169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1640 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_1640  multi-sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
294 aa  610  1e-173  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000528528  normal  0.017184 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3725  oligo_U binding protein TBRGG1  46.39 
 
 
296 aa  287  2e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  34.62 
 
 
651 aa  176  5e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2451  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.96 
 
 
802 aa  154  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.312082 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.41 
 
 
1287 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 
763 aa  145  8.000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0337162  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.03 
 
 
1038 aa  143  4e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.754272  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.74 
 
 
932 aa  142  5e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0610  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 
626 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.46 
 
 
1082 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  31.28 
 
 
821 aa  135  9.999999999999999e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1066  histidine kinase  31.25 
 
 
585 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00233017 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 
732 aa  133  3e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.161755  normal  0.747327 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1483  sensor-kinase  34.11 
 
 
582 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.868472  normal  0.317682 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4066  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 
613 aa  132  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1499  sensor-kinase  34.11 
 
 
582 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000587634 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1520  sensor-kinase  34.11 
 
 
582 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000320378 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1956  sensor-kinase  34.11 
 
 
582 aa  132  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000433243 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1785  sensor-kinase  34.11 
 
 
582 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0219  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.87 
 
 
1452 aa  123  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3714  PAS  29.26 
 
 
1028 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101634 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3182  sensor histidine kinase  28.46 
 
 
609 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0636  ATPase domain-containing protein  30.18 
 
 
662 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000455288 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.88 
 
 
667 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1679  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30 
 
 
1050 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.251418  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4155  sensor histidine kinase  27.99 
 
 
601 aa  113  5e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3040  histidine kinase  26.33 
 
 
594 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0452  histidine kinase  27.8 
 
 
603 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003035  tetrathionate reductase sensory transduction histidine kinase  28.74 
 
 
607 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3676  histidine kinase  29.96 
 
 
682 aa  110  3e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3696  histidine kinase  27.64 
 
 
592 aa  110  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0535  histidine kinase  26.72 
 
 
602 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3516  histidine kinase  27.27 
 
 
607 aa  109  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.295368  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0665  histidine kinase  30.18 
 
 
670 aa  109  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0479  histidine kinase  27.55 
 
 
603 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1417  sensor histidine kinase  25.77 
 
 
601 aa  108  2e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0592  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.24 
 
 
644 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.307601  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1998  histidine kinase  26.67 
 
 
617 aa  107  3e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3733  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.24 
 
 
645 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3861  histidine kinase  27.46 
 
 
603 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3859  histidine kinase  28.23 
 
 
671 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0993209 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0636  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.89 
 
 
682 aa  105  7e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000492691 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0437  histidine kinase  26.24 
 
 
607 aa  105  9e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0468  histidine kinase  26.87 
 
 
603 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1744  histidine kinase  28.42 
 
 
630 aa  101  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.267344 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0095  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  28.32 
 
 
534 aa  95.9  6e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.360671  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0900  sensor kinase  26.69 
 
 
565 aa  95.9  7e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3664  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.52 
 
 
759 aa  94.7  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2151  Hpt sensor hybrid histidine kinase  25.65 
 
 
963 aa  94.4  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.614764  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2281  histidine kinase  25 
 
 
558 aa  93.6  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.278764 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2490  sensor histidine kinase  25.76 
 
 
600 aa  93.6  4e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000000159667  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3325  phosphonate-binding periplasmic protein  23.02 
 
 
293 aa  86.7  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.919859  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1970  histidine kinase  25.19 
 
 
576 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.12135 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2089  histidine kinase  21.43 
 
 
596 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2400  sensor histidine kinase  24.24 
 
 
608 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.774596  normal  0.752012 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02550  phosphonate transport system substrate-binding protein  26.86 
 
 
296 aa  77.4  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00474506  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1439  Signal transduction histidine kinase sensor  24.34 
 
 
713 aa  73.2  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.510885 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4304  phosphonate-binding periplasmic protein  25 
 
 
348 aa  73.2  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000531117  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0568  hypothetical protein  23.57 
 
 
301 aa  72.8  0.000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2903  hypothetical protein  23.33 
 
 
257 aa  68.2  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2236  phosphonate-binding periplasmic protein  24 
 
 
289 aa  68.6  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2763  ABC-type phosphate/phosphonate transport system periplasmic component-like protein  21.34 
 
 
309 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.501553  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4202  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate binding protein  22.11 
 
 
309 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.592498  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1615  phosphonate-binding periplasmic protein  23.32 
 
 
287 aa  67.8  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2055  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  21.79 
 
 
285 aa  67  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.065858  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1806  hypothetical protein  23.94 
 
 
285 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0588  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  21.21 
 
 
269 aa  65.1  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.75404  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21175  hypothetical protein  23.94 
 
 
335 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.124141  normal  0.546676 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0280  ABC transporter substrate binding protein (phosphonate)  24.46 
 
 
302 aa  63.5  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1723  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  22.26 
 
 
287 aa  63.5  0.000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000026328 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3255  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  25 
 
 
289 aa  63.2  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.992833  normal  0.261859 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3021  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  23.21 
 
 
283 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0228  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  25.69 
 
 
314 aa  60.8  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0990439 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0767  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate binding protein  23.02 
 
 
302 aa  59.7  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3861  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate binding protein  24.18 
 
 
308 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2919  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate binding protein  22.99 
 
 
309 aa  57.4  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0491  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  24.54 
 
 
283 aa  57  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2012  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  21.9 
 
 
296 aa  57  0.0000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1230  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  29.66 
 
 
337 aa  56.6  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.592722 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1691  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  21.9 
 
 
296 aa  57  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0796559  normal  0.153582 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4667  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  24.67 
 
 
301 aa  56.2  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.263075  decreased coverage  0.00095425 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17530  Phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphate-binding protein  23.74 
 
 
293 aa  55.8  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.688745  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2408  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  22.36 
 
 
345 aa  55.5  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3535  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  22.86 
 
 
283 aa  55.5  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3992  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  21.34 
 
 
287 aa  55.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.040468  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1279  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  21.34 
 
 
287 aa  55.5  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.144528  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3241  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  21.34 
 
 
287 aa  55.1  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.269297  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3730  phosphonate-binding periplasmic protein  24.56 
 
 
341 aa  54.3  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1001  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  23.36 
 
 
347 aa  55.1  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0077  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  24.34 
 
 
282 aa  53.9  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0608  hypothetical protein  26.49 
 
 
270 aa  53.5  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1826  phosphonate-binding periplasmic protein  21.88 
 
 
293 aa  52.8  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.129671 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1221  phosphonate-binding periplasmic protein  27.04 
 
 
302 aa  52.4  0.000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0457  ABC phosphonate-binding periplasmic protein  22.5 
 
 
283 aa  52.4  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.356544  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4362  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  20.07 
 
 
284 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0793113  normal  0.859242 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0598  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  26.92 
 
 
351 aa  52.4  0.00001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00520789 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2204  phosphonate ABC transporter periplasmic phosphonate-binding protein  26.42 
 
 
291 aa  52  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.279489  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19790  Phosphonate ABC transporter, substrate-binding protein  20.08 
 
 
283 aa  51.6  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.134329  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03494  ABC-type phosphate/phosphonate transport system, periplasmic component  22.4 
 
 
274 aa  51.2  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3338  phosphonate ABC transporter, periplasmic phosphonate-binding protein  21.25 
 
 
294 aa  51.6  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.368816 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>