More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3379 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_3379  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
409 aa  808    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.73 
 
 
388 aa  175  9.999999999999999e-43  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0549  secretion protein HlyD  33.33 
 
 
407 aa  168  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  27.82 
 
 
359 aa  149  9e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.12 
 
 
376 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0206  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.69 
 
 
386 aa  145  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.89 
 
 
374 aa  136  6.0000000000000005e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1455  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 
345 aa  135  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  27.89 
 
 
351 aa  132  7.999999999999999e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.79 
 
 
426 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  34.54 
 
 
370 aa  123  5e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.44 
 
 
365 aa  123  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  31.66 
 
 
359 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.19 
 
 
421 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.19 
 
 
421 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.88 
 
 
365 aa  120  6e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.14 
 
 
377 aa  119  9e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 
371 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  26.65 
 
 
373 aa  114  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.47 
 
 
386 aa  114  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.47 
 
 
442 aa  113  5e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.58 
 
 
353 aa  113  6e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.34 
 
 
360 aa  111  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.34 
 
 
360 aa  111  3e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3128  secretion protein HlyD  30.59 
 
 
370 aa  108  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000130607  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0775  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.14 
 
 
479 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.61 
 
 
375 aa  106  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4180  RND family efflux transporter MFP subunit  30.32 
 
 
366 aa  105  1e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.249201  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  27.36 
 
 
376 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5559  secretion protein HlyD  30.61 
 
 
366 aa  105  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  30.83 
 
 
350 aa  102  1e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.58 
 
 
407 aa  100  6e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 
364 aa  100  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  33.5 
 
 
360 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  33.5 
 
 
360 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.5 
 
 
360 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  30.87 
 
 
426 aa  98.2  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  33.5 
 
 
360 aa  98.6  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  29.6 
 
 
471 aa  97.4  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.83 
 
 
397 aa  96.3  8e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6769  secretion protein HlyD family protein  30.12 
 
 
393 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.238192  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.08 
 
 
405 aa  95.5  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.831389 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  29.67 
 
 
395 aa  94.7  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.38 
 
 
377 aa  95.1  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3265  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.9 
 
 
404 aa  94.7  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.66 
 
 
349 aa  95.1  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  33.96 
 
 
377 aa  95.5  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4041  hypothetical protein  34.69 
 
 
366 aa  95.5  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1721  RND family efflux transporter MFP subunit  29.25 
 
 
431 aa  94.4  3e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4584  secretion protein HlyD family protein  31.73 
 
 
402 aa  94.4  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  25.7 
 
 
517 aa  94  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0618  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  27.8 
 
 
268 aa  94.4  4e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  34.01 
 
 
371 aa  94  4e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.06 
 
 
397 aa  93.2  8e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3056  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.79 
 
 
395 aa  92.8  9e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  29.86 
 
 
399 aa  92.4  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  30.21 
 
 
361 aa  92.8  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  31.5 
 
 
361 aa  91.7  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  31.19 
 
 
381 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  30.21 
 
 
405 aa  91.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3749  RND family efflux transporter MFP subunit  28.34 
 
 
340 aa  91.7  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  30.34 
 
 
376 aa  92  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1700  secretion protein HlyD  32.8 
 
 
417 aa  92  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.696744  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  29.24 
 
 
385 aa  92  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  24.51 
 
 
349 aa  91.3  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  31.56 
 
 
385 aa  90.9  4e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  29.21 
 
 
360 aa  90.5  5e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  32 
 
 
360 aa  90.1  6e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  32 
 
 
360 aa  90.1  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.67 
 
 
476 aa  90.1  7e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  31.56 
 
 
408 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3412  secretion protein HlyD  31.13 
 
 
443 aa  89.7  8e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0866166  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6122  secretion protein HlyD family protein  31.98 
 
 
347 aa  89  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.14 
 
 
496 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3102  AcrA/AcrE family protein  32.5 
 
 
337 aa  88.6  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6561  secretion protein HlyD family protein  30.52 
 
 
397 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0560581  normal  0.0514365 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.36 
 
 
456 aa  87.4  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.37 
 
 
509 aa  87  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4470  secretion protein HlyD family protein  32.13 
 
 
401 aa  87  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.06 
 
 
413 aa  87  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  30.52 
 
 
365 aa  87  6e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.2 
 
 
354 aa  86.7  6e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0402  HlyD family secretion protein  30.82 
 
 
348 aa  87  6e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111756  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  27 
 
 
342 aa  86.7  7e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3253  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.92 
 
 
496 aa  86.7  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  29.12 
 
 
438 aa  86.7  7e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.260987 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3442  secretion protein HlyD family protein  30.95 
 
 
421 aa  86.7  7e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.711294 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  24.86 
 
 
361 aa  86.7  7e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0644  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.14 
 
 
425 aa  86.3  8e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0200148  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1943  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.27 
 
 
450 aa  86.7  8e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1354  secretion protein HlyD family protein  27.72 
 
 
349 aa  86.7  8e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  28.34 
 
 
404 aa  86.3  9e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.85 
 
 
438 aa  86.3  9e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1263  efflux transporter  30.08 
 
 
415 aa  85.9  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.471028  normal  0.778162 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.38 
 
 
396 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  25.36 
 
 
354 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  27.88 
 
 
426 aa  85.9  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.14 
 
 
355 aa  85.1  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1870  secretion protein HlyD  27.05 
 
 
427 aa  85.1  0.000000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  30.06 
 
 
379 aa  85.1  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>