More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2721 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_2721  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 286 aa  591  1e-168  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 277 aa  186  5e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  37.55 
 
 		 277 aa  185  7e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  37 
 
 		 277 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  37 
 
 		 277 aa  180  2e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  36.63 
 
 		 277 aa  176  4e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  36.63 
 
 		 277 aa  176  5e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  36.63 
 
 		 277 aa  175  6e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 277 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 308 aa  173  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.53 
 
 		 277 aa  172  6.999999999999999e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 277 aa  171  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  38.01 
 
 		 273 aa  169  7e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 268 aa  167  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 268 aa  167  2e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  38.6 
 
 		 283 aa  161  1e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  35.36 
 
 		 280 aa  160  2e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 280 aa  157  1e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  35.85 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  34.69 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  34.29 
 
 		 279 aa  156  4e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  39.45 
 
 		 613 aa  155  7e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  35.34 
 
 		 280 aa  155  8e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  34.25 
 
 		 273 aa  155  9e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  34.66 
 
 		 277 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  32.26 
 
 		 278 aa  154  2e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 269 aa  154  2e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  30.6 
 
 		 279 aa  152  5e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 286 aa  151  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  34.44 
 
 		 286 aa  149  5e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.72 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  36.07 
 
 		 276 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  31.62 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  36.47 
 
 		 289 aa  145  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  37.46 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  38.17 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  37.16 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  32.45 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  33.08 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  32.75 
 
 		 288 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  36.59 
 
 		 269 aa  137  1e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  37.1 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.49 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  32.56 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2605  shikimate 5-dehydrogenase  39.52 
 
 		 457 aa  136  5e-31  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.776382 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  34.32 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  35.66 
 
 		 283 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1501  shikimate 5-dehydrogenase  38.29 
 
 		 269 aa  135  8e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0229  shikimate 5-dehydrogenase  31.72 
 
 		 262 aa  134  9.999999999999999e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.99 
 
 		 271 aa  134  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  33.99 
 
 		 271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.17 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  32.34 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  32.34 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  31.97 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  32.34 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  32.34 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  32.34 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  32.34 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  32.34 
 
 		 288 aa  133  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_39392  predicted protein  37.92 
 
 		 526 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.541352 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  31.23 
 
 		 288 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 298 aa  132  5e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 		 279 aa  132  5e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  31.44 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1278  shikimate 5-dehydrogenase  32.44 
 
 		 263 aa  132  6.999999999999999e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.62401  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  30.3 
 
 		 294 aa  132  6.999999999999999e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0571  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 263 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0454  shikimate 5-dehydrogenase  35.32 
 
 		 262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  36.33 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2932  shikimate 5-dehydrogenase  38.13 
 
 		 265 aa  130  2.0000000000000002e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  hitchhiker  0.00976663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1552  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 262 aa  131  2.0000000000000002e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0492  shikimate 5-dehydrogenase  32.13 
 
 		 261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  30.08 
 
 		 286 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4686  shikimate 5-dehydrogenase  38.11 
 
 		 266 aa  130  3e-29  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.914766  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1839  3-dehydroquinate dehydratase, type I  35.02 
 
 		 517 aa  129  4.0000000000000003e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0172427  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  34.47 
 
 		 282 aa  129  4.0000000000000003e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0429  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.293627  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  36.43 
 
 		 286 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  34.67 
 
 		 286 aa  128  8.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  40.23 
 
 		 276 aa  127  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  34.42 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46700  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 271 aa  127  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  31.29 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  38.93 
 
 		 286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  28.92 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 285 aa  126  4.0000000000000003e-28  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  36.64 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1138  shikimate 5-dehydrogenase  29.82 
 
 		 261 aa  126  5e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  34.96 
 
 		 285 aa  125  7e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  32.87 
 
 		 288 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.7 
 
 		 279 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 278 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  28.95 
 
 		 286 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  34.81 
 
 		 280 aa  124  1e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1649  shikimate 5-dehydrogenase  28.09 
 
 		 262 aa  124  1e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  34.62 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  36.82 
 
 		 265 aa  123  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>