269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_R0024 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0058  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0059  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0059  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0057  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0970774  normal  0.768528 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0018  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000134233  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000581838  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0011  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.223913  normal  0.579153 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0010  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0082  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000302683  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0033  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000923685  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0080  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000233743  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0031  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.501356  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000061602  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0077  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000716248  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0048  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0027  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0028  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000292353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0029  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000030616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0030  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000300498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0005  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31059  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0012  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.592098  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03370  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0059  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000245079  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0011  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60460  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204002  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0586  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00782572  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1415  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60470  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.302524  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0605047  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0041  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000324571  normal  0.101543 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0911  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0732179  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0026  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155557  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0030  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.238826  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0179  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000378947  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03504  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0035  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.042903  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0036  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.042903  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0112  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.456139  hitchhiker  0.0000639392 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03503  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0114  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.195511  hitchhiker  0.0000613432 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0113  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.196307  hitchhiker  0.0000602904 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0115  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.125071  hitchhiker  0.0000608145 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0049  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0034  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0228337  hitchhiker  0.00733773 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03506  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>