More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_00020 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
365 aa  743  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  5.99685e-05 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  49.18 
 
 
366 aa  394  1e-108  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  5.53224e-06  hitchhiker  3.89013e-07 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  47.4 
 
 
365 aa  363  4e-99  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  37.7 
 
 
366 aa  261  2e-68  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.24 
 
 
369 aa  218  1e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.51 
 
 
365 aa  215  1e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.79 
 
 
367 aa  206  4e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  30.79 
 
 
367 aa  195  9e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.03 
 
 
370 aa  193  5e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.83 
 
 
375 aa  192  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  4.18991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  30.35 
 
 
366 aa  190  3e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  29.95 
 
 
377 aa  187  3e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.14 
 
 
377 aa  179  8e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.14 
 
 
377 aa  179  8e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.84 
 
 
380 aa  176  4e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.4 
 
 
374 aa  176  4e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.5514e-14 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1513  DNA polymerase III, beta subunit  31.23 
 
 
381 aa  176  5e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  1.66783e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  31.61 
 
 
366 aa  176  5e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.37 
 
 
366 aa  175  1e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.37 
 
 
366 aa  175  1e-42  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0019  DNA polymerase III, beta subunit  28.65 
 
 
378 aa  174  2e-42  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.15 
 
 
390 aa  173  5e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.174171  normal  0.105878 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.61 
 
 
377 aa  171  1e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0993  DNA polymerase III, beta subunit  27.08 
 
 
376 aa  172  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0003  DNA polymerase III, beta subunit  30.29 
 
 
369 aa  171  2e-41  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  3.52181e-08 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.18 
 
 
378 aa  170  3e-41  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.79 
 
 
385 aa  170  4e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  29.38 
 
 
396 aa  169  5e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  28.32 
 
 
394 aa  169  5e-41  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.6 
 
 
374 aa  169  6e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0002  DNA polymerase III subunit beta  28.2 
 
 
379 aa  169  7e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0872061  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 
379 aa  169  8e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00656712  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.46 
 
 
379 aa  169  8e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.478099 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.2 
 
 
379 aa  169  9e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0173994  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  29.1 
 
 
374 aa  168  1e-40  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0002  DNA polymerase III subunit beta  28.2 
 
 
379 aa  168  2e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  8.20509e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.97 
 
 
398 aa  168  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.61 
 
 
398 aa  167  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0001  DNA polymerase III subunit beta  30.47 
 
 
385 aa  167  2e-40  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.392011  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.59 
 
 
388 aa  167  2e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.65 
 
 
367 aa  168  2e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0002  DNA polymerase III subunit beta  28.2 
 
 
379 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.341639  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.2 
 
 
379 aa  166  4e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0132884  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  29.27 
 
 
385 aa  166  5e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.72 
 
 
398 aa  166  6e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  28.72 
 
 
398 aa  166  6e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  28.16 
 
 
374 aa  166  6e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  30.21 
 
 
385 aa  166  9e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.26 
 
 
378 aa  164  2e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  28.87 
 
 
384 aa  164  2e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  29.47 
 
 
374 aa  163  4e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.16 
 
 
375 aa  163  6e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  6.84448e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.91 
 
 
381 aa  162  6e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00001  DNA polymerase III subunit beta  28.76 
 
 
388 aa  162  8e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.652632 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.42 
 
 
381 aa  162  1e-38  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000678483  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5318  DNA polymerase III subunit beta  27.7 
 
 
381 aa  161  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.00172021  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.42 
 
 
365 aa  161  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0002  DNA polymerase III subunit beta  27.7 
 
 
381 aa  161  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  3.41772e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0001  DNA polymerase III subunit beta  29.35 
 
 
385 aa  160  4e-38  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2082  DNA polymerase IF1 subunit beta  27.37 
 
 
382 aa  160  4e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0161872  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  27.56 
 
 
379 aa  160  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  27.97 
 
 
365 aa  160  4e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  30.16 
 
 
376 aa  159  5e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1227  DNA polymerase III, beta subunit  27.37 
 
 
378 aa  160  5e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  1.28167e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  28.76 
 
 
385 aa  159  6e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1009  DNA polymerase III, beta subunit  27.11 
 
 
378 aa  159  7e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  5.12645e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.49 
 
 
383 aa  159  9e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2699  DNA polymerase III subunit beta  28.65 
 
 
376 aa  158  1e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.0623e-09 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2460  DNA polymerase III subunit beta  28.12 
 
 
376 aa  158  1e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  8.10658e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.15 
 
 
366 aa  158  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  28.5 
 
 
379 aa  158  1e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2456  DNA polymerase III subunit beta  28.27 
 
 
376 aa  158  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0115889  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  26.85 
 
 
402 aa  157  2e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.55 
 
 
376 aa  157  2e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  8.49521e-07  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2499  DNA polymerase III subunit beta  28.12 
 
 
376 aa  157  3e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000103767  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2684  DNA polymerase III subunit beta  28.12 
 
 
376 aa  157  3e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1036  DNA polymerase III, beta subunit  26.2 
 
 
378 aa  156  4e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  3.28779e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.7 
 
 
378 aa  157  4e-37  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  1.67002e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  27.84 
 
 
398 aa  156  5e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2706  DNA polymerase III subunit beta  28.91 
 
 
376 aa  155  7e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2430  DNA polymerase III subunit beta  27.85 
 
 
376 aa  156  7e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  8.41235e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2720  DNA polymerase III subunit beta  27.2 
 
 
376 aa  155  8e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.001463  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2750  DNA polymerase III subunit beta  28.38 
 
 
376 aa  155  1e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000190996  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.86 
 
 
386 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0749  DNA polymerase III, beta subunit  28.61 
 
 
377 aa  154  2e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00160623  normal  0.0661529 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  28.88 
 
 
372 aa  154  3e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  2.75643e-08  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2604  DNA polymerase III subunit beta  28.38 
 
 
376 aa  153  4e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.756021  hitchhiker  4.91978e-05 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.1 
 
 
376 aa  152  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.93 
 
 
372 aa  151  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4406  DNA polymerase III, beta subunit  26.74 
 
 
377 aa  151  1e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.150139  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0002  DNA polymerase III subunit beta  28.12 
 
 
378 aa  152  1e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1016  DNA polymerase III subunit beta  27.11 
 
 
393 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.02 
 
 
370 aa  151  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1045  DNA polymerase III subunit beta  27.11 
 
 
393 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000409555  unclonable  2.81863e-09 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.61 
 
 
378 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.21 
 
 
378 aa  151  2e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.2 
 
 
370 aa  150  3e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  7.29086e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.58 
 
 
378 aa  150  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.33 
 
 
374 aa  150  4e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00459981  hitchhiker  1.16577e-06 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.01 
 
 
387 aa  150  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.273248  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>