More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3658 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_3658  general secretion pathway protein D  100 
 
 		 793 aa  1604    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0761  general secretion pathway protein D  30.98 
 
 		 833 aa  276  1.0000000000000001e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000306489  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1309  general secretion pathway protein D  28.93 
 
 		 819 aa  263  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0418049  normal  0.0430257 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0678  general secretion pathway protein D  29.3 
 
 		 720 aa  250  7e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00783707  decreased coverage  0.00018208 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  27.83 
 
 		 829 aa  243  1e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2098  general secretion pathway protein D  26.82 
 
 		 681 aa  234  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.103091  normal  0.703642 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2609  putative general secretion pathway protein D  27.45 
 
 		 780 aa  226  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0742  type II and III secretion system protein  28.55 
 
 		 773 aa  225  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1277  general secretion pathway protein D  27.37 
 
 		 751 aa  220  8.999999999999998e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  27.79 
 
 		 745 aa  214  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1518  general secretion pathway protein D  26.69 
 
 		 772 aa  214  4.9999999999999996e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.22323  normal  0.534897 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3067  general secretion pathway protein D  27.13 
 
 		 803 aa  212  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0574712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1587  general secretion pathway protein D  28.06 
 
 		 801 aa  208  2e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.089404 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  25.43 
 
 		 763 aa  208  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0866  general secretory pathway protein D precursor  24.84 
 
 		 775 aa  206  2e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00112703  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0779  general secretion pathway protein D  24.72 
 
 		 775 aa  202  1.9999999999999998e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.00261901  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3010  type II and III secretion system protein  26.07 
 
 		 774 aa  197  9e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0556  general secretion pathway protein D  24.82 
 
 		 733 aa  196  2e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.234016  normal  0.128846 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2529  general secretion pathway protein D  25.88 
 
 		 728 aa  178  4e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.151487  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  25.4 
 
 		 783 aa  177  6e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1123  general secretion pathway protein D  34.16 
 
 		 751 aa  170  8e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2771  general secretion pathway protein D  33.11 
 
 		 686 aa  170  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  24.44 
 
 		 744 aa  168  4e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3175  type II and III secretion system protein  23.94 
 
 		 783 aa  167  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.114854  normal  0.0336738 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0885  general secretion pathway protein D  38.3 
 
 		 756 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.741173  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  34.25 
 
 		 641 aa  162  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  25.14 
 
 		 807 aa  161  4e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1902  type II and III secretion system protein  23.94 
 
 		 789 aa  161  4e-38  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0584402  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0031  general secretion pathway protein D  30.94 
 
 		 794 aa  161  5e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.412275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  25.48 
 
 		 787 aa  160  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3052  general secretion pathway protein D  24.38 
 
 		 803 aa  160  7e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3020  Type II secretory pathway component PulD-like protein  33.02 
 
 		 696 aa  159  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000150174  decreased coverage  0.00000000799268 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3136  general secretion pathway protein D  26.1 
 
 		 736 aa  159  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.81817  hitchhiker  0.003504 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16070  general secretion pathway protein D  24.36 
 
 		 752 aa  159  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.14269  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  23.71 
 
 		 793 aa  158  4e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  32.89 
 
 		 776 aa  156  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0909  general secretion pathway protein D  33.23 
 
 		 805 aa  156  2e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.793401 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  30.69 
 
 		 757 aa  155  2.9999999999999998e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0220  general secretion pathway protein D  30.69 
 
 		 750 aa  154  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.960002  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0007  general secretion pathway protein D  30.69 
 
 		 757 aa  154  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  30.69 
 
 		 757 aa  154  7e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  30.69 
 
 		 757 aa  154  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  30.69 
 
 		 757 aa  154  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0062  general secretion pathway protein D  29.74 
 
 		 771 aa  154  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  30.69 
 
 		 757 aa  154  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3229  type II and III secretion system protein:NolW-like  24.89 
 
 		 804 aa  154  8e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151962  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0052  general secretion pathway protein D  29.74 
 
