More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1590 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_1590  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 461 aa  946    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.715932 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3233  glutamyl-tRNA reductase  54.18 
 
 		 434 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000271435  normal  0.234997 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3284  glutamyl-tRNA reductase  52.98 
 
 		 434 aa  436  1e-121  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0360  glutamyl-tRNA reductase  52.27 
 
 		 434 aa  435  1e-121  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000594759  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0407  glutamyl-tRNA reductase  51.4 
 
 		 434 aa  428  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0407  glutamyl-tRNA reductase  51.4 
 
 		 434 aa  428  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3238  glutamyl-tRNA reductase  52.27 
 
 		 438 aa  419  1e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.173569  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0503  glutamyl-tRNA reductase  52.37 
 
 		 434 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000781545  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3377  glutamyl-tRNA reductase  49.4 
 
 		 436 aa  409  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3064  glutamyl-tRNA reductase  48.69 
 
 		 443 aa  402  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0847695  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1618  glutamyl-tRNA reductase  50.82 
 
 		 440 aa  402  1e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0959  glutamyl-tRNA reductase  50 
 
 		 430 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0296  glutamyl-tRNA reductase  50.12 
 
 		 442 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.185271 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2025  glutamyl-tRNA reductase  47.9 
 
 		 450 aa  396  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1750  glutamyl-tRNA reductase  49.05 
 
 		 442 aa  390  1e-107  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1465  glutamyl-tRNA reductase  48.73 
 
 		 443 aa  384  1e-105  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.68367  normal  0.0496513 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2564  glutamyl-tRNA reductase  46.54 
 
 		 436 aa  365  1e-100  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.734492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0208  glutamyl-tRNA reductase  43.41 
 
 		 441 aa  360  2e-98  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3644  glutamyl-tRNA reductase  44.76 
 
 		 421 aa  358  8e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000014182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2164  glutamyl-tRNA reductase  43.54 
 
 		 464 aa  357  1.9999999999999998e-97  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.317468  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1121  glutamyl-tRNA reductase  43.59 
 
 		 458 aa  352  7e-96  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.710663 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2582  glutamyl-tRNA reductase  43.47 
 
 		 443 aa  351  2e-95  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1250  glutamyl-tRNA reductase  42.92 
 
 		 464 aa  350  3e-95  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0870  glutamyl-tRNA reductase  43.19 
 
 		 454 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1348  glutamyl-tRNA reductase  42.35 
 
 		 446 aa  322  9.000000000000001e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6799  glutamyl-tRNA reductase  43.41 
 
 		 458 aa  321  1.9999999999999998e-86  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.410686 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4557  glutamyl-tRNA reductase  39.86 
 
 		 444 aa  318  1e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4553  glutamyl-tRNA reductase  39.86 
 
 		 444 aa  318  2e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4363  glutamyl-tRNA reductase  39.86 
 
 		 444 aa  318  2e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4199  glutamyl-tRNA reductase  39.86 
 
 		 444 aa  318  2e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4210  glutamyl-tRNA reductase  39.86 
 
 		 444 aa  317  2e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4698  glutamyl-tRNA reductase  39.86 
 
 		 444 aa  318  2e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4602  glutamyl-tRNA reductase  39.86 
 
 		 444 aa  317  2e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4311  glutamyl-tRNA reductase  41.15 
 
 		 443 aa  317  3e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1250  glutamyl-tRNA reductase  42.86 
 
 		 441 aa  315  9.999999999999999e-85  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.305769 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3355  glutamyl-tRNA reductase  39.57 
 
 		 443 aa  314  1.9999999999999998e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.811107  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3182  glutamyl-tRNA reductase  41.54 
 
 		 444 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.447299  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1059  glutamyl-tRNA reductase  45.28 
 
 		 426 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1423  glutamyl-tRNA reductase  42.48 
 
 		 418 aa  312  7.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.40052  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4584  glutamyl-tRNA reductase  39.38 
 
 		 444 aa  311  2e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0650  glutamyl-tRNA reductase  39.38 
 
 		 444 aa  311  2e-83  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61710  glutamyl-tRNA reductase  43.5 
 
 		 422 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0624585  normal  0.0109768 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5315  glutamyl-tRNA reductase  43.5 
 
 		 422 aa  310  4e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1260  glutamyl-tRNA reductase  41.87 
 
 		 436 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.497201  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1757  glutamyl-tRNA reductase  41.54 
 
 		 419 aa  307  3e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000105006  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0760  glutamyl-tRNA reductase  43.94 
 
 		 425 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0583229  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0732  glutamyl-tRNA reductase  43.71 
 
 		 425 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0510  glutamyl-tRNA reductase  41.22 
 
 		 420 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1979  glutamyl-tRNA reductase  44.3 
 
 		 422 aa  303  6.000000000000001e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.001246  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2564  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  39.77 
 
