More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_10310 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
341 aa  697    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.61 
 
 
330 aa  378  1e-104  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07710  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  52.96 
 
 
331 aa  318  9e-86  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.829113 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  46.42 
 
 
326 aa  270  2e-71  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  46.42 
 
 
326 aa  270  2e-71  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  43.87 
 
 
333 aa  258  1e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0800  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.67 
 
 
363 aa  258  1e-67  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.873611  normal  0.99103 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  43.55 
 
 
347 aa  255  7e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.42 
 
 
321 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.13 
 
 
325 aa  248  1e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.77 
 
 
322 aa  247  2e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  41.8 
 
 
322 aa  247  2e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.63 
 
 
328 aa  246  6e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.13 
 
 
321 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  44.22 
 
 
325 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  42.72 
 
 
319 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  40.99 
 
 
324 aa  239  4e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.66 
 
 
324 aa  232  5e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.8 
 
 
327 aa  232  8.000000000000001e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 
321 aa  231  1e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  43.34 
 
 
347 aa  228  9e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.29 
 
 
326 aa  228  1e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.78 
 
 
320 aa  226  4e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  38.51 
 
 
318 aa  226  5.0000000000000005e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.5 
 
 
333 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  41.69 
 
 
332 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.23 
 
 
332 aa  222  8e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.06 
 
 
350 aa  221  9.999999999999999e-57  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.86 
 
 
328 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.04 
 
 
332 aa  220  3e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.69 
 
 
398 aa  220  3e-56  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  41.61 
 
 
320 aa  219  3.9999999999999997e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.72 
 
 
324 aa  219  6e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  40.72 
 
 
332 aa  219  6e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.72 
 
 
324 aa  219  6e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.04 
 
 
332 aa  219  7e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  40.72 
 
 
332 aa  219  7.999999999999999e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  38.14 
 
 
325 aa  218  8.999999999999998e-56  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.72 
 
 
332 aa  218  1e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  40.72 
 
 
332 aa  218  1e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  36.62 
 
 
342 aa  217  2e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  40.58 
 
 
329 aa  218  2e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.39 
 
 
332 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.78 
 
 
357 aa  215  7e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.12 
 
 
326 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.94 
 
 
354 aa  214  1.9999999999999998e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.81 
 
 
334 aa  213  4.9999999999999996e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  39.63 
 
 
351 aa  211  1e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.19 
 
 
347 aa  211  2e-53  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  43.67 
 
 
333 aa  210  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.98 
 
 
379 aa  210  3e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  43.77 
 
 
334 aa  209  8e-53  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.32 
 
 
336 aa  208  9e-53  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.32 
 
 
336 aa  208  9e-53  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.1 
 
 
330 aa  208  1e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  34.13 
 
 
333 aa  207  2e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  37.97 
 
 
378 aa  207  3e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.67 
 
 
332 aa  207  3e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  36.81 
 
 
326 aa  205  1e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.74 
 
 
400 aa  205  1e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  36.45 
 
 
330 aa  205  1e-51  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.68 
 
 
332 aa  203  3e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.16 
 
 
327 aa  203  3e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.74 
 
 
348 aa  202  5e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.87 
 
 
335 aa  202  5e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.76 
 
 
388 aa  202  5e-51  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.35 
 
 
358 aa  202  9e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  38.8 
 
 
331 aa  202  9e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  41.9 
 
 
327 aa  202  9e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  35.56 
 
 
335 aa  201  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.57 
 
 
356 aa  201  9.999999999999999e-51  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  37.54 
 
 
334 aa  202  9.999999999999999e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  34.23 
 
 
335 aa  201  9.999999999999999e-51  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  39.46 
 
 
322 aa  201  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  37.41 
 
 
323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  35.29 
 
 
335 aa  200  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  36.54 
 
 
333 aa  200  3e-50  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21571  putative nitrogen regulation protein NifR3 family protein  37.46 
 
 
336 aa  200  3e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0855264 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  35.9 
 
 
335 aa  200  3e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.03 
 
 
334 aa  200  3e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.22 
 
 
393 aa  199  5e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  35.38 
 
 
334 aa  199  5e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  38.71 
 
 
347 aa  199  5e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.43 
 
 
321 aa  199  6e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  36.39 
 
 
414 aa  199  7e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.82 
 
 
354 aa  199  7e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.1 
 
 
394 aa  199  7.999999999999999e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.4 
 
 
337 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.26 
 
 
352 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.43 
 
 
323 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.19 
 
 
329 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.46 
 
 
337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  40.2 
 
 
337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  36.51 
 
 
329 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.85 
 
 
333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  38.63 
 
 
389 aa  197  3e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  41.49 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.13 
 
 
351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.49 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.49 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>