 		 777 aa  153  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1954  type II and III secretion system protein  24.89 
 
 		 750 aa  152  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0109975  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2106  general secretion pathway protein D  33.45 
 
 		 767 aa  151  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832393  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  24.78 
 
 		 717 aa  151  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0609  general secretion pathway protein D  34.47 
 
 		 635 aa  150  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.73081e-17 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4251  general secretion pathway protein D  30.55 
 
 		 660 aa  149  2.0000000000000003e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0106048 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  31.23 
 
 		 787 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  33.88 
 
 		 650 aa  146  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  33.88 
 
 		 654 aa  145  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  33.88 
 
 		 654 aa  146  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3244  type II and III secretion system protein  29.41 
 
 		 781 aa  145  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.549479 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  32.71 
 
 		 781 aa  145  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  28.9 
 
 		 775 aa  144  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1041  general secretion pathway protein D  31.6 
 
 		 799 aa  145  4e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0180927  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02686  general secretion pathway protein D  31.38 
 
 		 766 aa  145  4e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.91159  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  32 
 
 		 781 aa  142  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0008  Type II secretion system gspD  29.18 
 
 		 774 aa  142  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0062  general secretion pathway protein D  29.18 
 
 		 774 aa  142  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.348368  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  30.27 
 
 		 805 aa  140  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  28.57 
 
 		 791 aa  140  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0081  general secretion pathway protein D  28.39 
 
 		 780 aa  140  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0595  general secretion pathway protein D  34.47 
 
 		 630 aa  139  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.788546  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4501  putative general secretory pathway protein D  28.36 
 
 		 814 aa  138  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.322148 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2639  type II and III secretion system protein  25.3 
 
 		 733 aa  138  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0449107  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3364  type II and III secretion system protein:NolW-like  36.12 
 
 		 636 aa  137  8e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000168391  normal  0.0105147 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0329  general secretion pathway protein D, putative  35.18 
 
 		 632 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.989309  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  29.88 
 
 		 810 aa  137  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  35.56 
 
 		 662 aa  135  1.9999999999999998e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1791  general secretion pathway protein D  31.27 
 
 		 784 aa  136  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0169  type II and III secretion system protein  30.77 
 
 		 703 aa  134  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000616881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4825  putative type II secretion system protein  24.22 
 
 		 803 aa  134  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0565778  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  31.61 
 
 		 675 aa  134  6.999999999999999e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2024  general secretion pathway protein D  31.27 
 
 		 779 aa  134  7.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0993324 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  31.29 
 
 		 655 aa  134  9e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4358  general secretion pathway protein D  31.79 
 
 		 724 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000917218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0721  general secretion pathway protein D  29.59 
 
 		 902 aa  132  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.451172  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4734  general secretion pathway protein D  30.99 
 
 		 714 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000953864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0153  general secretion pathway protein D  31.01 
 
 		 706 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0244288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0153  general secretion pathway protein D  30.67 
 
 		 705 aa  132  3e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0109917  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0121  type II and III secretion system protein  31.1 
 
 		 705 aa  131  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00685103  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55450  putative type II secretion system protein  23.99 
 
 		 803 aa  132  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000555876  normal  0.092125 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0144  general secretion pathway protein D  33.33 
 
 		 710 aa  131  5.0000000000000004e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0720  general secretion pathway protein D  29.46 
 
 		 904 aa  131  6e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.566529  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0105  general secretion pathway protein D  29.74 
 
 		 710 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4206  general secretion pathway protein D  30.99 
 
 		 705 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.016769  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  30.03 
 
 		 686 aa  130  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  31.49 
 
 		 640 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  30.03 
 
 		 686 aa  130  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  30.03 
 
 		 686 aa  130  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  30.03 
 
 		 686 aa  130  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0149  general secretion pathway protein D  30.77 
 
 		 704 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  31.05 
 
 		 640 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0156  general secretion pathway protein D  29.49 
 
 		 700 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00486082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0151  general secretion pathway protein D  29.49 
 
 		 700 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.124297  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>