More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_12060 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_12060  two component response regulator  100 
 
 		 256 aa  525  1e-148  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.106419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1568  response regulator receiver and SARP domain protein  30.8 
 
 		 288 aa  103  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0553389  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0495  response regulator receiver and SARP domain protein  28.69 
 
 		 365 aa  102  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108458  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0497  response regulator receiver and SARP domain protein  29 
 
 		 363 aa  95.1  9e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000475999  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0410  response regulator receiver and SARP domain protein  30.56 
 
 		 376 aa  80.5  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000633698  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  32.77 
 
 		 245 aa  77  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  33.05 
 
 		 244 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.05 
 
 		 244 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  33.05 
 
 		 244 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  33.05 
 
 		 244 aa  75.1  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  33.05 
 
 		 244 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  33.05 
 
 		 244 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1748a  hypothetical protein  33.71 
 
 		 223 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0697031  normal  0.305387 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  33.05 
 
 		 244 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  33.05 
 
 		 244 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000974  response regulator of the LytR/AlgR family  36.72 
 
 		 263 aa  75.1  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.728867  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  31.67 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2171  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.23 
 
 		 249 aa  73.9  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0294549  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01150  PAS domain-containing protein  31.39 
 
 		 524 aa  73.9  0.000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00148391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  31.67 
 
 		 243 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1879  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.2 
 
 		 249 aa  73.2  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.247337  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1715  response regulator  26.27 
 
 		 232 aa  73.2  0.000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0124001  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07024  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 263 aa  73.2  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2357  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.04 
 
 		 244 aa  72.8  0.000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1614  response regulator receiver and SARP domain protein  25 
 
 		 376 aa  73.2  0.000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.401218  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.83 
 
 		 243 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2443  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.17 
 
 		 245 aa  72.4  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.191147  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4933  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  33.14 
 
 		 223 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.461594  normal  0.344735 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1739  DNA-binding response regulator  26.27 
 
 		 232 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1877  DNA-binding response regulator  26.27 
 
 		 232 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  32.43 
 
 		 243 aa  72.4  0.000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0064  DNA-binding response regulator  29.07 
 
 		 235 aa  72  0.000000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.611294  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1912  DNA-binding response regulator  25.81 
 
 		 232 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0928779 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2915  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.12 
 
 		 225 aa  70.5  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.892207  normal  0.300351 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  30 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  30 
 
 		 243 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4304  response regulator receiver and SARP domain protein  27.83 
 
 		 349 aa  70.5  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1215  two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 223 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533573  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1689  response regulator  28.1 
 
 		 232 aa  70.1  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1413  DNA-binding response regulator  29.67 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1453  DNA-binding response regulator  29.67 
 
 		 223 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1956  DNA-binding response regulator  25.81 
 
 		 232 aa  69.7  0.00000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.387323  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 246 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0836  DNA-binding response regulator  28.88 
 
 		 222 aa  69.7  0.00000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.509227  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3993  DNA-binding response regulator  29.67 
 
 		 223 aa  69.3  0.00000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.910988 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1193  response regulator  29.67 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1389  DNA-binding response regulator  29.67 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1213  DNA-binding response regulator  29.67 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.203275  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1312  DNA-binding response regulator  29.67 
 
 		 223 aa  68.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.27 
 
 		 240 aa  68.2  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1191  response regulator  29.12 
 
 		 223 aa  68.6  0.0000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3070  two component transcriptional regulator  31.34 
 
 		 230 aa  68.6  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000463151 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0387  response regulator  37.17 
 
 		 261 aa  68.2  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.06 
 
 		 236 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0525  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  29.03 
 
 		 239 aa  68.2  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4662  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.03 
 
 		 221 aa  67.8  0.0000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.142047  hitchhiker  0.00679998 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1985  DNA-binding response regulator  25.81 
 
 		 232 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3200  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.2 
 
 		 256 aa  68.2  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000259787 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1732  DNA-binding response regulator  31.01 
 
 		 229 aa  68.2  0.0000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.019008  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.36 
 
 		 232 aa  68.2  0.0000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 249 aa  67.8  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  33.67 
 
 		 238 aa  68.2  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0404  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.71 
 
 		 218 aa  67.4  0.0000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0987348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  32.69 
 
 		 229 aa  67  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30 
 
 		 252 aa  67  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_002950  PG1089  DNA-binding response regulator RprY  31.48 
 
 		 245 aa  66.6  0.0000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.414682 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  32.86 
 
 		 276 aa  66.2  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5468  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.72 
 
 		 223 aa  66.2  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1351  DNA-binding response regulator  29.12 
 
 		 223 aa  66.2  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1869  DNA-binding response regulator  27.96 
 
 		 232 aa  65.9  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0634  DNA-binding response regulator  31.18 
 
 		 223 aa  65.5  0.0000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0266  two component transcriptional regulator  24.46 
 
 		 237 aa  65.9  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.262207  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0117  DNA-binding response regulator  27.64 
 
 		 226 aa  65.5  0.0000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.527355  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1869  NAD(P)H-flavin oxidoreductase  23.95 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4196  two component transcriptional regulator  28.3 
 
 		 225 aa  65.5  0.0000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03033  transcriptional regulator protein  35.05 
 
 		 165 aa  65.1  0.0000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0753  two component transcriptional regulator, winged helix family  28.39 
 
 		 241 aa  65.1  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.407347  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2845  two component transcriptional regulator  32.68 
 
 		 232 aa  65.1  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.868207 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0627  DNA-binding response regulator  31.14 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0258  response regulator  24.57 
 
 		 237 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2401  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 449 aa  65.1  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1708  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.27 
 
 		 228 aa  64.7  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.476364 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3473  DNA-binding response regulator  24.88 
 
 		 232 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000348992 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3405  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 244 aa  65.1  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.732179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0086  two component transcriptional regulator, winged helix family  29.15 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000430601  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  33.03 
 
 		 243 aa  65.1  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2805  two component transcriptional regulator, winged helix family  31.61 
 
 		 224 aa  64.7  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.244907 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0624  two component transcriptional regulator  29.85 
 
 		 240 aa  64.7  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2010  putative DNA-binding response regulator BvrR  28.1 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.112651  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4328  two component transcriptional regulator  28.3 
 
 		 225 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2090  DNA-binding response regulator BvrR, putative  28.1 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0306093  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0540  DNA-binding response regulator  31.14 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0571  DNA-binding response regulator  31.14 
 
 		 223 aa  64.7  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0485  two component transcriptional regulator  30 
 
 		 223 aa  63.9  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  34.45 
 
 		 244 aa  63.9  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  33.07 
 
 		 255 aa  64.3  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  26.09 
 
 		 275 aa  64.3  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  31.63 
 
 		 237 aa  63.9  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0828  two component transcriptional regulator  28.1 
 
 		 239 aa  64.3  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0815733  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0080  two component transcriptional regulator, winged helix family  27.32 
 
 		 230 aa  63.5  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>