238 aa  197  6e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3025  translation initiation factor 3  50.27 
 
 
238 aa  197  6e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.335133 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2996  translation initiation factor 3  50.27 
 
 
238 aa  197  7e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171641  normal  0.0309942 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2459  translation initiation factor 3  54.02 
 
 
243 aa  197  9e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1316  translation initiation factor IF-3  50.27 
 
 
351 aa  197  1e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3622  translation initiation factor IF-3  56.79 
 
 
357 aa  197  1e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0913675  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3071  translation initiation factor IF-3  57.52 
 
 
182 aa  196  2e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.427548  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1477  translation initiation factor 3  53.33 
 
 
396 aa  196  2e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0613769  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3052  translation initiation factor IF-3  56.52 
 
 
182 aa  196  2e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  55.49 
 
 
202 aa  196  2e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  55.28 
 
 
172 aa  195  3e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1875  translation initiation factor IF-3  52.94 
 
 
239 aa  196  3e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.384688 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3328  translation initiation factor IF-3  53.53 
 
 
243 aa  195  4e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.825238  normal  0.390058 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1480  translation initiation factor IF-3  53.33 
 
 
356 aa  194  5e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.87235e-11 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1249  translation initiation factor IF-3  57.14 
 
 
174 aa  194  6e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.246001 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11658  translation initiation factor IF-3  53.61 
 
 
201 aa  194  6e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  55.62 
 
 
198 aa  194  6e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  57.41 
 
 
178 aa  193  1e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1103  translation initiation factor IF-3  50.56 
 
 
233 aa  192  2e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0433779  normal  0.928932 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1301  translation initiation factor 3  56.79 
 
 
175 aa  193  2e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.444006  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  56.79 
 
 
178 aa  192  2e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1624  translation initiation factor IF-3  50.28 
 
 
415 aa  192  2e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.640548 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  53.42 
 
 
164 aa  192  3e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22440  translation initiation factor 3  50 
 
 
329 aa  192  4e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  58.28 
 
 
154 aa  190  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  1.20038e-09  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2418  translation initiation factor IF-3  51.67 
 
 
196 aa  190  1e-47  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  51.79 
 
 
187 aa  189  2e-47  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  1.11233e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0534  translation initiation factor IF-3  56.1 
 
 
165 aa  189  2e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  7.58155e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  54.04 
 
 
171 aa  189  2e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  9.64088e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1882  translation initiation factor IF-3  53.42 
 
 
204 aa  189  3e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0284235  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2996  translation initiation factor IF-3  51.76 
 
 
173 aa  188  4e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  54.27 
 
 
190 aa  187  6e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1678  translation initiation factor IF-3  54.04 
 
 
170 aa  187  8e-47  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0127847  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0475  translation initiation factor IF-3  49.44 
 
 
253 aa  186  1e-46  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2139  translation initiation factor IF-3  56.21 
 
 
177 aa  187  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0045601  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2066  translation initiation factor 3  56.21 
 
 
179 aa  186  2e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.383221  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2229  translation initiation factor IF-3  55.28 
 
 
173 aa  185  5e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00231449 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  51.23 
 
 
179 aa  184  8e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  1.29093e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  47.43 
 
 
219 aa  184  8e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  4.86529e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  52.47 
 
 
238 aa  184  9e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1218  translation initiation factor IF-3  54.19 
 
 
173 aa  184  9e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0326522  normal  0.465185 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2385  translation initiation factor IF-3  54.9 
 
 
192 aa  183  1e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.157849  normal  0.289584 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14590  translation initiation factor 3  49.7 
 
 
401 aa  183  1e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  51.53 
 
 
173 aa  184  1e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2307  translation initiation factor IF-3  53.33 
 
 
154 aa  184  1e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00282878  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  53.09 
 
 
225 aa  182  2e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  51.53 
 
 
174 aa  182  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1613  translation initiation factor IF-3  59.85 
 
 
145 aa  182  3e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  3.06668e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  50.9 
 
 
183 aa  182  4e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2638  translation initiation factor IF-3  51.5 
 
 
169 aa  181  4e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.294805  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2218  translation initiation factor IF-3  51.85 
 
 
182 aa  182  4e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  2.64089e-06  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  53.7 
 
 
178 aa  181  5e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0830  translation initiation factor IF-3  54.6 
 
 
169 aa  181  6e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.124767  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
177 aa  181  8e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
183 aa  181  8e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
183 aa  181  8e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  52.47 
 
 
173 aa  181  9e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1557  translation initiation factor IF-3  56.29 
 
 
156 aa  180  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  51.79 
 
 
192 aa  179  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  53.99 
 
 
175 aa  179  3e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12250  translation initiation factor 3  51.52 
 
 
195 aa  179  3e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.109497  normal  0.154931 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  55.92 
 
 
155 aa  178  5e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1161  translation initiation factor 3  56 
 
 
154 aa  177  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.930143 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1372  translation initiation factor 3  56.29 
 
 
156 aa  177  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0696405  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  53.99 
 
 
219 aa  177  8e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  2.73336e-05  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1924  translation initiation factor IF-3  54.17 
 
 
180 aa  177  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  6.76935e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  54.3 
 
 
156 aa  176  1e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2755  translation initiation factor IF-3  56.29 
 
 
156 aa  176  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.22658  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25690  translation initiation factor 3  51.85 
 
 
168 aa  176  1e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1914  translation initiation factor IF-3  54.17 
 
 
180 aa  177  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.119522  normal  0.223345 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01676  hypothetical protein  54.17 
 
 
180 aa  177  1e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0101258  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1341  translation initiation factor IF-3  53.37 
 
 
173 aa  176  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
194 aa  176  2e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  50 
 
 
194 aa  176  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  53.09 
 
 
173 aa  176  2e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1409  translation initiation factor IF-3  49.4 
 
 
172 aa  176  2e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.37178e-16  unclonable  1.34184e-28 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  50.57 
 
 
194 aa  176  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  55.56 
 
 
177 aa  175  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20430  translation initiation factor IF-3  51.55 
 
 
177 aa  176  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1736  translation initiation factor IF-3  54.97 
 
 
156 aa  175  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  56.21 
 
 
179 aa  175  4e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1713  translation initiation factor IF-3  54.97 
 
 
156 aa  175  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225755  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2594  translation initiation factor IF-3  54.97 
 
 
156 aa  175  4e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1095  translation initiation factor IF-3  54.97 
 
 
156 aa  175  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.171775  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2613  translation initiation factor IF-3  49.7 
 
 
172 aa  175  4e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0154974  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1538  translation initiation factor IF-3  54.97 
 
 
156 aa  175  4e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1891  translation initiation factor IF-3  54.97 
 
 
156 aa  175  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>