213 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_11940 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_11940  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000016484  normal  0.0993064 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0025  tRNA-Val  98.67 
 
 		 75 bp  141  3e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368107  normal  0.0217616 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0048  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.546388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0039  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449991  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0040  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.451217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0046  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07210  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.87743 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna32  tRNA-Val  89.33 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0016  tRNA-Val  96 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00000321371  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0068  tRNA-Val  95.83 
 
 		 72 bp  79.8  0.00000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.064456  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0046  tRNA-Val  92.73 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  97.67 
 
 		 72 bp  77.8  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  97.67 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0028  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.278514 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  88.31 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0027  tRNA-Val  92.59 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0757548  normal  0.697108 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  93.88 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0031  tRNA-Val  97.56 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.057517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0008  tRNA-Val  87.67 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000957098  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  93.88 
 
 		 75 bp  73.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  93.88 
 
 		 72 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0052    93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0029  tRNA-Val  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.23403e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0046  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0024  tRNA-Val  97.5 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.415553  normal  0.401158 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0020  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0046  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.26227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0027  tRNA-Val  87.5 
 
 		 72 bp  71.9  0.00000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000000730329  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0049  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.507561 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0056  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA13  tRNA-Val  93.75 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00601929  normal  0.184013 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0039  tRNA-Val  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.867547  hitchhiker  0.000112761 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  87.84 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  86.49 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0062  tRNA-Val  92 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  89.47 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  86.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0047  tRNA-Val  91.84 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAValVIMSS1309382  tRNA-Val  91.84 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.658487  normal  0.0584078 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAValVIMSS1309269  tRNA-Val  91.84 
 
 		 72 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-1  tRNA-Val  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.0049359  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0014  tRNA-Val  95 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.629466 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0044  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.320122  normal  0.198064 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0021  tRNA-Val  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0144657  normal  0.36354 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0030  tRNA-Val  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000000857099  normal  0.523891 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0042  tRNA-Val  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.288324  hitchhiker  0.00194275 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2615  tRNA-Val  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.71269  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1385  tRNA-Val  86.11 
 
 		 72 bp  63.9  0.000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0561605 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0045  tRNA-Val  95 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.218137  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0043  tRNA-Val  89.09 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.125725  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0031  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.432364  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1555  tRNA-Val  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0001  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.709613  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0043  tRNA-Val  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0172535  normal  0.864924 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0024  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.508678  normal  0.235406 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  91.49 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0037  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  93.02 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  85.33 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t15  tRNA-Val  90 
 
 		 72 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt01  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.762273  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0045  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.374674 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0058  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0027  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.480715 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0048  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0187429  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0050  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0073  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0041  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4574  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0200099  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0043  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0008  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.190638  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0039  tRNA-Val  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.910644  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0953  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0044  tRNA-Val  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.306747  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  89.8 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-4  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.464554  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0051  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000353155  normal  0.0160187 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0033  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0038  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.827791  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0069  tRNA-Val  89.8 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00232154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0035  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000268717  normal  0.222107 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_R0089  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.347614  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0061  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0059  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.565602  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2266  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248753  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3052  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.728072  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2650  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2705  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1539  tRNA-Val  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.051003  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0028  tRNA-Val  88.68 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.118191  normal  0.542965 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>