 		 423 aa  301  1e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.508916  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004204  glutamyl-tRNA reductase  40.55 
 
 		 418 aa  301  1e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000179715  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1108  glutamyl-tRNA reductase  43.54 
 
 		 425 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0948  glutamyl-tRNA reductase  43.54 
 
 		 425 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4457  glutamyl-tRNA reductase  43.47 
 
 		 425 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2593  glutamyl-tRNA reductase  39.3 
 
 		 432 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0773  glutamyl-tRNA reductase  43.47 
 
 		 425 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01249  glutamyl-tRNA reductase  40.05 
 
 		 418 aa  300  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3699  glutamyl-tRNA reductase  38.79 
 
 		 428 aa  300  3e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0483  glutamyl-tRNA reductase  39.07 
 
 		 432 aa  300  5e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.675645 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0511  glutamyl-tRNA reductase  39.07 
 
 		 432 aa  300  5e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.212735  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0415  glutamyl-tRNA reductase  38.84 
 
 		 432 aa  299  6e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.818412  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3598  glutamyl-tRNA reductase  39.07 
 
 		 432 aa  299  8e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0441  glutamyl-tRNA reductase  38.6 
 
 		 432 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.271355 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1374  glutamyl-tRNA reductase  40.18 
 
 		 440 aa  298  2e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143142  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2887  glutamyl-tRNA reductase  40.05 
 
 		 432 aa  297  3e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.171093 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0341  glutamyl-tRNA reductase  41.78 
 
 		 432 aa  296  7e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1052  glutamyl-tRNA reductase  39.72 
 
 		 420 aa  295  9e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.103209  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0505  glutamyl-tRNA reductase  38.23 
 
 		 432 aa  295  9e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.413574  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3600  glutamyl-tRNA reductase  38.23 
 
 		 432 aa  295  9e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3501  glutamyl-tRNA reductase  39.02 
 
 		 432 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.451054 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0971  glutamyl-tRNA reductase  38.23 
 
 		 434 aa  295  1e-78  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0563906  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5179  glutamyl-tRNA reductase  38.3 
 
 		 428 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000059064 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3613  glutamyl-tRNA reductase  38.23 
 
 		 434 aa  295  1e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.268717  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1942  glutamyl-tRNA reductase  38.23 
 
 		 434 aa  295  1e-78  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3589  glutamyl-tRNA reductase  38 
 
 		 434 aa  295  1e-78  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.472177  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0675  glutamyl-tRNA reductase  38.23 
 
 		 434 aa  295  1e-78  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3600  glutamyl-tRNA reductase  40.81 
 
 		 422 aa  294  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.779704 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0523  Glutamyl-tRNA reductase  43.39 
 
 		 439 aa  294  3e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2929  glutamyl-tRNA reductase  38.23 
 
 		 432 aa  294  3e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1606  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  39.71 
 
 		 419 aa  294  3e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.495518  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4749  glutamyl-tRNA reductase  43.03 
 
 		 428 aa  293  6e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.168503  normal  0.0710553 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2361  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  41.5 
 
 		 429 aa  292  7e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3521  glutamyl-tRNA reductase  38.59 
 
 		 428 aa  292  9e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.216045  normal  0.218753 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0437  glutamyl-tRNA reductase  38.59 
 
 		 428 aa  292  9e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.760471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3145  glutamyl-tRNA reductase  41.07 
 
 		 435 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0225946 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2761  glutamyl-tRNA reductase  40.61 
 
 		 443 aa  291  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2381  glutamyl-tRNA reductase  40.61 
 
 		 443 aa  291  2e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.370864 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2797  glutamyl-tRNA reductase  41.07 
 
 		 435 aa  291  2e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3738  glutamyl-tRNA reductase  41.33 
 
 		 416 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000445074  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3547  glutamyl-tRNA reductase  41.33 
 
 		 416 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000884413  decreased coverage  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0695  glutamyl-tRNA reductase  41.33 
 
 		 416 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000150429  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3615  glutamyl-tRNA reductase  41.33 
 
 		 416 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000229913  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3252  glutamyl-tRNA reductase  39.95 
 
 		 425 aa  290  4e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000725008  normal  0.10707 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2775  glutamyl-tRNA reductase  37.94 
 
 		 428 aa  290  4e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3834  glutamyl-tRNA reductase  41.84 
 
 		 416 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2493  glutamyl-tRNA reductase  40.24 
 
 		 446 aa  289  6e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0789  glutamyl-tRNA reductase  38.63 
 
 		 418 aa  289  6e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143605  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1362  glutamyl-tRNA reductase  40 
 
 		 446 aa  289  7e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1840  glutamyl-tRNA reductase  38.95 
 
 		 451 aa  289  9e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.20758  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1528  glutamyl-tRNA reductase  41.77 
 
 		 424 aa  289  9e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>