More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_3274 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_3274  ribosomal protein L28  100 
 
 		 64 aa  135  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0370278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0072  ribosomal protein L28  67.19 
 
 		 66 aa  92.8  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1410  ribosomal protein L28  66.67 
 
 		 65 aa  91.3  4e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2282  50S ribosomal protein L28  64.52 
 
 		 64 aa  88.6  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000117846  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2425  50S ribosomal protein L28  58.73 
 
 		 69 aa  87  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00488373  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3158  50S ribosomal protein L28  64.52 
 
 		 63 aa  86.3  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000034404  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2323  50S ribosomal protein L28  64.52 
 
 		 63 aa  85.1  3e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.28928e-19  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1289  50S ribosomal protein L28  61.29 
 
 		 63 aa  82.8  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.61707e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1384  50S ribosomal protein L28  60.32 
 
 		 69 aa  82.8  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.626686  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1054  50S ribosomal protein L28  62.9 
 
 		 63 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000960448 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3209  50S ribosomal protein L28  62.9 
 
 		 63 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000252463  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1846  50S ribosomal protein L28  57.81 
 
 		 69 aa  82  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2397  50S ribosomal protein L28  59.68 
 
 		 63 aa  80.9  0.000000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000222806  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3105  50S ribosomal protein L28  56.25 
 
 		 69 aa  80.1  0.000000000000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00824796 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2234  50S ribosomal protein L28  59.68 
 
 		 63 aa  79  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000532075  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1329  ribosomal protein L28  53.33 
 
 		 63 aa  73.6  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2515  50S ribosomal protein L28  56.25 
 
 		 73 aa  72.4  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00246839 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2705  50S ribosomal protein L28  54.84 
 
 		 73 aa  71.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.148445  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2611  50S ribosomal protein L28  54.84 
 
 		 73 aa  71.6  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.214698  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1833  ribosomal protein L28  48.39 
 
 		 63 aa  70.5  0.000000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000322971  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2056  50S ribosomal protein L28  54.69 
 
 		 63 aa  69.7  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000851837  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0722  50S ribosomal protein L28  54.39 
 
 		 63 aa  68.2  0.00000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1345  50S ribosomal protein L28  54.39 
 
 		 63 aa  68.2  0.00000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.222058  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1029  50S ribosomal protein L28  56.14 
 
 		 64 aa  67.8  0.00000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.605821  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0971  50S ribosomal protein L28  52.63 
 
 		 63 aa  67  0.00000000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.560189  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10800  LSU ribosomal protein L28P  48.44 
 
 		 64 aa  66.6  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.53049  normal  0.175156 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1608  ribosomal protein L28  52.63 
 
 		 62 aa  66.2  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4037  ribosomal protein L28  48.39 
 
 		 63 aa  65.1  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0693  50S ribosomal protein L28  45.16 
 
 		 70 aa  65.1  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000218766  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0669  50S ribosomal protein L28  45.16 
 
 		 86 aa  65.1  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000239992  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8027  50S ribosomal protein L28  48.44 
 
 		 65 aa  65.1  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.102567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0475  50S ribosomal protein L28  52.63 
 
 		 64 aa  64.7  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.373803  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0500  50S ribosomal protein L28  52.63 
 
 		 64 aa  64.7  0.0000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.146333  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1024  ribosomal protein L28  50.88 
 
 		 73 aa  64.7  0.0000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0627  50S ribosomal protein L28  48.39 
 
 		 63 aa  64.3  0.0000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00471545  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0165  50S ribosomal protein L28  50 
 
 		 62 aa  64.3  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.945587  normal  0.0994287 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2112  50S ribosomal protein L28  54.1 
 
 		 63 aa  64.3  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.239307  normal  0.0348844 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0905  ribosomal protein L28  48.33 
 
 		 64 aa  63.9  0.0000000007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000028073  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1508  50S ribosomal protein L28  50 
 
 		 63 aa  62.8  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1489  50S ribosomal protein L28  50.88 
 
 		 64 aa  63.5  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3439  ribosomal protein L28  46.88 
 
 		 64 aa  62.8  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05560  LSU ribosomal protein L28P  46.67 
 
 		 63 aa  62  0.000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1167  50S ribosomal protein L28  43.55 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.422025  unclonable  0.0000000208051 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1277  50S ribosomal protein L28  43.55 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.726545 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1351  ribosomal protein L28  48.33 
 
 		 63 aa  61.6  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000000031136  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2199  ribosomal protein L28  42.37 
 
 		 62 aa  60.5  0.000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000434288  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1870  50S ribosomal protein L28  43.55 
 
 		 63 aa  60.5  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.252757  hitchhiker  0.00588786 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1073  50S ribosomal protein L28  50 
 
 		 62 aa  60.1  0.00000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000450707  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2835  ribosomal protein L28  43.55 
 
 		 63 aa  59.7  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00627595  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1163  50S ribosomal protein L28  48.33 
 
