297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_00030 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_00030  recF protein  100 
 
 
376 aa  771  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  1.32668e-05 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  47.73 
 
 
420 aa  351  1e-95  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  1.1529e-05  hitchhiker  4.44236e-07 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  38.19 
 
 
378 aa  273  3e-72  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  38.48 
 
 
363 aa  253  4e-66  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.71 
 
 
376 aa  192  9e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  32.62 
 
 
374 aa  191  2e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  32.53 
 
 
373 aa  182  6e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  32.71 
 
 
375 aa  182  1e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  32.71 
 
 
375 aa  182  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  32.71 
 
 
375 aa  182  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  32.71 
 
 
375 aa  182  1e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  32.71 
 
 
375 aa  182  1e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.04808e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  32.71 
 
 
375 aa  182  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  29.02 
 
 
374 aa  181  2e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.07 
 
 
370 aa  181  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.11 
 
 
373 aa  180  3e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.08 
 
 
386 aa  180  4e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  32.44 
 
 
375 aa  179  5e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  32.44 
 
 
375 aa  180  5e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  33.61 
 
 
364 aa  179  5e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  32.44 
 
 
375 aa  179  7e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  32.25 
 
 
374 aa  178  1e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.14234e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  31.83 
 
 
370 aa  177  3e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  31.83 
 
 
370 aa  177  3e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  32.17 
 
 
375 aa  176  6e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  31.28 
 
 
371 aa  175  9e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  33.95 
 
 
371 aa  175  1e-42  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.18 
 
 
364 aa  174  3e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.46 
 
 
369 aa  174  3e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  33.69 
 
 
372 aa  173  4e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  34.65 
 
 
364 aa  173  5e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.09 
 
 
365 aa  172  6e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  29.68 
 
 
374 aa  172  1e-41  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  32.51 
 
 
365 aa  171  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  33.15 
 
 
365 aa  167  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.8 
 
 
372 aa  167  3e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.64 
 
 
372 aa  165  9e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.98 
 
 
372 aa  165  1e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0003  DNA repair and genetic recombination protein  32.03 
 
 
365 aa  164  2e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  32.12 
 
 
375 aa  162  9e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16931  recombination protein F  33.24 
 
 
352 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.919518  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  31.88 
 
 
361 aa  162  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  31.88 
 
 
361 aa  162  1e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  32.29 
 
 
366 aa  162  1e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  29.78 
 
 
371 aa  158  1e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  31.92 
 
 
370 aa  156  4e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  31.21 
 
 
362 aa  156  5e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  31.82 
 
 
363 aa  156  6e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.68 
 
 
382 aa  156  7e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  31.98 
 
 
392 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.45 
 
 
371 aa  155  1e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  29.27 
 
 
369 aa  153  5e-36  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  29.07 
 
 
359 aa  152  9e-36  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  30.95 
 
 
384 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  31.68 
 
 
369 aa  151  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.14 
 
 
360 aa  150  4e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.66 
 
 
377 aa  149  7e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.93 
 
 
359 aa  149  1e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  30.91 
 
 
376 aa  148  2e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.49 
 
 
397 aa  146  7e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.11 
 
 
398 aa  145  1e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  30.14 
 
 
390 aa  145  2e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  3.32989e-05  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  33.78 
 
 
377 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.44 
 
 
363 aa  144  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  30.81 
 
 
390 aa  144  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  29.59 
 
 
390 aa  144  3e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  29.81 
 
 
386 aa  144  3e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  29.44 
 
 
401 aa  143  4e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.38 
 
 
360 aa  143  4e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  33.15 
 
 
386 aa  141  1e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.57 
 
 
358 aa  141  1e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  30.28 
 
 
398 aa  141  2e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.72 
 
 
397 aa  139  7e-32  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.4 
 
 
378 aa  138  2e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.58 
 
 
372 aa  137  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  32.9 
 
 
380 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  32.9 
 
 
380 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  30.39 
 
 
377 aa  137  4e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  29.25 
 
 
380 aa  137  4e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  27.98 
 
 
370 aa  137  4e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  29.25 
 
 
380 aa  136  5e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  29.25 
 
 
380 aa  136  5e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.97 
 
 
415 aa  136  5e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  9.51254e-07  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1145  recombination protein F  30.75 
 
 
348 aa  136  7e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  28.69 
 
 
389 aa  135  1e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.5 
 
 
362 aa  135  1e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.15018e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20191  recombination protein F  30.09 
 
 
348 aa  135  1e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.19 
 
 
381 aa  135  1e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0394  recombination protein F  31.64 
 
 
364 aa  134  2e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  29.86 
 
 
368 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  27.78 
 
 
369 aa  134  3e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  31.08 
 
 
387 aa  134  3e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  28.09 
 
 
370 aa  133  4e-30  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.02 
 
 
379 aa  133  5e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  28.38 
 
 
402 aa  130  3e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15476e-13 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.81 
 
 
380 aa  129  8e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.45 
 
 
363 aa  128  1e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.36 
 
 
369 aa  128  1e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  30.61 
 
 
371 aa  128  2e-28  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  28.53 
 
 
377 aa  127  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>