More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_10900 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_10900  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
320 aa  659    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.631494  unclonable  0.00000000285325 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1559  pseudouridine synthase, RluA family  60.06 
 
 
344 aa  360  1e-98  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.627219  hitchhiker  0.0055148 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06360  pseudouridine synthase, RluA family  54.31 
 
 
347 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.465588  normal  0.220334 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0839  pseudouridine synthase, RluA family  50.47 
 
 
336 aa  295  8e-79  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00962928 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  48.55 
 
 
309 aa  252  6e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  43.71 
 
 
304 aa  242  5e-63  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  42.72 
 
 
304 aa  242  7e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  44.09 
 
 
331 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  46.36 
 
 
305 aa  239  5.999999999999999e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.85 
 
 
296 aa  238  8e-62  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  42.72 
 
 
304 aa  236  4e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.85 
 
 
296 aa  236  4e-61  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  44.87 
 
 
306 aa  235  7e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  42.14 
 
 
305 aa  235  8e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.86 
 
 
303 aa  229  6e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  40.39 
 
 
302 aa  228  1e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  41.14 
 
 
306 aa  226  3e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  41.47 
 
 
302 aa  226  4e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.47 
 
 
302 aa  225  7e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  40.26 
 
 
313 aa  225  8e-58  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  42.38 
 
 
334 aa  225  8e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.21 
 
 
343 aa  224  1e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.25 
 
 
347 aa  224  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.25 
 
 
334 aa  224  2e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.74 
 
 
403 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  42.49 
 
 
326 aa  223  4e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.56 
 
 
308 aa  223  4e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  40.51 
 
 
306 aa  223  4e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  43.28 
 
 
305 aa  222  6e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  38.87 
 
 
314 aa  221  9.999999999999999e-57  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.47 
 
 
303 aa  221  1.9999999999999999e-56  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  41.34 
 
 
334 aa  220  1.9999999999999999e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40 
 
 
301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  41.08 
 
 
302 aa  219  6e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.74 
 
 
302 aa  219  7e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.28 
 
 
333 aa  218  7.999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.74 
 
 
302 aa  218  1e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  40.74 
 
 
302 aa  218  1e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.74 
 
 
302 aa  218  1e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.18 
 
 
302 aa  218  1e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000288046  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.74 
 
 
302 aa  217  2e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.43 
 
 
321 aa  217  2e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  38.11 
 
 
306 aa  217  2e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.16 
 
 
306 aa  216  5e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  45.71 
 
 
299 aa  216  5e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  40.4 
 
 
302 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1281  RluA family pseudouridine synthase  40.51 
 
 
305 aa  215  8e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.71357  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1256  RluA family pseudouridine synthase  40.51 
 
 
305 aa  215  8e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  42.45 
 
 
329 aa  214  9.999999999999999e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  39.53 
 
 
323 aa  213  1.9999999999999998e-54  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1560  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  39.27 
 
 
326 aa  212  4.9999999999999996e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  38.24 
 
 
328 aa  212  5.999999999999999e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02691  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  39.27 
 
 
326 aa  212  7e-54  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.88343  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.78 
 
 
305 aa  211  1e-53  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40 
 
 
312 aa  211  1e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  39.22 
 
 
306 aa  211  1e-53  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  41.42 
 
 
300 aa  211  1e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  41.82 
 
 
310 aa  211  1e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  39.22 
 
 
311 aa  211  1e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  39.06 
 
 
303 aa  211  2e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  39.3 
 
 
313 aa  211  2e-53  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.12 
 
 
313 aa  211  2e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.63 
 
 
403 aa  209  4e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  39.22 
 
 
311 aa  209  4e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  42.5 
 
 
332 aa  209  5e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02221  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  38.73 
 
 
320 aa  209  5e-53  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.135305  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  39.55 
 
 
304 aa  209  5e-53  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.82 
 
 
300 aa  209  7e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  40.51 
 
 
344 aa  209  7e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  42.36 
 
 
327 aa  208  1e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  38.36 
 
 
319 aa  207  2e-52  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0815  pseudouridine synthase, RluA family  42.14 
 
 
315 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.689288  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  40.33 
 
 
324 aa  207  2e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  38.05 
 
 
302 aa  207  2e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5026  RluA family pseudouridine synthase  41.8 
 
 
356 aa  206  4e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.257508  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  41.62 
 
 
341 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  38.69 
 
 
319 aa  205  7e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  42.07 
 
 
346 aa  205  1e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  40.96 
 
 
341 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.57 
 
 
312 aa  204  1e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02131  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  38.03 
 
 
319 aa  204  1e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  39.62 
 
 
319 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0254  RluA family pseudouridine synthase  40.88 
 
 
316 aa  204  2e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128568  normal  0.0139126 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  40.81 
 
 
343 aa  202  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  36.45 
 
 
305 aa  202  5e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.96 
 
 
343 aa  202  7e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  41.74 
 
 
313 aa  202  9e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  38.61 
 
 
339 aa  201  1.9999999999999998e-50  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  39.82 
 
 
322 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  36.17 
 
 
347 aa  201  1.9999999999999998e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  42.35 
 
 
351 aa  200  3e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0778  pseudouridine synthase, RluA family  39.18 
 
 
318 aa  199  5e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  39.75 
 
 
344 aa  199  5e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1918  pseudouridylate synthase  40.88 
 
 
331 aa  199  5e-50  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.313476  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.34 
 
 
300 aa  199  6e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  40.48 
 
 
342 aa  199  6e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0749  pseudouridine synthase, RluA family  39.18 
 
 
318 aa  199  7e-50  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  39.42 
 
 
323 aa  198  9e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1856  RluA family pseudouridine synthase  41.51 
 
 
327 aa  198  9e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1417  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.32 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>