 		 63 aa  60.1  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.360169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0920  50S ribosomal protein L28P  53.57 
 
 		 62 aa  60.1  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106918  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1262  50S ribosomal protein L28  50 
 
 		 62 aa  58.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000202821  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5979  ribosomal protein L28  43.55 
 
 		 63 aa  58.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1027  50S ribosomal protein L28  47.37 
 
 		 70 aa  59.3  0.00000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.807018  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3704  ribosomal protein L28  46.77 
 
 		 62 aa  58.5  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3639  50S ribosomal protein L28  46.3 
 
 		 61 aa  58.5  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000267113  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1602  50S ribosomal protein L28  49.12 
 
 		 62 aa  58.2  0.00000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4214  50S ribosomal protein L28  42.86 
 
 		 64 aa  58.2  0.00000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.220896  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1518  ribosomal protein L28  46.03 
 
 		 62 aa  57.8  0.00000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2583  50S ribosomal protein L28  61.9 
 
 		 95 aa  57.4  0.00000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.273266  hitchhiker  0.000206552 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0821  ribosomal protein L28  44.44 
 
 		 63 aa  57.4  0.00000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0671  50S ribosomal protein L28  69.44 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0158059  normal  0.225806 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1045  ribosomal protein L28  48.15 
 
 		 62 aa  57.4  0.00000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000342446  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1582  50S ribosomal protein L28  40.32 
 
 		 62 aa  57.4  0.00000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.169175  normal  0.0677157 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1934  50S ribosomal protein L28  42.86 
 
 		 64 aa  57  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1914  50S ribosomal protein L28  42.86 
 
 		 64 aa  57  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.244589  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1980  50S ribosomal protein L28  42.86 
 
 		 64 aa  57  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.14482  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0206  ribosomal protein L28  48.39 
 
 		 61 aa  57  0.00000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11200  LSU ribosomal protein L28P  41.94 
 
 		 63 aa  56.6  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00741345  normal  0.589072 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2153  50S ribosomal protein L28  44.26 
 
 		 64 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.757041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2281  ribosomal protein L28  41.94 
 
 		 63 aa  56.2  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.921868  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5365  50S ribosomal protein L28  64.29 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421212 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1343  LSU ribosomal protein L28P  45 
 
 		 63 aa  55.5  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.754318  normal  0.305293 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3302  50S ribosomal protein L28  48.28 
 
 		 100 aa  55.5  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.592148  normal  0.0516815 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2722  50S ribosomal protein L28  64.29 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.238973  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0222  50S ribosomal protein L28  72.22 
 
 		 94 aa  55.8  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3424  50S ribosomal protein L28  69.44 
 
 		 96 aa  55.8  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0875436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0570  hypothetical protein  48.28 
 
 		 83 aa  55.8  0.0000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12990  50S ribosomal protein L28  39.68 
 
 		 64 aa  55.5  0.0000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.400597  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3384  50S ribosomal protein L28  64.29 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.237994 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1978  ribosomal protein L28  41.94 
 
 		 63 aa  55.1  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2733  50S ribosomal protein L28  61.9 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2326  50S ribosomal protein L28  50 
 
 		 97 aa  55.5  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.972077  normal  0.129991 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3567  ribosomal protein L28  48.28 
 
 		 79 aa  55.1  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.663609 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2870  50S ribosomal protein L28  61.9 
 
 		 77 aa  55.5  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0696096  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2750  50S ribosomal protein L28  48.28 
 
 		 97 aa  55.5  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.371248 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1883  50S ribosomal protein L28  44.07 
 
 		 62 aa  55.1  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6556  ribosomal protein L28  46.55 
 
 		 79 aa  54.7  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1253  50S ribosomal protein L28  65.79 
 
 		 78 aa  54.3  0.0000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1676  ribosomal protein L28  40.32 
 
 		 63 aa  54.3  0.0000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000538501  hitchhiker  0.00422618 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3428  50S ribosomal protein L28  61.9 
 
 		 77 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0550772  normal  0.711167 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2306  ribosomal protein L28  39.06 
 
 		 63 aa  53.9  0.0000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000277359  hitchhiker  0.00207431 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2445  50S ribosomal protein L28  61.9 
 
 		 77 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2021  ribosomal protein L28  48.28 
 
 		 78 aa  53.9  0.0000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0312  50S ribosomal protein L28  70.59 
 
 		 78 aa  53.9  0.0000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000118312  normal  0.224841 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2323  50S ribosomal protein L28  61.9 
 
 		 77 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00837544 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1367  50S ribosomal protein L28  37.1 
 
 		 61 aa  53.9  0.0000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.23268  normal  0.35924 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2713  50S ribosomal protein L28  61.9 
 
 		 77 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2433  50S ribosomal protein L28  46.55 
 
 		 91 aa  53.9  0.0000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.102764  normal  0.494456 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09220  LSU ribosomal protein L28P  43.1 
 
 		 66 aa  53.9  0.0000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0555993  normal  0.483187 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>