204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2529 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  100 
 
 
190 aa  382  1e-105  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  34.59 
 
 
193 aa  124  9e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  40.11 
 
 
185 aa  123  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  34.81 
 
 
193 aa  120  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000758334  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  34.95 
 
 
192 aa  120  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  33.7 
 
 
193 aa  120  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000034969  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  34.08 
 
 
193 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  32.45 
 
 
189 aa  115  3.9999999999999997e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  34.24 
 
 
194 aa  115  5e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  38.62 
 
 
184 aa  114  6.9999999999999995e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3960  2',5' RNA ligase  42.24 
 
 
194 aa  112  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.250579  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  34.64 
 
 
194 aa  112  4.0000000000000004e-24  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3539  2'-5' RNA ligase  34.92 
 
 
201 aa  112  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.146255 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  38.07 
 
 
188 aa  110  9e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4070  2'-5' RNA ligase  42.95 
 
 
194 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  37.82 
 
 
180 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4103  2'-5' RNA ligase  42.31 
 
 
194 aa  110  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  38.29 
 
 
184 aa  109  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 
187 aa  108  5e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  37.57 
 
 
194 aa  107  8.000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  0.0000262624 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  39.23 
 
 
179 aa  107  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  36.46 
 
 
181 aa  107  1e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  34.74 
 
 
200 aa  106  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  32.8 
 
 
182 aa  106  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1659  2'-5' RNA ligase  34.74 
 
 
192 aa  105  4e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000321406  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  34.57 
 
 
195 aa  105  5e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 
194 aa  103  1e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  29.78 
 
 
190 aa  102  2e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  33.88 
 
 
189 aa  103  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  34.46 
 
 
184 aa  102  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  36.16 
 
 
184 aa  102  4e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  32.8 
 
 
185 aa  102  4e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  38.29 
 
 
189 aa  102  5e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  33.88 
 
 
185 aa  100  1e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  36.76 
 
 
181 aa  100  1e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  29.41 
 
 
187 aa  100  1e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  34.12 
 
 
188 aa  100  1e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1636  2'-5' RNA ligase  32.97 
 
 
195 aa  100  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  34.95 
 
 
186 aa  99.8  2e-20  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  37.5 
 
 
180 aa  99.8  2e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  31.35 
 
 
183 aa  99.4  3e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  37.24 
 
 
186 aa  99.4  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  31.18 
 
 
186 aa  99  4e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5904  2'-5' RNA ligase  36.27 
 
 
298 aa  97.8  8e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.230551  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  38.14 
 
 
184 aa  96.3  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  35.68 
 
 
179 aa  96.7  2e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  38.66 
 
 
184 aa  96.3  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  37.57 
 
 
184 aa  94.7  6e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  34.21 
 
 
195 aa  94.7  6e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  36.11 
 
 
179 aa  94  1e-18  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  30.94 
 
 
180 aa  94  1e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  35.18 
 
 
190 aa  94  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  28.81 
 
 
189 aa  92.8  2e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  36.41 
 
 
177 aa  92.4  3e-18  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  31.72 
 
 
189 aa  92  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  31.84 
 
 
182 aa  92  4e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  33.16 
 
 
183 aa  91.7  5e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  31.38 
 
 
183 aa  91.3  8e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  34.55 
 
 
179 aa  90.9  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  30.6 
 
 
183 aa  90.1  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000682832  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  32.09 
 
 
187 aa  89.7  2e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  38.97 
 
 
183 aa  90.1  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  30.27 
 
 
187 aa  88.2  7e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0821  2'-5' RNA ligase  37.43 
 
 
188 aa  88.2  7e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  38.52 
 
 
196 aa  87.4  1e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0280  2'-5' RNA ligase  28.8 
 
 
174 aa  86.3  2e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1238  2'-5' RNA ligase  34.78 
 
 
186 aa  85.5  5e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  32.81 
 
 
186 aa  84.7  7e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000287299  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  31.67 
 
 
171 aa  84.7  8e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 
174 aa  84.7  8e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  28.02 
 
 
174 aa  84  0.000000000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0370  hypothetical protein  37.34 
 
 
154 aa  82.4  0.000000000000003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  31.18 
 
 
187 aa  82.8  0.000000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  31.79 
 
 
190 aa  82  0.000000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0679  2'-5' RNA ligase  32.45 
 
 
192 aa  82  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2137  2',5' RNA ligase  32.96 
 
 
220 aa  81.3  0.000000000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  30.65 
 
 
187 aa  81.3  0.000000000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  29.95 
 
 
178 aa  80.5  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4534  2'-5' RNA ligase  27.17 
 
 
181 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  34.29 
 
 
215 aa  79.3  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  28.07 
 
 
184 aa  79  0.00000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  27.84 
 
 
184 aa  79  0.00000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  27.51 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000009  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4815  putative 2'-5' RNA ligase family protein  26.34 
 
 
181 aa  77.8  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.797227  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  31.76 
 
 
190 aa  77  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  26.4 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  25.14 
 
 
171 aa  76.3  0.0000000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0869  2'-5' RNA ligase  30.81 
 
 
184 aa  75.1  0.0000000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1166  2'-5' RNA ligase  30.81 
 
 
184 aa  75.1  0.0000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1707  2'-5' RNA ligase  29.12 
 
 
183 aa  74.7  0.0000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.553995  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0080  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 
202 aa  74.3  0.0000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.91428  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  32.98 
 
 
193 aa  73.9  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0421  putative 2'-5' RNA ligase family protein  26.23 
 
 
181 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4453  2'-5' RNA ligase  27.81 
 
 
181 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0904  2'-5' RNA ligase  33.96 
 
 
271 aa  73.6  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0022796 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4435  2'-5' RNA ligase  26.52 
 
 
181 aa  72.8  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1157  2'-5' RNA ligase  28.34 
 
 
189 aa  72.4  0.000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2412  hypothetical protein  30.39 
 
 
187 aa  72.4  0.000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4955  2'-5' RNA ligase family protein  26.52 
 
 
181 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4820  putative 2'-5' RNA ligase family protein  26.52 
 
 
181 aa  72.4  0.000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>