More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2688 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_2688  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 369 aa  748    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0188688  hitchhiker  0.00114167 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.11 
 
 		 375 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.11 
 
 		 375 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.11 
 
 		 375 aa  237  3e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.43 
 
 		 365 aa  224  1e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.88 
 
 		 372 aa  225  1e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.68 
 
 		 376 aa  223  4e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.89 
 
 		 373 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.65 
 
 		 373 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  31.27 
 
 		 372 aa  219  5e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.17 
 
 		 372 aa  219  6e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.73 
 
 		 372 aa  217  2e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.54 
 
 		 372 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.46 
 
 		 372 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  32.63 
 
 		 372 aa  208  1e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  32.36 
 
 		 372 aa  207  3e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.38 
 
 		 376 aa  206  4e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  32 
 
 		 397 aa  199  6e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  32.71 
 
 		 371 aa  199  7e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.28 
 
 		 373 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  0.000000929484 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.73 
 
 		 397 aa  197  3e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.36 
 
 		 372 aa  197  3e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000275643  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.83 
 
 		 372 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.83 
 
 		 372 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0730917  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  32.53 
 
 		 372 aa  196  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  32.71 
 
 		 373 aa  195  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.67 
 
 		 372 aa  195  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  31.83 
 
 		 372 aa  194  2e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.44 
 
 		 366 aa  194  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  31.47 
 
 		 412 aa  194  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  30.48 
 
 		 370 aa  193  3e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  31.83 
 
 		 372 aa  193  4e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0012  DNA polymerase III subunit beta  31.83 
 
 		 372 aa  193  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  31.83 
 
 		 372 aa  192  6e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  0.00000350231 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  30.77 
 
 		 372 aa  192  7e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2506  DNA polymerase III subunit beta  31.62 
 
 		 366 aa  192  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000126636  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  30.93 
 
 		 385 aa  191  1e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.79 
 
 		 365 aa  192  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000590568  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.25 
 
 		 366 aa  191  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.89 
 
 		 373 aa  192  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.56 
 
 		 366 aa  190  4e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000544098  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.83 
 
 		 373 aa  189  5e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  31.56 
 
 		 372 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  30.98 
 
 		 366 aa  189  5e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2834  DNA polymerase III subunit beta  30.93 
 
 		 372 aa  189  5e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.8 
 
 		 369 aa  189  8e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  29.79 
 
 		 372 aa  189  8e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002008  DNA polymerase III beta subunit  30.27 
 
 		 366 aa  188  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000997729  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.17 
 
 		 366 aa  188  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  32.02 
 
 		 372 aa  188  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.44 
 
 		 366 aa  188  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.17 
 
 		 366 aa  187  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000790466  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.71 
 
 		 367 aa  186  5e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000348538  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4171  DNA polymerase III subunit beta  31.17 
 
 		 366 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.264257  normal  0.345578 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  30 
 
 		 366 aa  186  6e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4122  DNA polymerase III subunit beta  31.17 
 
 		 366 aa  186  6e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.381174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  30.62 
 
 		 366 aa  186  7e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4229  DNA polymerase III subunit beta  31.17 
 
 		 366 aa  186  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  30.62 
 
 		 366 aa  186  7e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517824  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.62 
 
 		 366 aa  186  7e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4065  DNA polymerase III subunit beta  31.17 
 
 		 366 aa  186  7e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00365243  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.5 
 
 		 372 aa  186  8e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4049  DNA polymerase III subunit beta  31.17 
 
 		 366 aa  185  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.22368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  31.38 
 
 		 371 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03584  DNA polymerase III subunit beta  30.08 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.120571  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.08 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000276402  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03528  hypothetical protein  30.08 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0779462  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.08 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0647653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4224  DNA polymerase III subunit beta  30.08 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000133889  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.52 
 
 		 367 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.870835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5129  DNA polymerase III subunit beta  30.08 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000402669  normal  0.135624 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.24 
 
 		 372 aa  184  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.474691  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4211  DNA polymerase III subunit beta  30.08 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853421  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.22 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000200886  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3914  DNA polymerase III subunit beta  30.08 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000199842  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4066  DNA polymerase III subunit beta  30.08 
 
 		 366 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0145467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.54 
 
 		 366 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637071  unclonable  0.00000000000326658 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.54 
 
 		 366 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000103765  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.71 
 
 		 372 aa  184  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.54 
 
 		 366 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000634429  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.54 
 
 		 366 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000848773  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.03 
 
 		 366 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  unclonable  0.000000000023362 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.03 
 
 		 366 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000472427  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.62 
 
 		 366 aa  184  3e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000466477  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  30.03 
 
 		 366 aa  184  3e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000642144  hitchhiker  0.00000000134313 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  31.71 
 
 		 366 aa  183  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000112219  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.2 
 
 		 367 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  31.3 
 
 		 367 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.97 
 
 		 372 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.3 
 
 		 367 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  30.35 
 
 		 367 aa  182  7e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.16 
 
 		 366 aa  182  7e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000490932  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  31.3 
 
 		 367 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0033  DNA polymerase III subunit beta  30.35 
 
 		 366 aa  182  8.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000234864  normal  0.233091 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0002  DNA-directed DNA polymerase  32.18 
 
 		 367 aa  181  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  29.81 
 
 		 366 aa  182  1e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.03 
 
 		 367 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.81 
 
 		 367 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  31 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1226  DNA polymerase III, beta subunit  30.16 
 
 		 366 aa  181  2e-44  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.123805  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>